【正文】 ts application. Mol. Phyl. Evol. 26, 17. 圖標(biāo)題 圖 1，每間密碼子（ DN）的非同義 差異數(shù)目和每個密碼子（ DS）的同義差異對每個情節(jié)的 ORF 數(shù)目的差異。son, C., Grassland, B., Rose, N., Biagini, P., Jestin, A., 2021. Pig anelloviruses are highly prevalent in swine herds in France. J. Gen. Virol. 86, 631635. Brassard, J., Gagn233。中碼突變的方式也不同： ORF1 基因較為保守，表現(xiàn)出較高的比例第三密碼子位置和負(fù)選擇密碼子 ?；蚪M信息已被集中到迄今人類 TTVs，但這和最近的研究（ Brassard 等， 2021。此外，對來自不同地理區(qū)域的豬 TTV 的分歧更多的序列數(shù)據(jù)，獲得更好的結(jié)論應(yīng)分析。 因此，根據(jù)這些觀察，提議應(yīng)該考慮第三個 TTSuV1 類型 (1c) ()。 依然是的 TTSuV2 染色體。差分約束報碼之間最有可能由每的 ORF， ORF1 編碼的蛋白質(zhì)的功能有一個產(chǎn)品作為外殼蛋白和復(fù)制相關(guān)蛋白的雙重作用引起的（ Kakkola 等。對于這兩種病毒的物種最高的比率分別為 ORF1 基因觀察和對 ORF3（表 3）最低。對脛骨的程度估計可能會感興趣，因為它可為不同的物種和不同的基因在不同生物體集合（內(nèi)和Kumar， 2021。 2021）。有趣的是，較大的核苷酸突變的數(shù)目比為（ 和 ，每位置突變 TTSuV1 和 TTSuV2，分別）是飽和的指示核苷酸變異位點的數(shù)目 。剪接點的預(yù)測是保守的分析了各菌株。 ORF1 基因 mRNA 的預(yù)測是世界上最大跨度變長 1914 至 1950 年新臺幣 在 TTSuV1（ 638 650aa），并從 1875 年到 1884 新臺幣長度 在 TTSuV2（ 625 628aa）。序列組裝使用 ContigExpress 應(yīng)用（向量NTI 公司 11 節(jié)， Invitrogen 公司），并贊同 TTV 的基因組一起在與 Clustal W程序在 BioEdit 序列比對編輯器（霍爾， 1999 年） GenBank 中（表 1） 基因組組織的預(yù)測是由岡本等人（ 2021 年）和岡本（ 2021 年）基于現(xiàn)有的 豬 TTV 基因特點。 因此，本研究的目的是確定在豬 TTVs 全基因組的遺傳變異水平高度，研究類型和突變的影響，并確定如今豬 TTV基因組序列與所有已知的豬基因組的親緣關(guān)系 。尼爾等人， 2021年 。 Bigarr233。 核苷酸序列分析報告的認(rèn)同程度低 。盡管他們的高遺傳變異，基因組組織和 anelloviruses 轉(zhuǎn)錄剖面相似，主要包含一個編碼開放閱讀框（ ORF1 基因），層巒疊碼區(qū)，和一個非編碼區(qū)（ UTR），其中包 含一個 GC 豐富區(qū)（ Bendinelli et al., 2021。 Kekarainen et al., 2021。為同義（ DS）的非同義 （ DN）的堿基比例較大的值（ DS/DN）指向一個 TTV 的基因組中一定程度的選擇性約束碼。noma de Barcelona,08193 Bellaterra, Barcelona, Spain提供 。es, Tuija Kekarainen PII: S03781135(10)003858 DOI: doi:參考 : VETMIC 4993 出現(xiàn) VETMIC 收到日期 :2021426 修訂日期 :202198 接受日期 : 2021813 請援引這篇文章 ： Cortey, M., Macera, L., Segal180。請注意，在 出版 過程中 可能會被發(fā)現(xiàn)的錯誤會影響其內(nèi)容 ， 并且所有的法律免責(zé)聲明都適用于該雜志的涉及部分。 盡管根據(jù)低核苷酸的報道，這種基因結(jié)構(gòu)和轉(zhuǎn)錄的剖面圖仍和 TTVs 相似。