轉(zhuǎn)錄組rnaseq術(shù)語解釋(編輯修改稿)
2025-05-05 04:52 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 d Transcript，DET）指表達(dá)水平存在顯著差異的轉(zhuǎn)錄本。25. 差異表達(dá)基因（Differentially Expressed Gene，DEG）指在兩個(gè)不同條件（如對照與處理、野生型和突變型、不同時(shí)間點(diǎn)、不同組織等）下，表達(dá)水平存在顯著差異的基因，稱之為差異表達(dá)基因。26. 生物學(xué)重復(fù)（Biological Replicates）可以定義為使用來自不同抽提的RNA樣本進(jìn)行雜交，例如，同一來源獨(dú)立制備的樣本，或者不同來源的樣本（不同組織或者一個(gè)細(xì)胞系的不同培養(yǎng)物）。27. 技術(shù)重復(fù)使用同一個(gè)抽提的RNA進(jìn)行實(shí)驗(yàn)稱為技術(shù)重復(fù)。與生物學(xué)重復(fù)相比，技術(shù)重復(fù)不是完全獨(dú)立的，取平均值不能去除共有的系統(tǒng)偏差。28. 皮爾遜相關(guān)系數(shù)r（Pearson’s Correlation Coefficient）用于度量兩個(gè)變量X和Y之間的相關(guān)（線性相關(guān)），其值介于1與1之間。其中，1表示變量完全正相關(guān)，0表示無關(guān)，1表示完全負(fù)相關(guān)。在高通量測序中，將皮爾遜相關(guān)系數(shù)作為生物學(xué)重復(fù)相關(guān)性的評估指標(biāo)。越接近1，說明兩個(gè)重復(fù)樣品相關(guān)性越強(qiáng)。29. UnigeneUnique Gene的英文縮寫，意為廣泛通用的基因數(shù)據(jù)庫，通過電腦對相同基因座（Locus）的收集整理集合形成一個(gè)非冗余的基因數(shù)據(jù)庫。30. Contig高通量測序中利用軟件將具有一定長度overlap的reads連成更長的片段，這些通過reads overlap關(guān)系得到的不含N的組裝片段稱之為Contig。31. Scaffold高通量測序中reads經(jīng)過拼接獲得Contigs，Contig經(jīng)過確定先后順序用N連接起來組成Scaffold。32. Contig N50Reads拼接后會(huì)得到長度不同的Contigs。將所有Contigs的長度相加后獲得一個(gè)Contig的總長度。之后將所有Contig按照序列長度由短到長進(jìn)行排序，如獲得Contig1，Contig2，Contig3……..。將Contig按照這個(gè)順序一次相加，當(dāng)相加的長度達(dá)到Contig總長度的一半時(shí)，最后一個(gè)加上的Contig長度即為Contig N50。33. ponentTRINITY 軟件拼接過程中，由于contig的構(gòu)造方法，使得各個(gè)contig之間不可能共享k個(gè)以上序列，因此這些 inchwormcontigs不能很好的表征各種可變剪切形式和同源基因等情況，軟件中“chrysalis”這一步驟將那些有重疊的contigs聚類，構(gòu)成ponents。ponent就成為一組可變剪切isoform或同源基因可能的表征的集合。34. de Bruijn graph使用 TRINITY 軟件拼接時(shí)，在“chrysalis”步驟中會(huì)將 ponent通過 overlap 關(guān)系構(gòu)建成 de Bruijn圖，便于獲取可變剪切的序列。35. 數(shù)字基因表達(dá)譜（DigitalGene Expressio
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