常見分子生物學(xué)軟件簡(jiǎn)介(編輯修改稿)
2025-05-01 23:20 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 建，模擬電泳條帶；當(dāng)然還可以質(zhì)粒作圖（有無(wú)序列均可）。通過它繪出來(lái)的圖還可以繼續(xù)用來(lái)構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強(qiáng)，使用起來(lái)也不簡(jiǎn)單；幸虧它附有詳細(xì)的使用幫助，認(rèn)真研究后，應(yīng)該沒有問題。 Winplas 該軟件用來(lái)繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動(dòng)識(shí)別限制位點(diǎn) 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強(qiáng)大，功能包括：位點(diǎn)標(biāo)簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報(bào)告輸出與序列輸入報(bào)告功能。 Plasmid 是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進(jìn)行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計(jì)。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進(jìn)入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫(kù)中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動(dòng)子，多克隆位點(diǎn)以及參考文獻(xiàn)等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進(jìn)行未知質(zhì)粒的設(shè)計(jì)。 Redasoft Visual Cloning 2000 用來(lái)幫助生命科學(xué)家快速而輕松地繪制專業(yè)級(jí)質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖， 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個(gè)清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動(dòng)識(shí)別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫(kù)站點(diǎn)，并支持下載和自動(dòng)將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強(qiáng)大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來(lái)自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實(shí)驗(yàn)并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動(dòng)標(biāo)記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊?？蛇x擇的圖形比例尺使幾個(gè)構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序?？梢杂玫姆绞絺鬟f載體圖。 SimVector 質(zhì)粒圖繪制軟件，繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖與序列、載體圖。 Clone Manager 小巧的研究人員日常使用的輔助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重組、質(zhì)粒作圖等。 六、引物分析： Primer Premier 顧名思義，該軟件就是用來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的?？梢院?jiǎn)單地通過手動(dòng)拖動(dòng)鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動(dòng)的任何時(shí)候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動(dòng)搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來(lái)。而且進(jìn)行這些操作非常簡(jiǎn)單 Oligo 引物分析著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計(jì)軟件，同時(shí)計(jì)算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測(cè)序列二級(jí)結(jié)構(gòu)。 Primer D39。Signer 免費(fèi)的引物設(shè)計(jì)輔助軟件，專門用于pASKIBA和pPRIBA表達(dá)載體，簡(jiǎn)化引物設(shè)計(jì)工作。 Array Designer DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計(jì)DNA和寡核苷酸引物工具 Beacon Designer PCR定量分析分子信標(biāo)(Molecular beacon )設(shè)計(jì)軟件 NetPrimer 于WEB界面的引物設(shè)計(jì)程序，包括JAVA程序和幫助文件，解壓后，可在本地直接使用，不須再連到原始網(wǎng)站使用。 七、蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析 ANTHEPROT 是位于法國(guó)的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個(gè)人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測(cè)。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級(jí)結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級(jí)結(jié)構(gòu)。 Peptool, 與genetool同出一家，可以進(jìn)行氨基酸序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，motif的尋找，酶切片斷的分析，以及轉(zhuǎn)錄后的甲基化分析。是為數(shù)不多的蛋白分析軟件。 VHMPT （Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋狀膜蛋白拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)觀察與編輯軟件，可以自動(dòng)生成帶有跨膜螺旋的蛋白的示意性2維拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，并可對(duì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行交互編輯。由臺(tái)灣生物醫(yī)學(xué)科學(xué)研究所的黃明經(jīng)博士編制。安裝Tcl ()方可運(yùn)行。 MACAW 序列構(gòu)建與分析工作臺(tái)軟件(Multiple Alignment Construction amp。 Analysis Workbench, MACAW)是一個(gè)用來(lái)構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個(gè)特點(diǎn)： 1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。 2. 應(yīng)用一個(gè)最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計(jì)算block類似性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。
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