基因芯片分析的理論與方法-wenkub
2023-03-08 21:50:21 本頁(yè)面
【正文】 0％cDNA 芯片Affy 芯片優(yōu) 勢(shì)芯片分析 數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化n Quantitation n dataquality assessmentsn 背景處理：圖像上各點(diǎn)的吸光度值包含了樣品和背景信號(hào)，在提取數(shù)據(jù)前必須將背景扣除n 雜交點(diǎn)質(zhì)量：由于點(diǎn)樣或膜變形等原因目前較多的軟件對(duì)雜交點(diǎn)的識(shí)別定位仍需要人為的調(diào)整n 數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化：其目的是避免基因芯片實(shí)驗(yàn)中因系統(tǒng)差異造成芯片間數(shù)據(jù)比較的困難。基因芯片分析的理論與方法ericexist163. :7049971基因芯片概論基因芯片分析的概念n 基因芯片 (Gene chip)技術(shù)是指通過(guò) 微陣列 (Microarray)技術(shù)將高密度 DNA片段陣列通過(guò)高速機(jī)器人或原位合成方式以一定的順序或排列方式使其附著在如玻璃片等固相表面，以熒光標(biāo)記的 DNA探針，借助堿基互補(bǔ)雜交原理，進(jìn)行大量的基因表達(dá)及監(jiān)測(cè)等方面研究的技術(shù)。最常用的是 “ 看家基因 ” 法，它預(yù)先選擇一組表達(dá)水平不變的看家基因，計(jì)算出這組基因平均 ratio 值為 1 時(shí)的標(biāo)準(zhǔn)化系數(shù)，然后將其應(yīng)用于全部的數(shù)據(jù)以達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)化的目的(A)Scatter plots for a Cy5liver/Cy3liver control hubridization A (B)Cy5ovarian tumor/Cy3normal ovary hubridization The value of Cy3 and Cy5 hydridization signals from each clone were plotted directly onto the plot （ 卵巢癌）Data Analysis Reveal the Difference基因芯片數(shù)據(jù)分析和信息挖掘方法一 . 聚類分析聚類分析n 聚類分析是模式識(shí)別中一種非常有吸引力的方法，特別適用于模式分類數(shù)不知道的情況。n 在實(shí)際計(jì)算中，往往 以距離代替相似 的概念，相似性度量被轉(zhuǎn)化為兩個(gè)基因表達(dá)模式之間的距離。原理n 基因表達(dá)實(shí)際上是細(xì)胞、組織、器官受遺傳和環(huán)境影響的結(jié)果。n 一個(gè)基因的表達(dá)受其它基因的影響，而這個(gè)基因又會(huì)影響其它基因的表達(dá)，這種相互影響、相互制約關(guān)系構(gòu)成了復(fù)雜的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。 根據(jù)基因產(chǎn)物的相關(guān)分子功能，生物學(xué)途徑，細(xì)胞學(xué)組件而給予定義，無(wú)物種相關(guān)性。n BioCarta 公司為客戶免費(fèi)提供通路繪制軟件 ,讓他們根據(jù)自己的研究領(lǐng)域發(fā)表通路 ,建成數(shù)據(jù)庫(kù) ,通路中的蛋白都是按照 HUGO的 標(biāo)準(zhǔn)建立的 .n BioCarta已收集各物 種 共大約 120,000基因及 136個(gè) 調(diào)控通路 ， 數(shù)據(jù)庫(kù)載不斷增加 ， 其 信號(hào)傳導(dǎo)通路 (signal transduction pathways)是 當(dāng)前最全的 .GeneNetn 真核生物生理過(guò)程的調(diào)控網(wǎng)絡(luò) (GeneNet)n GeneNet展示了協(xié)調(diào)方式下基因的整體功能，良好的調(diào)控功能和對(duì)外界刺激的反應(yīng)。工作方式Z值得計(jì)算GOminern Gominer:最初 Version在算法上 雖亞 于 GenMAPP, 在再建立可 視 關(guān)系上 (treelike structure 和‘directed acyclic graph)有其獨(dú)特之 處 .n 今年 對(duì) Original Version進(jìn) 行 較 大改 進(jìn) ,不 僅 可以富集 significant GO categories, 還 可以同 時(shí)對(duì) 多套芯片 實(shí)驗(yàn) 數(shù)據(jù)批量分析 ,控制假 發(fā)現(xiàn) 率 FDR, 還整合 轉(zhuǎn)錄 因子 結(jié) 合位點(diǎn)信息 .綜 合而言 , 尤其適合TIMECOURSE功能富集分析n 需要建立當(dāng)?shù)?Mysql數(shù)據(jù)庫(kù) ,建立 JDB數(shù)據(jù)源 Pathway Explorern PathwayExplorer:provides prehensive and easily accessible representations of expression
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