演化 。 Krakowka et al., 2021) 病 毒粒子呈二十面體并且無包膜據(jù)道 直徑 3032 nm。尼爾等人， 2021年 。 慮到四種核苷酸同源性菌株數(shù)量的美國，無論最近已建議上 傳到物種地位的兩個內(nèi)部類，豬圓環(huán)病毒品種 1（ TTSuV1）和 2（ TTSuV2），為 TTSuV1和三個亞型為 TTSuV2（黃等人。 Kekarainen等， 2021。Taira等， 2021。這些樣品收集在 20212021 年期間4西班牙農(nóng)場（ GrauRoma， 2021 年）和血清從 CReSA 集合（ Centre de Recerca 93 en Sanitat Animal, Barcelona, Spain）中。一對 wised 個身份之間基因組（ PI）的矩陣，用于： I）興建一間基因組的核苷酸序列進(jìn)行比較，以確定直方圖中豬 TTV 的分類及 ii）以推斷 其中 加入一個系統(tǒng)發(fā)育（新澤西州） 1000 引導(dǎo)估計算法復(fù)制到分行的信心。保守的地區(qū)，如精氨酸豐富的 N 末端和滾動循環(huán)復(fù)制域名被發(fā)現(xiàn)的所有豬 TTV 的基因組，所描 述的黃等人更早 （ 2021年）。還確定了典型域的非編碼區(qū)： TATA 盒（主題 ATATAA）和一個可變長度的氣相色譜豐富的地區(qū)。沿基因組核苷酸位點有差異變量分布：降低在非編碼區(qū)（ ％和 TTSuV2 TTSuV1％），并在翻譯區(qū)（ ％和 為 TTSuV1 TTSuV2％）大。 2021）。但是，對于豬 TTV 中沒有偏見，觀察 (TTSuV1, TI:TV=1: and TTSuV2, TI:TV=1:). 代替的樣式在 ORFs 之中的也是不同，更被歪曲為 ORF1 和均勻地分布為在TTSuV1 和 TTSuV2 (表 2)的 ORF2 和 ORF3。有趣的是，在 DN DS等情節(jié)表明，選擇的 ORF1 基因密碼子負(fù)大部分的N末端， 無論幾個 調(diào)控序列（即精氨酸豐富的地區(qū)）被放置。 然而，當(dāng)所有可利用的染色體 (表 1)被考慮了，身分從 65 范圍到 80% TTSuV1 的， 88 到 97% TTSuV2 的和 40 到 50%在 TTSuV1 和TTSuV2 之間。 非常最近，黃 (2021)使用在 121 條 TTV 染色體之中的 PI等提出了小組分類的幾試探性門限在 TTV ： 變形 (95% PI)，子型 (8595% PI)，類型 (6785% PI)，種類 (5567%)和類 (3655%)。 2b和 2c的亞型聚集一起在 NJ樹，并 根據(jù) TTV類型 6785％PI）和亞型（ 8595％ PI）的建議的范圍（黃等人。 Martinez 等人， 2021 年 。目前一豬TTV 中基因組中有非編碼區(qū)和 3 個 ORF 與翻譯區(qū)。另一方面，建議對集群TTSuV2 混合亞型及 其定義不明確。 Pintel, D., 2021. Replication of and Protein Synthesis by TT Viruses, in: de Villiers, ., zur Hausen, H. (Eds.), TT Viruses. The Still Elusive Human Pathogens. SpringerVerlag, Berlin, pp. 6590. Kamada, K., Kamahora, T., Kabat, P., Hino, S., 2021. Transcriptional 338 regulation of TT virus: promoter and enhancer regions in the noncoding region. Virol. 321, 340 341– 348. Kekarainen, T., Segal233。2，差異與歐洲，美洲和亞洲 TTSuV1s3， TTSuV1 之間的差異和TTSuV2。同義（ DS）和非同義（ DN）的替代率（ DS/DN）的豬圓環(huán)病毒病毒 TTV 的基因型和四人間的基因組 圖片 1 圖片 2 圖片 3