基因芯片分析的理論與方法-wenkub.com
2025-02-18 21:50 本頁面
【正文】 n 功能富集分析的 統(tǒng)計(jì) 原理是用超幾何分布型來 檢驗(yàn) 一組 基 因（共表達(dá)或差異表達(dá)）中某個功能 類 的 顯 著性，并 結(jié) 合 多重假 設(shè)檢驗(yàn) 判斷思想 選擇 同 這組 基因 顯 著相關(guān)功能 類別MAPPFindern MAPPFinder is a tool that creates a global geneexpression profile across all areas of biology by integrating the annotations of the Gene Ontology (GO) Project with the free software package n GenMAPP 可以整合 GO定義，產(chǎn)生整體的基因表達(dá)譜 . 輸出可以搜索的瀏覽器 ,幫助用戶快速識別代表性的差異表達(dá)基因在 GO的定義。關(guān)于 GenMappn Gemapp ( n GenMAPP 是一個以學(xué)術(shù)研究為基礎(chǔ)的科學(xué)團(tuán)體，提供 100個以上的通路圖 . Silicon Geics公司已經(jīng)和 GenMAPP組織達(dá)成了協(xié)議 ，把這些通路整合到了 GeneSpring的通路庫 . 利用 GeneSpring分析的基因芯片數(shù)據(jù)可以用 GenMAPP的通路可視化，使研究者研究某些基因在通路中的作用 .關(guān)于 BioCartan BioCarta:“Carta”中文 意思 是 ”地圖 ”， BioCarta” 即 用圖形來描述生物相關(guān)知識 ，形成生物 學(xué)家 所熟悉 的 生化調(diào)控通路 (biochemical pathways)。n GO可以被用來在小鼠基因組中查詢和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)的基因產(chǎn)物n GO發(fā)展了具有三級結(jié)構(gòu)的標(biāo)準(zhǔn)語言 （ ontologies）。多個基因的表達(dá)不斷變化，使得細(xì)胞的生化狀態(tài)不斷地變化。基因網(wǎng)絡(luò)描述了特定細(xì)胞或組織中的功能路徑，如代謝、基因調(diào)控，信號傳導(dǎo)等。 n 通常情況下，相似往往被賦于一個較大的量化的值，而不相似則由一個較小的量化的值來表示。n 寡核苷酸包被的微珠芯片n 平行信號測序技術(shù)：對基因表達(dá)進(jìn)行定量分析基因芯片分析試驗(yàn)方法基因芯片分析的主要步驟cDNA基因芯片分析的主要步驟cDNA芯片分析的主要步驟n Spot by Array spottercDNA芯片分析的主要步驟Hybridizing by Automatic hybridization processorcDNA芯片分析的主要步驟n Laser scannerOligonucleotide array （ GeneChip?）L L L LLLL LcDNAAAAA總 RNA的制備 反轉(zhuǎn)錄體外轉(zhuǎn)錄生物素標(biāo)記的 cRNA片段化處理帶 標(biāo)記的 cRNA片斷35200 bases ug/ul起始用量 510ug（ IVT）操作流程 （以真核生物為例）L LLL L標(biāo)記的 cRNA片斷 雜交混合液的制備EukaryoticControlOligo B2 雜交（ 16hour） 數(shù)據(jù)分析 掃 描 洗脫染色Oligonucleotide array 的 特點(diǎn)1 個平方厘米的面積至少可排列四十多萬個探針合成區(qū)（ “點(diǎn) ”）基因 2基因 1cDNA基因 2cDNA用于 cDNA芯片的探針Oligo probe基因 1多個檢測結(jié)果可以參考Oligonucleotide array 的 優(yōu)越性? 序列準(zhǔn)確性高 原位合成 PCR擴(kuò)增 ,點(diǎn)樣? 起始 Total RNA 1－ 10ug ≥50ug ? 均一的退火溫度 25mer 300bp－ 3Kb? 特異性更高 多段探針 單個探針? 非特異性雜交 ≤2％ 3
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