【正文】 菌體核酸進入宿主細胞的過程。 生物合成：噬菌體利用宿主細胞的原料， 合成自身的核酸和蛋白質(zhì)。 成熟與釋放：將合成好的核酸和蛋白質(zhì)按一定程序裝配成完整的成熟噬菌體， 最終細胞破裂，噬菌體釋放出來。 溶原性噬菌體（lysogenic phage）：感染細菌后，噬菌體的基因組能與宿主菌基因組整合，并隨細菌分裂傳至子代細菌的基因組中，不引起細菌分裂。 前噬菌體（prophage）：整合在宿主菌基因組中的噬菌體的基因組。 溶原性細菌（lysogenic bacterium）: 帶有前噬菌體基因組的細菌。 存在于細菌染色體或質(zhì)粒DNA分子上的一段特異性核苷酸序列片段，能在DNA分子中移動。不斷改變它們在基因組中的位置,能從一個基因組轉(zhuǎn)移到另一個基因組中。 轉(zhuǎn)位因子： （insertion sequence IS） （transposon Tn） ：是一些具有轉(zhuǎn)座功能的溶原性噬菌體。 三、 細菌變異的機制（一）、基因突變 :細菌遺傳物質(zhì)的結(jié)構(gòu)發(fā)生突然而穩(wěn)定的改變，導(dǎo)致細菌性狀的遺傳性變異。 : 突變率：自發(fā)突變→低；誘發(fā)突變→高。 突變與選擇：隨機性 ；選擇性。 回復(fù)突變： 野生型：細菌在自然環(huán)境下具有的表現(xiàn)型 。 突變型：發(fā)生突變后的菌株。 野生型→突變型→野生型 光修復(fù)：經(jīng)紫外線照射后，細胞DNA上形成TT二聚體，導(dǎo)致突變。 如在紫外線照射后立即將細菌暴露于可見光下，則受損的DNA可修復(fù)， 細菌的存活率大大提高。 暗修復(fù)：切除修復(fù)由核酸內(nèi)切酶將損傷的片段切除，再DNA聚合酶、 連接酶等的作用下，將缺少的部分補齊。（二）、基因的轉(zhuǎn)移與重組 基因轉(zhuǎn)移(gene transfer)：外源性遺傳物質(zhì)由供體菌轉(zhuǎn)入某受體菌內(nèi)的過程。 基因重組(gene rebination)：轉(zhuǎn)移的基因與受體菌DNA整合在一起的過程。 供體菌(donor)； 受體菌(recipient) （transformation）： 供體菌游離的DNA片段被受體菌直接攝取，是受體菌獲得新的性狀。 轉(zhuǎn)化因子：游離的DNA片段。分子量小于1X107。 感 受 態(tài)：受體菌能攝取外源DNA片段的生理狀態(tài)。 感受態(tài)一般出現(xiàn)在細菌對數(shù)生長期的后期，持續(xù)時間約3~4小時。 (conjugation)：細菌通過性菌毛，將遺傳物質(zhì)從供體菌轉(zhuǎn)移給受體菌的過程。 F質(zhì)粒、高頻重組菌（Hfr）、 R質(zhì)粒 的概念 （transduction）：以溫和噬菌體為載體，將供體菌的一段DNA轉(zhuǎn)移到受體菌內(nèi)，是受體菌活的性的性狀。 普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)(generalized transduction)局限性轉(zhuǎn)導(dǎo)(restricted transduction) （lysogenic conversion）：當噬菌體感染細菌時，宿主菌染色體中獲得了噬菌體的DNA片段，使其成為溶原狀態(tài)時而使細菌獲得新的性狀。(protoplast fusion)：將兩種不同的細菌經(jīng)溶菌酶或青霉素等處理，失去細胞壁成為原生質(zhì)體后進行相互融合的過程。第三節(jié) 病毒的遺傳變異 一、病毒的基因組 1. 遺傳物質(zhì)：DNA 或RNA 2. 特點：只有一種核酸，且存在形式多樣；基因數(shù)目少，結(jié)構(gòu)較簡單； 復(fù)制方式具有多樣性； 有較大的遺傳不穩(wěn)定性。 二、基因突變 ★突變：病毒基因組堿基序列發(fā)生改變。 ★基因組突變的方式：點突變；缺失突變；插入突變。★ 突變類型：?基因突變突變發(fā)生在基因結(jié)構(gòu)內(nèi)，產(chǎn)生的變異株可導(dǎo)致特定表型的改變。 ? 靜默突變未引起表型改變的突變。 三、基因重組與重配★ 重組兩個病毒基因組間核酸序列互換、組合的過程?！?重配在分節(jié)段的病毒基因組之間，兩個病毒株可通過基因片斷的交換使子 代基因組發(fā)生突變過程。 ★重組與重配可導(dǎo)致基因復(fù)活： ?