基因芯片分析的理論與方法-wenkub
2023-03-08 21:50:21 本頁面
【正文】 0％cDNA 芯片Affy 芯片優(yōu) 勢芯片分析 數(shù)據(jù)的標準化n Quantitation n dataquality assessmentsn 背景處理：圖像上各點的吸光度值包含了樣品和背景信號，在提取數(shù)據(jù)前必須將背景扣除n 雜交點質(zhì)量：由于點樣或膜變形等原因目前較多的軟件對雜交點的識別定位仍需要人為的調(diào)整n 數(shù)據(jù)的標準化：其目的是避免基因芯片實驗中因系統(tǒng)差異造成芯片間數(shù)據(jù)比較的困難。基因芯片分析的理論與方法ericexist163. :7049971基因芯片概論基因芯片分析的概念n 基因芯片 (Gene chip)技術(shù)是指通過 微陣列 (Microarray)技術(shù)將高密度 DNA片段陣列通過高速機器人或原位合成方式以一定的順序或排列方式使其附著在如玻璃片等固相表面，以熒光標記的 DNA探針，借助堿基互補雜交原理，進行大量的基因表達及監(jiān)測等方面研究的技術(shù)。最常用的是 “ 看家基因 ” 法，它預先選擇一組表達水平不變的看家基因，計算出這組基因平均 ratio 值為 1 時的標準化系數(shù)，然后將其應用于全部的數(shù)據(jù)以達到標準化的目的(A)Scatter plots for a Cy5liver/Cy3liver control hubridization A (B)Cy5ovarian tumor/Cy3normal ovary hubridization The value of Cy3 and Cy5 hydridization signals from each clone were plotted directly onto the plot （ 卵巢癌）Data Analysis Reveal the Difference基因芯片數(shù)據(jù)分析和信息挖掘方法一 . 聚類分析聚類分析n 聚類分析是模式識別中一種非常有吸引力的方法，特別適用于模式分類數(shù)不知道的情況。n 在實際計算中，往往 以距離代替相似 的概念，相似性度量被轉(zhuǎn)化為兩個基因表達模式之間的距離。原理n 基因表達實際上是細胞、組織、器官受遺傳和環(huán)境影響的結(jié)果。n 一個基因的表達受其它基因的影響，而這個基因又會影響其它基因的表達，這種相互影響、相互制約關(guān)系構(gòu)成了復雜的基因表達調(diào)控網(wǎng)絡。 根據(jù)基因產(chǎn)物的相關(guān)分子功能，生物學途徑，細胞學組件而給予定義，無物種相關(guān)性。n BioCarta 公司為客戶免費提供通路繪制軟件 ,讓他們根據(jù)自己的研究領(lǐng)域發(fā)表通路 ,建成數(shù)據(jù)庫 ,通路中的蛋白都是按照 HUGO的 標準建立的 .n BioCarta已收集各物 種 共大約 120,000基因及 136個 調(diào)控通路 ， 數(shù)據(jù)庫載不斷增加 ， 其 信號傳導通路 (signal transduction pathways)是 當前最全的 .GeneNetn 真核生物生理過程的調(diào)控網(wǎng)絡 (GeneNet)n GeneNet展示了協(xié)調(diào)方式下基因的整體功能，良好的調(diào)控功能和對外界刺激的反應。工作方式Z值得計算GOminern Gominer:最初 Version在算法上 雖亞 于 GenMAPP, 在再建立可 視 關(guān)系上 (treelike structure 和‘directed acyclic graph)有其獨特之 處 .n 今年 對 Original Version進 行 較 大改 進 ,不 僅 可以富集 significant GO categories, 還 可以同 時對 多套芯片 實驗 數(shù)據(jù)批量分析 ,控制假 發(fā)現(xiàn) 率 FDR, 還整合 轉(zhuǎn)錄 因子 結(jié) 合位點信息 .綜 合而言 , 尤其適合TIMECOURSE功能富集分析n 需要建立當?shù)?Mysql數(shù)據(jù)庫 ,建立 JDB數(shù)據(jù)源 Pathway Explorern PathwayExplorer:provides prehensive and easily accessible representations of expression
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