原核生物基因組島的建模與識別-資料下載頁
2024-10-11 21:04本頁面
【導(dǎo)讀】致傳染病的流行。在人類疾病中有50. ％是由病毒引起。世界衛(wèi)生組織公布。在所有疾病中占據(jù)第一位。不斷斗爭的歷史。在疾病的預(yù)防和治療方面，人類取得。但是新現(xiàn)和再現(xiàn)的微生物感染還是不。乏有效的治療藥物。一些疾病的致病機(jī)制并不清楚。大量的廣譜抗生素的濫用造成了強大。的選擇壓力，使許多菌株發(fā)生變異，導(dǎo)致耐藥性的產(chǎn)生。人類健康受到新的威脅。一些分節(jié)段的病毒之間可以通過重。就是流行性感冒病毒。每次流感大流行流感病毒都與前次。成了很大的障礙。而耐藥性結(jié)核桿菌的出現(xiàn)使原本已。唯一一種已知的胃部細(xì)菌。液感染，如敗血??；亦會造成肺炎。它亦是引致皮膚炎的其中一。有抗生素都很敏感。種抗菌藥物表現(xiàn)耐藥。基因組島的研究價值。不同，其通常具有移動元件的特征，常含移動基因，可以在同種甚至于不同種菌株間水平轉(zhuǎn)移。組進(jìn)化方法進(jìn)行備選基因組島的比較基因組學(xué)鑒定。
【正文】 基因組上滑動所得到的 GC含量的分布圖。 Zcurve ? DNA序列一一對應(yīng)于一條 Zcurve ? Xn=(An+Gn)(Cn+Tn) ? Yn=(An+Cn)(Gn+Tn) ? Zn=(An+Tn)(Gn+Cn) ? 特別地， Zn分量體現(xiàn)了整個序列的 GC/AT的分布 ? 對于一個 AT豐富的基因組， Zn是近似的關(guān)于 n的單調(diào)增的線性函數(shù)。反之，在 GC含量比較豐富的區(qū)域， Zn是近似的關(guān)于 n的單調(diào)減的函數(shù)。 ? 曲線 Zn~n可以用一條直線使用最小二乘法擬合。該曲線為 Z=kn，易知，它對應(yīng)的基因組的 GC含量是穩(wěn)定的。 ? 令 Zn’=Znkn， GC含量的改變被放大。（ ？？ ） ? 這樣， Zn曲線和直線的偏差，即 Z’曲線就可以突出地刻畫基因組內(nèi) GC含量的偏差了。 Zcurve Z’曲線的幾何意義 ? Z’曲線被稱為累積 GC含量輪廓圖 ? 對于序列上某一段特定的序列 ?n，它內(nèi)部的 GC含量的平均值有如下關(guān)系： Z’曲線的幾何意義 ? 從上式可以看出累積 GC含量圖 —— Z’曲線的特征： ? 1）如果曲線的某一個區(qū)域接近于一條直線，則該區(qū)域的 GC含量幾乎保持不變； ? 2）曲線上任何一個突然的最大（?。c預(yù)示著一個轉(zhuǎn)折點 —— GC含量經(jīng)歷了一個很突然的從相對低（高）到相對高（低）的變化。 累積 GC含量輪廓圖 ? 在基因組某一堿基處的 G+C 含量是關(guān)于 Z’曲線在該點切線的斜率的一個很簡單函數(shù)。 ? 在某一窗口中的平均 G+C 含量則正比于此函數(shù)在該窗口內(nèi)的定積分。這樣，我們就把生物學(xué)中G+C 含量的概念拓廣了，使之在基因組處處都有定義。如果不從微積分的角度來看，很難理解基因組在某一堿基位置處的 G+C 含量是什么意思。 ? 精度高，不需要滑動窗口；極限情況下，就算只有一個堿基也能計算； 累積 GC含量輪廓圖 綠色：Bacillus cereus 粉紅區(qū)域：GI 藍(lán)色：Bacillus anthracis 紫色：Bacillus cereus去除掉 GI區(qū)域以后 原核生物基因組島的 建模與識別 END
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