蛋白質(zhì)作圖軟件pymol教程pymol學習筆記(編輯修改稿)
2024-09-19 17:11 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 這些變量之間必須用逗號,隔開。通過這個例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡單的，比如colorname，就是一個顏色名字而已，沒什么復(fù)雜的。另一些則不一樣，比如selectionexpression，它可以很簡單，也可以非常的復(fù)雜。這個東東，我稱之為選擇表達，對Pymol命令的使用非常重要，所以下面要詳細的講一下。 選擇表達（selectionexpression）表示的實際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個原子，一些個Helix，一些個Beta sheet，或者它們的混合物。你可以給你的選擇表達起個名字，以便可以多次使用它們。名字可以由大小寫字母，數(shù)字以及下劃線[_]組成，但是因避免使用下列符號： ! @ $ % ^ amp。 * ( ) 39。 [ ] { } \ | ~ ` ? / 選擇表達由所謂的selector加上identifier組成，其中selector定義了某類屬性，而identifier則在該類屬性下需要被選擇的部分。如下例： Pymol select test, name c+o+n+ca 其中name就是一個selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca則是對應(yīng)的indentifier，它表示我們要選擇pdb文件中名字叫ca+cb的原子（ca代表alpha carbon，cb代表beta carbon）。整個語句的作用就是選擇上訴的原子并命名為test，這樣我們可以在后面繼續(xù)使用它。 下表列出了大多數(shù)的selector： Selector簡寫Identifier及例子symbole.chemicalsymbollist周期表中的元素符號Pymol select polar, symbol o+nnamen.atomnamelistpdb文件中的原子名字Pymol select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residuenamelist氨基酸的名字Pymol select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residueidentifierlistpdb文件中基團的編號Pymol select mults10, resi 1+10+100residueidentifierrangePymol select nterm, resi 110altaltalternateconformationidentifierlist一些單字母的列表，選擇具有2種構(gòu)型的氨基酸Pymol select altconf, alt a+bchainc.chainidentifierlist一些單字母或數(shù)字的列表Pymol select firstch, chain asegis.segmentidentifierlist一些字母（最多４位）的列表Pymol select ligand, segi ligflagf.flagnummer一個整數(shù)（０－３１）Pymol select f1, flag 0numeric_typent.typenummer一個整數(shù)Pymol select type1, nt. 5text_typett.typestring一些字母（最多４位）的列表Pymol select subset, tt. HA+HCididexternalindexnumber一個整數(shù)Pymol select idno, id 23indexidx.internalindexnumber一個整數(shù)Pymol select intid, index 23sssssecondarystructuretype代表該類結(jié)構(gòu)的單字母Pymol select allstrs, ss h+s+l+下表是另一些Selector，有關(guān)比較的： Selector簡寫Identifier及例子bbparisonoperator bfactorvalue一個實數(shù)，用來比較bfactorPymol select fuzzy, b 12qqparisonoperator occupancyvalue一個實數(shù)，用來比較occupancyPymol select lowcharges, q formal_chargefc.parisonoperator formal chargevalue一個整數(shù)，用來比較formal chargePymol select doubles, fc. = 1partial_chargepc.parisonoperator partial chargevalue一個實數(shù)，用來比較partial chargePymol select hicharges, pc. 1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中： Selector簡寫描述all*所有當前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被“可見”的顯示的對象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)址中找到：在選擇表達中，selector還可以配合邏輯操作子（logical operator）使用，這樣我們可以表達更加復(fù)雜的選擇。這些操作子被列于下表中： Operator簡寫效果與例子not s1! s1選擇原子但不包括s1中的Pymol select sidechains, ! bbs1 and s2s1 amp。 s2選擇既在s1又在s2中的原子Pymol select far_bb, bb amp。 farfrm_tens1 or s2s1 | s2選擇s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）Pymol select all_prot, bb | sidechains1 in s2s1 in s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中對應(yīng)的原子Pymol select same_atom, pept in prots1 like s2s1 l. s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi)符合s2中對應(yīng)的原子Pymol select similar_atom, pept like prots1 gap Xs1 gap X選擇那些原子，其van der Waals半徑至少和s1的van der Waals半徑相差XPymol select farfrm_ten, resi 10 gap 5s1 around Xs1 a. X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所有原子Pymol select near_ten, resi 10 around 5s1 expand Xs1 e. X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，然后把s1擴展至該新的范圍所包含的所有原子Pymol select near_ten_x, near10 expand 3s1 within X of s2s1 w. X of s2選擇以s2為中心，X為半徑，并包含在s1中的原子Pymol select bbnearten, bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1把選擇擴展到全部residuePymol select plete_res, br
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