基因芯片分析的理論與方法-文庫(kù)吧
2025-02-06 21:50 本頁(yè)面
【正文】 g（ IVT）操作流程 （以真核生物為例）L LLL L標(biāo)記的 cRNA片斷 雜交混合液的制備EukaryoticControlOligo B2 雜交（ 16hour） 數(shù)據(jù)分析 掃 描 洗脫染色Oligonucleotide array 的 特點(diǎn)1 個(gè)平方厘米的面積至少可排列四十多萬(wàn)個(gè)探針合成區(qū)（ “點(diǎn) ”）基因 2基因 1cDNA基因 2cDNA用于 cDNA芯片的探針Oligo probe基因 1多個(gè)檢測(cè)結(jié)果可以參考Oligonucleotide array 的 優(yōu)越性? 序列準(zhǔn)確性高 原位合成 PCR擴(kuò)增 ,點(diǎn)樣? 起始 Total RNA 1－ 10ug ≥50ug ? 均一的退火溫度 25mer 300bp－ 3Kb? 特異性更高 多段探針 單個(gè)探針? 非特異性雜交 ≤2％ 30％cDNA 芯片Affy 芯片優(yōu) 勢(shì)芯片分析 數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化n Quantitation n dataquality assessmentsn 背景處理：圖像上各點(diǎn)的吸光度值包含了樣品和背景信號(hào)，在提取數(shù)據(jù)前必須將背景扣除n 雜交點(diǎn)質(zhì)量：由于點(diǎn)樣或膜變形等原因目前較多的軟件對(duì)雜交點(diǎn)的識(shí)別定位仍需要人為的調(diào)整n 數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化：其目的是避免基因芯片實(shí)驗(yàn)中因系統(tǒng)差異造成芯片間數(shù)據(jù)比較的困難。最常用的是 “ 看家基因 ” 法，它預(yù)先選擇一組表達(dá)水平不變的看家基因，計(jì)算出這組基因平均 ratio 值為 1 時(shí)的標(biāo)準(zhǔn)化系數(shù)，然后將其應(yīng)用于全部的數(shù)據(jù)以達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)化的目的(A)Scatter plots for a Cy5liver/Cy3liver control hubridization A (B)Cy5ovarian tumor/Cy3normal ovary hubridization The value of Cy3 and Cy5 hydridization signals from each clone were plotted directly onto the plot （ 卵巢癌）Data Analysis Reveal the Difference基因芯片數(shù)據(jù)分析和信息挖掘方法一 . 聚類(lèi)分析聚類(lèi)分析n 聚類(lèi)分析是模式識(shí)別中一種非常有吸引力的方法，特別適用于模式分類(lèi)數(shù)不知道的情況。n 從機(jī)器學(xué)習(xí)的角度來(lái)看，有兩種基本的聚類(lèi)分析：n 有教師聚類(lèi)n 無(wú)教師聚類(lèi)n 基因表達(dá)數(shù)據(jù)聚類(lèi)分析一般包括以下幾個(gè)步驟：n （１）確定基因表達(dá)的數(shù)據(jù)n （２）計(jì)算相似性矩陣，各個(gè)矩陣元素代表兩個(gè)基因的表達(dá)是否相似n （３）選擇算法進(jìn)行聚類(lèi)分析n （４）顯示分析結(jié)果。n 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類(lèi)分析之前，必須將包含在基因表達(dá)矩陣中的數(shù)據(jù)進(jìn)行相似程度分析，并且對(duì)分析結(jié)果進(jìn)行量化。 n 通常情況下，相似往往被賦于一個(gè)較大的量化的值，而不相似則由一個(gè)較小的量化的值來(lái)表示。n 在實(shí)際計(jì)算中，往往 以距離代替相似 的概念，相似性度量被轉(zhuǎn)化為兩個(gè)基因表達(dá)模式之間的距離。距離越小，表達(dá)模式越相近，反之，則表達(dá)模式差異大。兩個(gè)表達(dá)模式之間的關(guān)系(a) 相似(b) 變化趨勢(shì)一致(c) 兩個(gè)基因的調(diào)控結(jié)果不一樣或甚至相反聚類(lèi)分析的目的n 可誘導(dǎo)基因是共表達(dá)的 n 許多構(gòu)成性表達(dá)的基因不受調(diào)節(jié)n 根據(jù)表達(dá)相似形排列基因n 功能相似的基因被聚為不同的類(lèi)n 可以揭示細(xì)胞的生理狀態(tài)n 可以幫助研究未知基因的功能聚類(lèi)結(jié)果顯示 : Cluster, Cluster viewer二 . 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 基 本 理 論定義n 一個(gè)基因網(wǎng)絡(luò) (pathway)由 一組生物分子（如基因、蛋白質(zhì)）以及它們之間的相互作用構(gòu)成 ，這
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