轉(zhuǎn)錄組rnaseq術(shù)語(yǔ)解釋-wenkub
2023-04-23 04:52:36 本頁(yè)面
【正文】 Alternativelast exon；G) Mutually exclusive exon。（Alternative splicing）有些基因的一個(gè)mRNA前體通過不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點(diǎn)）產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體，這一過程稱為可變剪接(或選擇性剪接，alternative splicing)。（False Discovery Rate）即錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率，定義為在多重假設(shè)檢驗(yàn)過程中，錯(cuò)誤拒絕(拒絕真的原(零)假設(shè))的個(gè)數(shù)占所有被拒絕的原假設(shè)個(gè)數(shù)的比例的期望值。%。RNASeq名詞解釋測(cè)序的標(biāo)簽，用于測(cè)定混合樣本，通過每個(gè)樣本添加的不同標(biāo)簽進(jìn)行數(shù)據(jù)區(qū)分，鑒別測(cè)序樣品。（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped）每1百萬個(gè)map上的reads中map到外顯子的每1K個(gè)堿基上的fragment個(gè)數(shù)。通過控制FDR來決定P值的閾值。可變剪接是調(diào)節(jié)基因表達(dá)和產(chǎn)生蛋白質(zhì)組多樣性的重要機(jī)制，是導(dǎo)致真核生物基因和蛋白質(zhì)數(shù)量較大差異的重要原因。（Exon skipping）外顯子在前體mRNA剪接形成成熟mRNA過程中被跳過，最終沒有出現(xiàn)在某些成熟mRNA上，這種剪接機(jī)制被稱為外顯子跳躍。端可變剪接前體mRNA在剪接形成成熟mRNA的過程中，539。端可變剪接。是信使 RNA（mRNA）分子兩端的非編碼片段。15. ORF（open reading frame）開放閱讀框或開放讀碼框。17. 插入片段大?。╥nsert size）通過檢測(cè)雙端序列在基因組上的起止位置，可以得到插入片段的實(shí)際長(zhǎng)度，決定了測(cè)序的長(zhǎng)度，是信息分析的重要參數(shù)。19. SNP（Single Nucleotide Polymorphism）即單核苷酸多態(tài)性，主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。21. 轉(zhuǎn)換(transition)同類型（嘌呤和嘌呤，或嘧啶和嘧啶）堿基之間的相互替換稱為轉(zhuǎn)換。24. 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本（DifferentiallyExpressed Transcript，DET）指表達(dá)水平存在顯著差異的轉(zhuǎn)錄本。與生物學(xué)重復(fù)相比，技術(shù)重復(fù)不是完全獨(dú)立的，取平均值不能去除共有的系統(tǒng)偏差。越接近1，說明兩個(gè)重復(fù)樣品相關(guān)性越強(qiáng)。32. Contig N50Reads拼接后會(huì)得到長(zhǎng)度不同的Contigs。33. ponentTRINITY 軟件拼接過程中，由于contig的構(gòu)造方法，使得各個(gè)contig之間不可能共享k個(gè)以上序列，因此這些 inchwormcontigs不能很好的表征各種可變剪切形式和同源基因等情況，軟件中“chrysalis”這一步驟將那些有重疊的contigs聚類，構(gòu)成ponents。36. small RNA對(duì)長(zhǎng)度在1840bp的短 RNA 進(jìn)行序列、結(jié)構(gòu)
公司管理相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1