【正文】 nidentifier/resiidentifier/nameidentifier 之所以說選擇宏是有順序的，是因為Pymol就是靠順序判斷每個斜杠后面的東東都是什么東東。好了，下面就來詳細講講這個宏吧。使用這個選擇宏往往可以是一個原本很復雜的表達變得簡單緊湊。其實關于目標選擇還有所謂的“宏”可以用，可以簡化表達式，準備下次說說。比如你想選擇chain b，但是不選擇其中的residue 88： Pymol select chain b and (not resi 88) 在使用多重邏輯選擇時，為了讓Pymol正確處理順序，請使用括號，這樣最里層括號里面的內(nèi)容將會被最先處理，以此類推。 s2選擇既在s1又在s2中的原子Pymol select far_bb, bb amp。 下表列出了大多數(shù)的selector： Selector簡寫Identifier及例子symbole.chemicalsymbollist周期表中的元素符號Pymol select polar, symbol o+nnamen.atomnamelistpdb文件中的原子名字Pymol select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residuenamelist氨基酸的名字Pymol select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residueidentifierlistpdb文件中基團的編號Pymol select mults10, resi 1+10+100residueidentifierrangePymol select nterm, resi 110altaltalternateconformationidentifierlist一些單字母的列表，選擇具有2種構型的氨基酸Pymol select altconf, alt a+bchainc.chainidentifierlist一些單字母或數(shù)字的列表Pymol select firstch, chain asegis.segmentidentifierlist一些字母（最多４位）的列表Pymol select ligand, segi ligflagf.flagnummer一個整數(shù)（０－３１）Pymol select f1, flag 0numeric_typent.typenummer一個整數(shù)Pymol select type1, nt. 5text_typett.typestring一些字母（最多４位）的列表Pymol select subset, tt. HA+HCididexternalindexnumber一個整數(shù)Pymol select idno, id 23indexidx.internalindexnumber一個整數(shù)Pymol select intid, index 23sssssecondarystructuretype代表該類結構的單字母Pymol select allstrs, ss h+s+l+下表是另一些Selector，有關比較的： Selector簡寫Identifier及例子bbparisonoperator bfactorvalue一個實數(shù)，用來比較bfactorPymol select fuzzy, b 12qqparisonoperator occupancyvalue一個實數(shù)，用來比較occupancyPymol select lowcharges, q formal_chargefc.parisonoperator formal chargevalue一個整數(shù)，用來比較formal chargePymol select doubles, fc. = 1partial_chargepc.parisonoperator partial chargevalue一個實數(shù)，用來比較partial chargePymol select hicharges, pc. 1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中： Selector簡寫描述all*所有當前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被“可見”的顯示的對象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)址中找到：在選擇表達中，selector還可以配合邏輯操作子（logical operator）使用，這樣我們可以表達更加復雜的選擇。如下例： Pymol select test, name c+o+n+ca 其中name就是一個selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca則是對應的indentifier，它表示我們要選擇pdb文件中名字叫ca+cb的原子（ca代表alpha　carbon，cb代表beta　carbon）。 * ( ) 39。你可以給你的選擇表達起個名字，以便可以多次使用它們。這個東東，我稱之為選擇表達，對Pymol命令的使用非常重要，所以下面要詳細的講一下。通過這個例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡單的，比如colorname，就是一個顏色名字而已，沒什么復雜的。第二個color帶兩個變量，和第一個的區(qū)別就是把默認的目標選擇變量all變成了selectionexpression，也就是說只有被這個變量選中的部分才會被變成colorname定義的顏色。個人覺得這部分內(nèi)容對學習Pymol來說是至關重要的。Pymol學習筆記（四）：Pymol命令的語法與目標選擇的表達上次介紹一些Pymol的基本命令。 3. 如果你覺得當前顯示窗口里面顯示的結構圖像已經(jīng)滿足你的要求了，你可以把它保存為圖片。也就是說創(chuàng)建會話文件起到了“undo”的作用，這正是Pymol所缺少的。 該會話文件和上面提到的文檔文件的區(qū)別在于，首先文檔文件可以編輯，但會話文件不可以；記錄文檔文件前必須先運行l(wèi)og_open命令，而會話文件可以隨時創(chuàng)建；最后文檔文件以文檔形式運行（），而打開會話文件則必須選擇外部GUI窗口中的File － Open。在linux下，該文檔的默認保存目錄為當前用戶的home目錄。你可以選擇外部GUI窗口中的File － Append/Resume/Close Log來分別暫停記錄/恢復記錄/停止記錄該文檔。Pymol有3個層面的保存方式，下面來分別說說。 放大選定目標： Pymol zoom selectionname 定向選定目標，可以使選定目標最大的尺寸水平顯示，次大的尺寸豎直顯示：： Pymol orient selectionname 你也可以用view命令保存你目前的視角，注意，該命令只保存視角，并不保存你的對象顯示方式： Pymol view key, action 其中“key”是你隨便給當前視角定的名字，“action”可以為：store或者recall。這3句的作用分別是把所有的Helix變成紅色；把所有的Beta sheet變成黃色；把所有的Loop以及其他部分變成綠色，于是我們得到：Pymol可以同時打開多個pdb文件： Pymol load Pymol load 如果你想暫時關閉/打開某個對象，可以這樣： Pymol disable objectname1Pymol enable objectname1 你也可以用disable命令去除最