化學蛋白質(zhì)組學(編輯修改稿)
2024-09-11 20:55 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 WSE得分法 ,特別考慮數(shù)據(jù)庫中肽段分布頻率的問題。 Mascot軟件還把 MOWSE得分轉(zhuǎn)換為絕對概率 ,減少結(jié)果的不確定性。 蛋白質(zhì)組學相關網(wǎng)站 ? 蛋白質(zhì)組研究技術(shù)、信息等。 從新藥開發(fā)角度，發(fā)現(xiàn)新蛋白及新作用。 可以找到蛋白質(zhì)組研究相關企業(yè)、各 種儀器來源、新聞等。 各種蛋白質(zhì)組研究相關信息 介紹蛋白質(zhì)鑒定的先進儀器 蛋白質(zhì)鑒定專家系統(tǒng)， Swiss Institute of Bioinformatics 蛋白質(zhì)鑒定專家系統(tǒng)，Australian Proteome Analysis Facility 蛋白質(zhì)鑒定專家系統(tǒng)， Canadian Bioinformatics Resours 二、功能蛋白質(zhì)組學技術(shù) ? 功能蛋白質(zhì)組學主要是研究蛋白質(zhì)功能、蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用、蛋白質(zhì)－小分子相互作用，其方法主要有蛋白質(zhì)陣列技術(shù) (protein arrays)、噬菌體展示技術(shù) (phage display)、基因芯片技術(shù) (cDNA microarray)、酵母雙雜交技術(shù)等。 ? 而通過篩選小分子配體來描述新蛋白的功能，是化學蛋白質(zhì)組學的主要研究內(nèi)容，化學蛋白質(zhì)組篩選也將提供新藥開發(fā)的先導化合物。共價結(jié)合于目標蛋白質(zhì)、便于純化和鑒定的化學探針，無疑是該領域最為重要的工具?？衫没瘜W探針在純化的蛋白質(zhì)、細胞裂解物、活細胞和活動物等不同水平，評價藥物作用強度和選擇性。一方面，可鑒別與不同疾病相關的新型藥物靶點；另一方面可用于藥物先導化合物的快速鑒定，從而加快候選化合物應用于臨床的進程。其中基于靶酶活性的特異化學小分子探針(activitybased probes， ABPs)是一種新的化學蛋白質(zhì)組學研究技術(shù)。 activitybased probes， ABPs ? 該技術(shù)的原理是：合成同時帶有反應基團和標簽基團的ABPs試劑與待研究的蛋白質(zhì)組作用 (ABPs中的反應基團能夠特異性共價修飾蛋白質(zhì)組中的某類酶蛋白而將化學小分子 “ 掛 ” 到感興趣的靶酶上，然后，利用 ABPs中的熒光或生物素標簽基團又可將這些靶酶一個個地從蛋白質(zhì)組中 “ 釣 ” 出來 )。由于 ABPs是針對待研究靶酶的活性而定向設計的化學小分子，因而能夠直接檢測蛋白質(zhì)組中感興趣的靶酶的活性。 ? ABP 的分子量通常在 7001000 D，這主要是由于報告基團 (熒光基團或生物素 )造成的，這些報告基團還可能改變活性分子在體內(nèi)的性質(zhì)及其與靶蛋白的作用模式，并因此限制了 ABP分子在體內(nèi)細胞的吸收與分布。 ABPP 實驗一般都是在體外進行的，如細胞或組織勻漿液，這種實驗方式可能會改變細胞或組織內(nèi)活性酶或非活性酶的濃度及它們各自的亞細胞分布。因此，體外的功能蛋白質(zhì)組學研究只能大致地揭示活細胞或動物體內(nèi)組織中
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