【正文】 Anelloviridae 科中 分類(lèi)連同 TTlike Mini Virus (TTMV), and TT Midi Virus(TTMDV)的 單股環(huán)狀 DNA 病毒。為同義（ DS）的非同義 （ DN）的堿基比例較大的值（ DS/DN）指向一個(gè) TTV 的基因組中一定程度的選擇性約束碼。對(duì)于 TTSuV1 核苷酸多樣性高于 TTSuV2，及其相互之間的碼突變方式也不同 。noma de Barcelona,08193 Bellaterra, Barcelona, Spain提供 。 以完整基因組為依據(jù)的豬圓 環(huán)病毒 1型（ Torque teno sus1 TTSuV1）和 2型（ Torque teno sus2 TTSuV2）的 遺傳變異和發(fā)展史 由 Mart237。es, Tuija Kekarainen PII: S03781135(10)003858 DOI: doi:參考 : VETMIC 4993 出現(xiàn) VETMIC 收到日期 :2021426 修訂日期 :202198 接受日期 : 2021813 請(qǐng)?jiān)@篇文章 ： Cortey, M., Macera, L., Segal180。? Cortey, Lisa Macera, Joaquim Segal180。請(qǐng)注意，在 出版 過(guò)程中 可能會(huì)被發(fā)現(xiàn)的錯(cuò)誤會(huì)影響其內(nèi)容 ， 并且所有的法律免責(zé)聲明都適用于該雜志的涉及部分。noma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Barcelona, Spain. Retrovirus Centre and Virology Section, Department of Experimental Pathology,University of Pisa, . AbetoneBrennero 2, 56127 Pisa, de Sanitat i Anatomia Animals, Universitat Aut242。 盡管根據(jù)低核苷酸的報(bào)道，這種基因結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄的剖面圖仍和 TTVs 相似。 與此相反， TTSuV2表明變異較低水平（ 15％），并沒(méi)有什么不同類(lèi)型的可描述。演化 。 Okamoto et al., 2021。 Krakowka et al., 2021) 病 毒粒子呈二十面體并且無(wú)包膜據(jù)道 直徑 3032 nm。 Huang et al., 2021).）。尼爾等人， 2021年 。 2021）。 慮到四種核苷酸同源性菌株數(shù)量的美國(guó)，無(wú)論最近已建議上 傳到物種地位的兩個(gè)內(nèi)部類(lèi)，豬圓環(huán)病毒品種 1（ TTSuV1）和 2（ TTSuV2），為 TTSuV1和三個(gè)亞型為 TTSuV2（黃等人?；痰?， 2021。 Kekarainen等， 2021。等， 2021。Taira等， 2021。s, 2021). 由于可用的豬 TTV 序列 數(shù)量少，并且受到地理來(lái)源的限制，這種病毒的多樣性和 發(fā)展史沒(méi)有得到充分的研究。這些樣品收集在 20212021 年期間4西班牙農(nóng)場(chǎng)（ GrauRoma， 2021 年）和血清從 CReSA 集合（ Centre de Recerca 93 en Sanitat Animal, Barcelona, Spain）中。序列，獲得了 DNA的使用 BigDye終結(jié)者走循環(huán)測(cè)序試劑盒 ABI棱 柱 3100遺傳分析儀（應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）。一對(duì) wised 個(gè)身份之間基因組（ PI）的矩陣，用于： I）興建一間基因組的核苷酸序列進(jìn)行比較，以確定直方圖中豬 TTV 的分類(lèi)及 ii）以推斷 其中 加入一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育（新澤西州） 1000 引導(dǎo)估計(jì)算法復(fù)制到分行的信心。早期的描述非編碼區(qū)和三個(gè)潛在碼被發(fā)現(xiàn)在所有 TTVs（圖 1，表 2）。保守的地區(qū)，如精氨酸豐富的 N 末端和滾動(dòng)循環(huán)復(fù)制域名被發(fā)現(xiàn)的所有豬 TTV 的基因組，所描 述的黃等人更早 （ 2021年）。