【正文】 數(shù)量少，并且受到地理來(lái)源的限制，這種病毒的多樣性和 發(fā)展史沒有得到充分的研究。 因此，本研究的目的是確定在豬 TTVs 全基因組的遺傳變異水平高度，研究類型和突變的影響，并確定如今豬 TTV基因組序列與所有已知的豬基因組的親緣關(guān)系 。基于這些原因，新 的豬 TTVs13 全長(zhǎng)基因組，獲得來(lái)自西班牙和分析了 10 個(gè)已公布的基因組在一起。 材料與方法 研究中使用的血清標(biāo)本，從以前通過測(cè)試，聚合酶鏈反應(yīng)積極的 9 豬 TTV 中獲得，獲得健康的育肥豬從 11日至 15 周齡。這些樣品收集在 20212021 年期間4西班牙農(nóng)場(chǎng)（ GrauRoma， 2021 年）和血清從 CReSA 集合（ Centre de Recerca 93 en Sanitat Animal, Barcelona, Spain）中。對(duì) TTSuV1 和 TTSuV2 的全長(zhǎng)基因組擴(kuò)增與校對(duì) DNA 聚合酶（ Taq 酶洛杉磯 TaKaRa 公司，寶生物公司，日本）的特異性引物使用位于非編碼區(qū)。 聚合酶鏈反應(yīng)條件為： 初始變性步驟 95℃ 5分鐘，隨后在 95 度 30 秒， 48℃（ TTSuV1）或 56℃（ TTSuV2）30 S 和 72186。3 分鐘的 C， C 由 40 個(gè)循環(huán)最終于延長(zhǎng) 5 分鐘 9972 攝氏度擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)電泳分離在 ％瓊脂糖凝膠，使用 NucleoSpin 提取純化二（馬謝雷格爾）。序列，獲得了 DNA的使用 BigDye終結(jié)者走循環(huán)測(cè)序試劑盒 ABI棱 柱 3100遺傳分析儀（應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）。序列組裝使用 ContigExpress 應(yīng)用（向量NTI 公司 11 節(jié)， Invitrogen 公司），并贊同 TTV 的基因組一起在與 Clustal W程序在 BioEdit 序列比對(duì)編輯器（霍爾， 1999 年） GenBank 中（表 1） 基因組組織的預(yù)測(cè)是由岡本等人（ 2021 年）和岡本（ 2021 年）基于現(xiàn)有的 豬 TTV 基因特點(diǎn)。 TTV 的基因組的分子變異分析使用 MEGA4（田村等。 2021年 ）比較完整的核苷酸序列和推導(dǎo)的氨基酸序列。一對(duì) wised 個(gè)身份之間基因組（ PI）的矩陣，用于： I）興建一間基因組的核苷酸序列進(jìn)行比較，以確定直方圖中豬 TTV 的分類及 ii）以推斷 其中 加入一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育（新澤西州） 1000 引導(dǎo)估計(jì)算法復(fù)制到分行的信心。變化的有選擇性的壓力的作用和存在沿 TTSuV染色體的二個(gè)方法估計(jì) ： i)密謀非之間的數(shù)字的區(qū)別 synonymous 區(qū)別每個(gè)密碼子 (dS)和同義區(qū)別的數(shù)字每密碼子 (dN)被預(yù)言的 ORFs 的和 ii)計(jì)算 dS/dN 比率由 修改過的 NeiGojobori 方法 (Nei 和 Gojobori 1986)使用短冷期 (Korber 2021)可利用在 HIV 數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站 ( 估計(jì)與那些人的 TTV基因型比較。 結(jié)果和討論 五個(gè) TTSuV1 和八個(gè) TTSuV2 基因組（見表 1）分別擴(kuò)增豬血清測(cè)序，并與幾個(gè)特點(diǎn)已經(jīng)發(fā)表的基因組一起序列。 TTV 豬基因組 被認(rèn)為是稍有不同長(zhǎng)度： KB 的 TTSuV2 基因組（ 2735 年至 2803 年 nt），以及 KB 的 TTSuV1（ 2863年至 2913 年 nt），主要是由于插入，刪除多個(gè)職位 700900 左右， 14001500和 16501750 位于群體。早期的描述非編碼區(qū)和三個(gè)潛在碼被發(fā)現(xiàn)在所有 TTVs（圖 1，表 2）。 ORF1 基因 mRNA 的預(yù)測(cè)是世界上最大跨度變長(zhǎng) 1914 至 1950 年新臺(tái)幣 在 TTSuV1（ 638 650aa），并從 1875 年到 1884 新臺(tái)幣長(zhǎng)度 在 TTSuV2（ 625 628aa）。通過與雞貧血病毒和豬 圓環(huán)病毒。 ORF 外殼蛋白和復(fù)制相關(guān)蛋白通常在圓形單鏈 DNA 病毒 特點(diǎn)，比喻。