交叉復(fù)活活病毒與滅活病毒間。?多重復(fù)活兩個或多個滅活病毒間。 四、基因整合五、病毒基因產(chǎn)物的相互作用★ 互補作用和加強作用★ 表型混合和核殼轉(zhuǎn)移 (周亞濱)第六章 醫(yī)學(xué)微生態(tài)學(xué)與醫(yī)院內(nèi)感染研究的對象主要是寄居于人體、正常情況下對人體無害的微生物群或正常菌群，但在特定條件下，又可成為條件致病菌(conditioned pathogen)或機會致病菌(opportunistic pathogen)對人體造成危害。第一節(jié) 正常菌群一． 正常微生物群(或正常菌群)的概念:正常微生物群: 指存在于正常人的體表以及與外界相通的腔道粘膜、正常情況下對人無害的微生物。正常微生物群中以細菌為主，故也通稱為正常菌群（normal flora）。二． 分布: 表6－1 （了解）三． 正常菌群的生理作用1． 生物拮抗(antagonism)：拮抗作用的機制主要是：①競爭黏附作用使外來致病菌不能定植。②產(chǎn)生有害代謝產(chǎn)物，有些菌可產(chǎn)生H2O2而殺傷其他細菌③營養(yǎng)競爭作用2． 營養(yǎng)作用：如大腸埃希菌產(chǎn)生維生素K和維生素B族。3． 免疫作用：正常菌群作為抗原既能促進機體免疫器官的發(fā)育，也可刺激其免疫系統(tǒng)發(fā)生免疫應(yīng)答，產(chǎn)生免疫效應(yīng)物質(zhì)，如雙歧桿菌能誘導(dǎo)產(chǎn)生SIgA4． 抗衰老作用：與其產(chǎn)生過氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)有關(guān)5． 抗腫瘤作用：其作用機制尚未完全闡明，雙歧桿菌和乳酸桿菌均有抑制腫瘤作用。第二節(jié) 微生態(tài)平衡與失調(diào)微生物失調(diào)(microdysbiosis)是指正常微生物群與其宿主之間的平衡在外界環(huán)境因素的影響下被破壞，對人體有害。微生態(tài)失調(diào)的主要原因：1. 長期使用廣譜抗生素： 長期服用廣譜抗生素后，正常菌群中的敏感菌被抑制或殺滅，耐藥菌大量繁殖而致病，即二重感染或重疊感染，系一種菌群失調(diào)癥(dysbacteriosis)。2. 正常菌群寄居部位改變：例如外科手術(shù)時如消毒不嚴格，可將患者皮膚黏膜的正常菌群經(jīng)手術(shù)切口帶入血流、腹腔等部位大量繁殖，引起相應(yīng)的疾病。3. 免疫抑制劑、激素、射線照射等第三節(jié) 機會性感染正常情況下對人體無害的正常菌群中的微生物，在特定條件下也可引起疾病，稱條件致病菌(conditioned pathogen)或機會致病菌(opportunistic pathogen)。機會性致病菌及其主要特點：（1）來源于人體皮膚和黏膜寄居的正常菌群；（2）但在異常情況下常易引起疾?。C會性感染）如大腸埃希菌()是典型的腸道正常菌群成員，但其寄居部位改變時，可成為泌尿道感染的常見病原體。第四節(jié) 醫(yī)院內(nèi)感染醫(yī)院感染(hospital infection)指包括醫(yī)院內(nèi)各類人群的感染。醫(yī)院感染的病原體主要是機會致病性微生物，感染來源以內(nèi)源性感染為主，外源性少見。傳播方式與途徑以接觸為主，如侵入性診療技術(shù)等。醫(yī)院感染的預(yù)防和控制：一． 消毒滅菌二． 隔離預(yù)防三． 合理使用抗菌藥物（趙蔚明）第七章 消毒與滅菌消毒（disinfection）：殺死物體上病原微生物的方法，并不一定能殺死含芽孢的細菌或非病原微生物。 滅菌(sterilization): 殺死物體上所有微生物（包括細菌的芽孢）的方法。抑菌(bacteriostasis)： 抑制體內(nèi)或體外細菌的生長。防腐： 抑制體外細菌生長繁殖的方法。無菌(asepsis)： 不存在任何活的微生物。無菌操作： 防止細菌進入人體或其他物品的操作技術(shù)。第一節(jié) 物理消毒滅菌法一、熱力滅菌法 高溫對細菌有明顯的致死作用蛋白質(zhì)變性；核酸斷裂。（一）干熱滅菌法 ： ：直接用火焰滅菌。 適用于接種環(huán)，試管口等的滅菌。 ：干烤箱，加熱至160~170e ，2h。 適用于高溫下不變質(zhì)、不損壞、不蒸發(fā)的物品。 ：（二） 濕熱滅菌法在同一溫度下比干熱效力大。原因：濕熱中菌體蛋白較易凝固。濕熱的穿透力比干熱大。濕熱的蒸汽有潛熱存在。