一半左右的位置在橫跨約 500nt和 400 TTSuV2 TTSuV1nt2021 年開(kāi)始。還確定了典型域的非編碼區(qū)： TATA 盒（主題 ATATAA）和一個(gè)可變長(zhǎng)度的氣相色譜豐富的地區(qū)。 TTSuV2 基因組分別與每個(gè)位置替換為 TTSuV1（ ）類(lèi)似金額較低的變異位點(diǎn)的數(shù)量（ 670）。沿基因組核苷酸位點(diǎn)有差異變量分布：降低在非編碼區(qū)（ ％和 TTSuV2 TTSuV1％），并在翻譯區(qū)（ ％和 為 TTSuV1 TTSuV2％）大。在非編碼區(qū)區(qū)域的低變性很可能是由于其重要性在復(fù)制和轉(zhuǎn)錄為圓形單鏈 DNA 病毒的其他鑒定（ Mankertz等。 2021）。這種差異往往是被稱(chēng)為 TI的偏見(jiàn)。但是，對(duì)于豬 TTV 中沒(méi)有偏見(jiàn)，觀察 (TTSuV1, TI:TV=1: and TTSuV2, TI:TV=1:). 代替的樣式在 ORFs 之中的也是不同，更被歪曲為 ORF1 和均勻地分布為在TTSuV1 和 TTSuV2 (表 2)的 ORF2 和 ORF3。在 DS/ dN 的比率 1 表示凈化選擇。有趣的是，在 DN DS等情節(jié)表明，選擇的 ORF1 基因密碼子負(fù)大部分的N末端， 無(wú)論幾個(gè) 調(diào)控序列（即精氨酸豐富的地區(qū)）被放置。臺(tái)視 ORF1 基因似 乎是由選擇凈化水平的影響比較強(qiáng)的 ORF2 和ORF3。 然而，當(dāng)所有可利用的染色體 (表 1)被考慮了，身分從 65 范圍到 80% TTSuV1 的， 88 到 97% TTSuV2 的和 40 到 50%在 TTSuV1 和TTSuV2 之間。提出的子型 2b 和 2c 顯示了相似的 PI 價(jià)值如被觀察在之中 。 非常最近，黃 (2021)使用在 121 條 TTV 染色體之中的 PI等提出了小組分類(lèi)的幾試探性門(mén)限在 TTV ： 變形 (95% PI)，子型 (8595% PI)，類(lèi)型 (6785% PI)，種類(lèi) (5567%)和類(lèi) (3655%)。 根據(jù)當(dāng)前結(jié)果， TTSuV1 和應(yīng)該考慮 TTSuV2 作為證實(shí)分類(lèi)的種類(lèi)等提議由黃 (2021)和 ICT( 提出 ，所有 TTSuV1 西班牙染色體分別地成群了與美國(guó)和亞洲染色體，陳列身分更低比 80%與比較參考鍵入 1a和 1b。 2b和 2c的亞型聚集一起在 NJ樹(shù)，并 根據(jù) TTV類(lèi)型 6785％PI）和亞型（ 8595％ PI）的建議的范圍（黃等人。然而，直到基因組的 TTSuV2 較多的情況下，在亞型的定義應(yīng)推遲。 Martinez 等人， 2021 年 。）。目前一豬TTV 中基因組中有非編碼區(qū)和 3 個(gè) ORF 與翻譯區(qū)。該報(bào)告的轉(zhuǎn)換和顛換數(shù)沒(méi)有差異。另一方面，建議對(duì)集群TTSuV2 混合亞型及 其定義不明確。, L., Beven, V., de Boiss233。 Pintel, D., 2021. Replication of and Protein Synthesis by TT Viruses, in: de Villiers, ., zur Hausen, H. (Eds.), TT Viruses. The Still Elusive Human Pathogens. SpringerVerlag, Berlin, pp. 6590. Kamada, K., Kamahora, T., Kabat, P., Hino, S., 2021. Transcriptional 338 regulation of TT virus: promoter and enhancer regions in the noncoding region. Virol. 321, 340 341– 348. Kekarainen, T., Segal233。zar, C., Segal233。2，差異與歐洲，美洲和亞洲 TTSuV1s3， TTSuV1 之間的差異和TTSuV2。全長(zhǎng) TTSuV 本研究采用基因組， 起源登錄號(hào)，基因組 長(zhǎng)度核苷酸和參考 表 2。同義（ DS）和非同義（ DN）的替代率（ DS/DN）的豬圓環(huán)病毒病毒 TTV 的基因型和四人間的基因組 圖片 1 圖片 2 圖片 3