常見分子生物學(xué)軟件簡(jiǎn)介-閱讀頁(yè)
2025-04-19 23:20本頁(yè)面
【正文】 的交互式軟件。 2. 應(yīng)用一個(gè)最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計(jì)算block類似性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。 4． 可以很容易地編輯每一個(gè)block。進(jìn)行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。 TotalLab 是一個(gè)全智能化的凝膠分析軟件，對(duì)DNA、蛋白凝膠電泳圖像、arrays, dot blots與colonies等圖像可以進(jìn)行很方便的處理。 Quantityone ： biorad公司的1d凝膠分析軟件，但可配套各種產(chǎn)品，界面華麗，能夠生成報(bào)告，具有大公司的風(fēng)范。 GelPro Analyzer Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，一向以提供專業(yè)級(jí)的分析軟件而著稱。 Melanie 3 Viewer Swiss Institute of Bioinformatics (SI用來查看使用Melanie3軟件獲得的凝膠圖片與相關(guān)數(shù)據(jù)，也包括一些有限的凝膠數(shù)據(jù)分析功能。使用它，可以同時(shí)分析100個(gè)凝膠圖像，生成包含1000個(gè)凝膠圖像的數(shù)據(jù)庫(kù)。RasMol amp。 RasMol ，基本操作簡(jiǎn)單，運(yùn)行非常迅速，對(duì)機(jī)器的要求較低，對(duì)小的有機(jī)分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。尚無(wú)在功能上出其右者。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。 ICMLite 維分子瀏覽工具，是MolSoft公司出品的軟件ICM的簡(jiǎn)化版,免費(fèi)推出， 但功能十分強(qiáng)大。還可以進(jìn)行一些計(jì)算操作。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？便是用它與以下軟件結(jié)合制作出來的。該軟件相當(dāng)于一種語(yǔ)言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機(jī)、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機(jī)得到分子三維圖的一個(gè)角度的圖。圖象質(zhì)量精美。 3Dmol viewer, 帶動(dòng)windows系統(tǒng)下生物軟件革新的vector NTIsuite中的一員。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而Cn3D主要的特點(diǎn)是能夠?qū)蓚€(gè)蛋白放在一起直觀地進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對(duì)準(zhǔn)得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域?？梢詫讉€(gè)蛋白疊加起來用來分析結(jié)構(gòu)類似性，比較活性位點(diǎn)或其它有關(guān)位點(diǎn)。該軟件與SwissModel服務(wù)器（蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建服務(wù)器）緊密關(guān)聯(lián)，可以從軟件直接連到SwissModel服務(wù)器進(jìn)行理論蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建。 Molmol 主要用來進(jìn)行各種分子文件的轉(zhuǎn)換，支持30種主要分子格式，也可以用來進(jìn)行3維分子的簡(jiǎn)單顯示。演示版只支持樣板文件與原子數(shù)小于20的分子文件格式的轉(zhuǎn)換。 十、生物顯微圖像分析 Scion Image 是一個(gè)優(yōu)秀的免費(fèi)圖像處理與分析工具。 讀取格式為 TIFF 與BMP格式,是一個(gè)專業(yè)圖像分析軟件，適用與于科學(xué)處理，這點(diǎn)從研發(fā)單位便可看出。 SigmaScan Pro 是一個(gè)有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進(jìn)行數(shù)字圖像的分析處理，可以很容易地將圖像進(jìn)行分析，得出科學(xué)結(jié)論。 十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)類軟件 SAS世界排名第一，專業(yè)性極強(qiáng)，能做各種統(tǒng)計(jì)，是FDA唯一批準(zhǔn)有效的統(tǒng)計(jì)軟件。是專業(yè)統(tǒng)計(jì)人員的首選軟件。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運(yùn)行速度慢的缺點(diǎn)。但SPSS分為不同版本，如basic版、standard版和advance版。象SAS完成安裝則達(dá)6張CD！因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。但其知名度在前二者之下，對(duì)一般用戶可以考慮選用。 以上的軟件過于強(qiáng)大，下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)作圖，更適合生物學(xué)的數(shù)據(jù)分析： GraphPad Prism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來進(jìn)行生物學(xué)統(tǒng)計(jì)、曲線擬合以及作圖。 SigmaPlot 2002 著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù)，繪制精確的兩維或三維曲線，可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性，并能進(jìn)行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計(jì)分析。 Simstat 一個(gè)易于使用的智能統(tǒng)計(jì)軟件尤其適合對(duì)統(tǒng)計(jì)知識(shí)了解不多的人使用，它具有一個(gè)“專家系統(tǒng)”，引導(dǎo)你對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。 CurveExpert ELISA標(biāo)準(zhǔn)曲線擬合、及其它各種有關(guān)的實(shí)驗(yàn)數(shù) 據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 十二、文獻(xiàn)管理 reference Manager ,同時(shí)保存查找的資料為本地文件?？梢灾苯釉赪ORD中查找資料，并插入引用。 十三、進(jìn)化樹分析 Phylip 最為通用的進(jìn)化樹分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對(duì)距離數(shù)據(jù)分析的軟件。iv，把序列的每個(gè)堿基/氨基酸獨(dú)立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時(shí)，對(duì)序列進(jìn)行分析的軟件。vi，繪制和修改進(jìn)化樹的軟件。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進(jìn)化樹，一個(gè)軟件，并且對(duì)樹進(jìn)行bootstrap評(píng)估。 Paup 一種功能強(qiáng)大的商業(yè)版系統(tǒng)進(jìn)化分析軟件，據(jù)稱價(jià)值數(shù)千美金
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