1. 巴氏消毒法：~ ，30min。 oC ,15~30s, 用于牛乳制品、酒類等的消毒。: ： 100 oC ，30min。： 100 oC ，30min/次。 （最常用，效果最好）： 溫度: oC ，時間: 15~20 min 常用于耐高溫、耐濕物品的滅菌, 如培養(yǎng)基、生理鹽水、手術(shù)敷料等。二、輻射殺菌法紫外線殺菌 波長200~300nm的紫外線有殺菌作用， 其中以265~266nm最強。殺菌機制：作用于DNA, 形成胸腺嘧啶雙聚體,干擾DNA的復(fù)制與轉(zhuǎn)錄。殺菌作用特點：穿透力弱，用于空氣消毒和物體表面消毒。適用范圍：手術(shù)室、傳染病房、細菌實驗室的空氣消毒,或不耐熱物品的表面消毒。三、過濾除菌法 用物理阻留的方法將液體或空氣中的細菌除去，達到無菌目的。除菌的濾膜孔徑: μm, 可除去一般細菌。四、超聲波消毒法五、干燥與低溫抑菌法 干燥可使菌體內(nèi)的水分逸出，使細菌生命活動停止。 低溫可使細菌的新陳代謝減慢，影響細菌的生長。 冷凍真空干燥法（lyophilization） 第二節(jié) 化學(xué)消毒滅菌法一、化學(xué)消毒劑的殺菌機制 促進菌體蛋白質(zhì)變性或凝固: 如酚類、醇類、重金屬鹽類、酸堿類、醛類等。 干擾細菌的酶系統(tǒng)和代謝: 如氧化劑、重金屬鹽類。 損傷細菌細胞膜: 如酚類表面活性劑、脂溶劑等。二、消毒劑的主要種類: 酚類 — 石炭酸、來蘇、洗必泰等 醇類 乙醇（70~75%）、異丙醇。 重金屬鹽類 硝酸銀、汞 氧化劑 過氧化氫、高錳酸鉀、過氧乙酸、碘酒、漂白粉等。 表面活性劑 新潔爾滅、杜滅芬 烷化劑 甲醛、還氧乙烷、戊二醛等。 染料 龍膽紫 酸堿類 醋酸第三節(jié) 影響消毒滅菌效果的因素一、消毒劑的性質(zhì)、濃度與作用時間二、微生物的種類與數(shù)量三、溫度 四、酸堿度五、有機物 （趙蔚明）第八章 病原學(xué)診斷與防治第一節(jié) 細菌學(xué)診斷 一、病原菌檢測(specimens):： 注意涂片鏡檢可初步診斷的病原菌。3．分離與鑒定 （isolation and identification): 確診最可靠的方法。4. 病原菌抗原的檢測（detection of bacterial antigens）:簡便快速的診斷方法：如 免疫標記技術(shù)： 免疫熒光法 ( IF )，酶免疫測定（EIA），放射免疫測定 等5. 其他檢測方法： 如分子生物學(xué)方法檢測細菌核酸： PCR ，核酸雜交。二、 血清學(xué)診斷已知抗原檢測血清中未知抗體。血清學(xué)診斷方法有多種：如：凝集試驗 中和試驗 ELISA 等。第二節(jié) 病毒學(xué)診斷 一、標本： 低溫保存，盡快送檢二、病毒的分離培養(yǎng)與鑒定（金標準，但方法復(fù)雜）病毒的三大培養(yǎng)方法： 1）動物接種： 2）雞胚培養(yǎng)： 3）細胞培養(yǎng)：最常用 病毒在細胞中生長繁殖的指標：1) 細胞病變效應(yīng)（cytopathic effect,CPE ）: 有些病毒在細胞內(nèi)增殖時可引起細胞發(fā)生特有的形態(tài)學(xué)變化（細胞病變），稱為細胞病變效應(yīng)（CPE ）。2）包涵體 (inclusion body):3）紅細胞吸附：4）干擾現(xiàn)象：病毒數(shù)量與感染性的測定：常用方法： 蝕斑測定法、TCID50測定法 三、病毒感染的血清學(xué)診斷：中和試驗(neutralizing test)血凝抑制試驗(hemagglutinatia inhibition test, HI test)四、病毒感染的快速診斷：（一）形態(tài)學(xué)檢查： 1．電鏡 2．光學(xué)顯微鏡（包涵體） （二）病毒蛋白抗原檢測： 免疫熒光法 ( IF ), 酶免疫測定（EIA），（三）特異性IgM抗體的檢測（四）病毒核酸檢測 實時定量熒光PCR (real time PCR)，RT PCR， Gene chip第三節(jié) 真菌學(xué)診斷一、標本：二、病原真菌的檢查與鑒定：目前的主要鑒定依據(jù)： 形態(tài)學(xué)、分離培養(yǎng)：： 沙保氏培養(yǎng)基三、 真菌的快速診斷： 1. 血清學(xué)實驗（ELISA、熒光抗體法）： 可用于深部真菌感染的輔助診斷。 2. 核酸的檢測： PCR 3． 真菌毒素的檢測 第四節(jié) 特異性預(yù)防與治療一、 人工主動免疫 將疫苗及類毒素