轉(zhuǎn)錄組rnaseq術(shù)語(yǔ)解釋(已修改)
2025-04-20 04:52 本頁(yè)面
【正文】 RNASeq名詞解釋測(cè)序的標(biāo)簽，用于測(cè)定混合樣本，通過(guò)每個(gè)樣本添加的不同標(biāo)簽進(jìn)行數(shù)據(jù)區(qū)分，鑒別測(cè)序樣品。（Quality Score或Qscore）是堿基識(shí)別（Base Calling）出錯(cuò)的概率的整數(shù)映射。堿基質(zhì)量值越高表明堿基識(shí)別越可靠，堿基測(cè)錯(cuò)的可能性越小。%。（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped）每1百萬(wàn)個(gè)map上的reads中map到外顯子的每1K個(gè)堿基上的fragment個(gè)數(shù)。計(jì)算公式為公式中，cDNA Fragments 表示比對(duì)到某一轉(zhuǎn)錄本上的片段數(shù)目，即雙端Reads數(shù)目；Mapped Reads(Millions)表示Mapped Reads總數(shù)，以10為單位；Transcript Length(kb)：轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度，以kb個(gè)堿基為單位。（Fold Change）即差異表達(dá)倍數(shù)。（False Discovery Rate）即錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率，定義為在多重假設(shè)檢驗(yàn)過(guò)程中，錯(cuò)誤拒絕(拒絕真的原(零)假設(shè))的個(gè)數(shù)占所有被拒絕的原假設(shè)個(gè)數(shù)的比例的期望值。通過(guò)控制FDR來(lái)決定P值的閾值。（Pvalue）即概率，反映某一事件發(fā)生的可能性大小。統(tǒng)計(jì)學(xué)根據(jù)顯著性檢驗(yàn)方法所得到的P 值，一般以P，P。（Alternative splicing）有些基因的一個(gè)mRNA前體通過(guò)不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點(diǎn)）產(chǎn)生不同的mRNA剪接異構(gòu)體，這一過(guò)程稱為可變剪接(或選擇性剪接，alternative splicing)?？勺兗艚邮钦{(diào)節(jié)基因表達(dá)和產(chǎn)生蛋白質(zhì)組多樣性的重要機(jī)制，是導(dǎo)致真核生物基因和蛋白質(zhì)數(shù)量較大差異的重要原因。在生物體內(nèi)，主要存在7種可變剪接類型：A）Exon skipping；B）Intron retention；C) Alternative 539。 splice site；D) Alternative 339。 splice site；E) Alternative first exon；F) Alternativelast exon；G) Mutually exclusive exon。（Exon skipping）外顯子在前體mRNA剪接形成成熟mRNA過(guò)程中被跳過(guò)，最終沒(méi)有出現(xiàn)在某些成熟mRNA上，這種剪接機(jī)制被稱為外顯子跳躍。10. 內(nèi)含子保留（Intron retention）前體mRNA在剪接形成成熟mRNA的過(guò)程中，部分內(nèi)含子被保留下來(lái)，這種剪接機(jī)制被稱為內(nèi)含子保留。11. 539。或339。端可變剪接前體mRNA在剪接形成成熟mRNA的過(guò)程中，539。端或339。端邊界發(fā)生不同方式的剪接，這種剪接機(jī)制被稱為539?；?39。端可變剪接。由于使用的軟件或數(shù)據(jù)本身的局限性，導(dǎo)致所選參考基因組的注釋往往不夠精確，需要對(duì)原有注釋的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行修正，這一過(guò)程稱為基因結(jié)
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