基因芯片分析的理論與方法(參考版)
2025-02-24 21:50本頁面
【正文】 工作方式Z值得計算GOminern Gominer:最初 Version在算法上 雖亞 于 GenMAPP, 在再建立可 視 關(guān)系上 (treelike structure 和‘directed acyclic graph)有其獨特之 處 .n 今年 對 Original Version進 行 較 大改 進 ,不 僅 可以富集 significant GO categories, 還 可以同 時對 多套芯片 實驗 數(shù)據(jù)批量分析 ,控制假 發(fā)現(xiàn) 率 FDR, 還整合 轉(zhuǎn)錄 因子 結(jié) 合位點信息 .綜 合而言 , 尤其適合TIMECOURSE功能富集分析n 需要建立當?shù)?Mysql數(shù)據(jù)庫 ,建立 JDB數(shù)據(jù)源 Pathway Explorern PathwayExplorer:provides prehensive and easily accessible representations of expression profiles onto major regulatory, metabolic and cellular pathways. The integrated pathway resources include KEGG, BioCarta and GenMAPP.n LocusLink was again used as root identifier. The LocusLinks are linked with the userdefined gene identifier groups (UniGene, GeneOntology, GenBank and/or RefSeq), which are used then to align the mapped gene IDs.n ArrayXPathn a webbased service for mapping and visualizing microarray geneexpression data for integrated biological pathway resources n When one inputs geneexpression clusters, ArrayXPath produces a list of the best matching pathways for each cluster n applied Fisher39。 功能富集分析功能富集分析定義n 功能富集分析 (Functional Enrichment Analysis)又稱功能聚 類 分析，借助于各種生物學信息數(shù)據(jù) 庫 （ 如GO , KEGG, GENMAPP, BIACARTA, TRANSFAC, OMIM） 和分析工具（如 MAPPFinder, ArrayXPath） 進 行 統(tǒng)計 分析，挖掘同差異表達或共表達 這組 感 興 趣基因具有 顯 著差異的功能 類別 。n BioCarta 公司為客戶免費提供通路繪制軟件 ,讓他們根據(jù)自己的研究領(lǐng)域發(fā)表通路 ,建成數(shù)據(jù)庫 ,通路中的蛋白都是按照 HUGO的 標準建立的 .n BioCarta已收集各物 種 共大約 120,000基因及 136個 調(diào)控通路 ， 數(shù)據(jù)庫載不斷增加 ， 其 信號傳導通路 (signal transduction pathways)是 當前最全的 .GeneNetn 真核生物生理過程的調(diào)控網(wǎng)絡 (GeneNet)n GeneNet展示了協(xié)調(diào)方式下基因的整體功能，良好的調(diào)控功能和對外界刺激的反應。 由 GIF等平板文件類型圖示，方框顯示為涉及的酶 EC名稱，圓滑框為反應類型，以實線和箭頭連接反應物和方向，虛線指向預測的反應類型。 根據(jù)基因產(chǎn)物的相關(guān)分子功能，生物學途徑，細胞學組件而給予定義，無物種相關(guān)性。 GO是多種生物學本體論語言中的一種，提供了三層結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)定義方式，用于描述基因產(chǎn)物的功能。n 一個基因的表達受其它基因的影響，而
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