保守的地區(qū)，如精氨酸豐富的 N 末端和滾動(dòng)循環(huán)復(fù)制域名被發(fā)現(xiàn)的所有豬 TTV 的基因組，所描 述的黃等人更早 （ 2021年）。 ORF2 的，最短的預(yù)測(cè)基因，編碼 69 個(gè)氨基酸的 TTSuV2 和 7374 在 TTSuV1機(jī)管局。 ORF3 預(yù)計(jì)拼接后產(chǎn)生，分享它的 539。與 ORF2 的一半，和 339。一半左右的位置在橫跨約 500nt和 400 TTSuV2 TTSuV1nt2021 年開始。剪接點(diǎn)的預(yù)測(cè)是保守的分析了各菌株。與機(jī)管局的 221232 和 200203 為 TTSuV2 TTSuV1 機(jī)管局功能未知蛋白 ORF3編碼。不同的非編碼區(qū)，以及在其長(zhǎng)度為 838844臺(tái)幣之間 TTSuV1株和 793797 新臺(tái)幣 TTSuV2 之間 的 2829％，占整個(gè)基因組。還確定了典型域的非編碼區(qū)： TATA 盒（主題 ATATAA）和一個(gè)可變長(zhǎng)度的氣相色譜豐富的地區(qū)。表 2 總結(jié)了 TTV 的基因變異之間。一個(gè)突出的特點(diǎn)是高量的變異位點(diǎn)與觀察TTSuV1 TTSuV2（ ％比 ％）。對(duì)于 TTSuV1，一共有 1349 變量的位置進(jìn)行了鑒定，含有 每個(gè) 平均單位 位置替換。 TTSuV2 基因組分別與每個(gè)位置替換為 TTSuV1（ ）類似金額較低的變異位點(diǎn)的數(shù)量（ 670）。有趣的是，較大的核苷酸突變的數(shù)目比為（ 和 ，每位置突變 TTSuV1 和 TTSuV2，分別）是飽和的指示核苷酸變異位點(diǎn)的數(shù)目 。盡管飽和度進(jìn)行的測(cè)試（未顯示數(shù)據(jù)）并沒有任何重大基因組區(qū)域（夏等人。， 2021）。沿基因組核苷酸位點(diǎn)有差異變量分布：降低在非編碼區(qū)（ ％和 TTSuV2 TTSuV1％），并在翻譯區(qū)（ ％和 為 TTSuV1 TTSuV2％）大。超過一半的核苷酸突變報(bào) TTSuV1（ 740 1349時(shí)， ％），變量之間的對(duì)應(yīng) tothe 出版六本的基因組和基因組研究獲得的發(fā)現(xiàn)位置。相反，只有 9％的基因組的核苷酸之間 TTSuV2 突變（ 62 670 分）之間的新的基因組和四個(gè) TTSuV2 從 基因銀行 中獲得的基因組。 TTSuV1 之間的這種不均衡和 TTSuV2 突變是在基因組的編碼區(qū)觀察，但不是在非編碼區(qū)，顯示幾乎相等的比例（ ％和 TTSuV2 TTSuV1％）。在非編碼區(qū)區(qū)域的低變性很可能是由于其重要性在復(fù)制和轉(zhuǎn)錄為圓形單鏈 DNA 病毒的其他鑒定（ Mankertz等。， 2021）。具體來(lái)說，臺(tái)視非編碼區(qū)含有啟動(dòng)子和轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子 表現(xiàn)出不同的活動(dòng)測(cè)試（鐮田等細(xì)胞株的不同， 2021 年。 鈴木等人。， 2021）。 有關(guān)基因突變類型，顛換（ TV，嘌呤或嘧啶對(duì)嘌呤嘧啶）已超過轉(zhuǎn)換支配的（ Ti，嘌呤嘌呤或嘧啶到嘧啶）為 TTSuV1（ 972 TV and 858 TI，χ 21df， P值），而在 TTSuV2 案件的模式完全相反，德州儀器寡不敵眾電視顯著（ 373 TV和 435 TI,，χ 21df， P值 ）。 TI和 179 TV 被認(rèn)為是比 1:2180 (TI:TV=，因?yàn)?TV 多余 Ti的兩倍。在 DNA 序列演化的過渡性變化率不同于顛的變化率，與TI一般比 TV 更頻繁發(fā)生。這種差異往往是被稱為 TI的偏見。對(duì)脛骨的程度估計(jì)可能會(huì)感興趣，因?yàn)樗蔀椴煌奈锓N和不同的基因在不同生物體集合（內(nèi)和Kumar， 2021。斯特蘭德貝格和索爾特， 2021）。 TI 的偏見，這是觀察核，線粒體和葉綠體 DNA 與原核生物，真核生物和病毒。但是，對(duì)于豬 TTV 中沒有偏見，觀察 (TTSuV1, TI:TV=1: and TTSuV2, TI:TV=1:). 代替的樣式在 ORFs 之中的也是不同，更被歪曲為 ORF1 和均勻地分布為在TTSuV1 和 TTSuV2 (表 2)的 ORF2 和 ORF3。 對(duì)于 TTSuV1， ORF1 包含了大多在第三密碼子的代替。 然而，第二個(gè)位置是最易變的在 TTSuV1 和 ORF3 的 ORF2 在兩個(gè)病毒種類。 中碼突變模式的差異，顯然也反映在同義與非同義氨基酸替換（ dS/ dN的，表 3），并在每個(gè)密碼子 dN的雙鏈差異（圖 1）地積比率。在 DS/ dN 的比率 1 表示凈化選擇。對(duì)于這兩種病毒的物種最高的比率分別為 ORF1 基因觀察和對(duì) ORF3（表 3）最低。同樣，同義替代率比人類基因型 TTV 的非同義替換為