原核生物基因組島的建模與識別(存儲版)
【正文】 在基因組某一堿基處的 G+C 含量是關于 Z’曲線在該點切線的斜率的一個很簡單函數(shù)。 . IslandPick 1 ZCurve 2 SIGIHMM 3 其它說明 4 窗口化方法 使用 20kb的窗口在 Bacillus cereus（蠟樣芽孢桿菌）和Bacillus anthracis（炭疽芽孢桿菌）的全基因組上滑動所得到的 GC含量的分布圖。途徑是通過可視化 GI的幾種共同的特點：例如序列組成偏向 ， tRNA， 整合酶和轉座酶 。 2. 用統(tǒng)計分析的方法研究基因組島邊緣序列的結構特征及其局部區(qū)域相關關系 ， 建立起更準確的識別基因組島的馬爾可夫識別模型 。 銅綠假單胞菌 原稱綠膿桿菌 ,有復雜的耐藥機制 ， 影響肺部及泌尿道 ， 造成燒傷 、 傷口及血液感染 ， 如敗血病 ； 亦會造成肺炎 。 ?但是新現(xiàn)和再現(xiàn)的微生物感染還是不斷發(fā)生 ， 像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治療藥物 。研究背景 微生物對人類最重要的影響之一是導致傳染病的流行 。 ?人類健康受到新的威脅 ?一些分節(jié)段的病毒之間可以通過重組或重配發(fā)生變異 ， 最典型的例子就是流行性感冒病毒 。 鮑曼不動桿菌 Aciobacter Baum Annie 20世紀 70年代 ,鮑曼不動桿菌幾乎對所有抗生素都很敏感 。 4. 利用基于 Linux的 MySQL數(shù)據(jù)庫系統(tǒng) ， PERL/C++編程以及 Apache服務器實現(xiàn)整個系統(tǒng)并提供給相關科學家使用 。（ 用 HMM， Viterbi算法 ,有 高度可靠性） MobilomeFINDER(2020) Mobilomefinder: webbased tools for Insilco and experimental discovery of bacterial genomic islands. Nucleic Acids Res, 35(Web Server issue):W97–W104, Jul 2020. IslandPick (2020) ManGILangille,WilliamWLHsiao,andFionaSLBrinkman. Evaluation of genomic island predictors using a parative genomics approach. B MC Bioinfo
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