【正文】 nd tupaias. J. Gen. Virol. 83, 12911297. Strandberg, ., Salter, ., 2021. A parison of methods for estimating the transition:transversion ratio from DNA sequences. Mol. Phyl. Evol. 32, 495503 Suzuki, T., Suzuki, R., Li, J., Hijikata, M., Matsuda, M., Li, .,Matsuura, Y., Mishiro, S., Miyamura, T., 2021. Identification of basal promoter and enhancer elements in an untranslated region of the TTvirus genome. J. Virol. 78, 10820– 10824. Taira, O., Ogawa, H., Nagao, A., Tuchiya, K., Nunoya, T., Ueda, S., 2021. Prevalence of swine Torque teno virus genogroups 1 and 2 in Japanese swine with suspected postweaning multisystemic wasting syndrome and porcine respiratory disease plex. Vet. Microbiol. 139, 347350. Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S., 2021. MEGA4: Molecular Evolutionary Geics Analysis (MEGA) software version . Mol. Biol. Evol. 24,15961599. Xia, ., Xie, Z., Salemi, M., Chen, L., Wa, Y., 2021. An index of substitution saturation and its application. Mol. Phyl. Evol. 26, 17. 圖標(biāo)題 圖 1，每間密碼子（ DN）的非同義 差異數(shù)目和每個(gè)密碼子（ DS）的同義差異對(duì)每個(gè)情節(jié)的 ORF 數(shù)目的差異。s, J., 2021. Torque teno virus infection in the pig and its potential role as a model of human infection. Vet. J. 180, 163168. Kekarainen, T., Sibila, M., Segal233。son, C., Grassland, B., Rose, N., Biagini, P., Jestin, A., 2021. Pig anelloviruses are highly prevalent in swine herds in France. J. Gen. Virol. 86, 631635. Brassard, J., Gagn233。 利益沖突聲明本論文的作者都沒(méi)有與其他人或組織可能不適當(dāng)?shù)赜绊懟蚱?jiàn)的論文內(nèi)容的財(cái)務(wù)或個(gè)人關(guān)系。中碼突變的方式也不同： ORF1 基因較為保守，表現(xiàn)出較高的比例第三密碼子位置和負(fù)選擇密碼子 。 TTSuV1 比 TTSuV2 更具有變化性?；蚪M信息已被集中到迄今人類 TTVs，但這和最近的研究（ Brassard 等， 2021。 Brassard 等， 2021。此外，對(duì)來(lái)自不同地理區(qū)域的豬 TTV 的分歧更多的序列數(shù)據(jù)，獲得更好的結(jié)論應(yīng)分析。 2021），所有從美國(guó)分離TTSuV2 和歐洲應(yīng)該被視為一個(gè)單一類型的亞型數(shù)可能為 2至 7取決于應(yīng)用的門(mén)檻。 因此，根據(jù)這些觀察，提議應(yīng)該考慮第三個(gè) TTSuV1 類型 (1c) ()。 根據(jù)被觀察的在七條 TTV 染色體之中的 identity 作者暫時(shí)地提出的類型 1a 和 1b 和子型 2a、豬的 TTSuV1 和TTSuV2 2b 和 2c，分別。 依然是的 TTSuV2 染色體。 核苷酸身分之間的這些區(qū)別在 孤立之中在 NJ 樹(shù) ()，明顯地分裂的 TTSuV1 和 TTSuV2 也被反射了入不同的等級(jí)。差分約束報(bào)碼之間最有可能由每的 ORF， ORF1 編碼的蛋白質(zhì)的功能有一個(gè)產(chǎn)品作為外殼蛋白和復(fù)制相關(guān)蛋白的雙重作用引起的（ Kakkola 等。 TTSuV1 和 TTSuV2之間的選擇模式，再次不同。對(duì)于這兩種病毒的物種最高的比率分別為 ORF1 基因觀察和對(duì) ORF3（表 3）最低。 對(duì)于 TTSuV1， ORF1 包含了大多在第三密碼子的代替。對(duì)脛骨的程度估計(jì)可能會(huì)感興趣，因?yàn)樗蔀椴煌奈锓N和不同的基因在不同生物體集合（內(nèi)和Kumar， 2021。 有關(guān)基因突變類型，顛換（ TV，嘌呤或嘧啶對(duì)嘌呤嘧啶）已超過(guò)轉(zhuǎn)換支配的（ Ti，嘌呤嘌呤或嘧啶到嘧啶）為 TTSuV1（ 972 TV and 858 TI，χ 21df， P值），而在 TTSuV2 案件的模式完全相反，德州儀器寡不敵眾電視顯著（ 373 TV和 435 TI,，χ 21df， P值 ）。 2021）。超過(guò)一半的核苷酸突變報(bào) TTSuV1（ 740 1349時(shí)， ％），變量之間的對(duì)應(yīng) tothe 出版六本的基因組和基因組研究獲得的發(fā)現(xiàn)位置。有趣的是，較大的核苷酸突變的數(shù)目比為（ 和 ，每位置突變 TTSuV1 和 TTSuV2，分別）是飽和的指示核苷酸變異位點(diǎn)的數(shù)目 。表 2 總結(jié)了 TTV 的基因變異之間。剪接點(diǎn)的預(yù)測(cè)是保守的分析了各菌株。 ORF2 的，最短的預(yù)測(cè)基因，編碼 69 個(gè)氨基酸的 TTSuV2 和 7374 在 TTSuV1機(jī)管局。 ORF1 基因 mRNA 的預(yù)測(cè)是世界上最大跨度變長(zhǎng) 1914 至 1950 年新臺(tái)幣 在 TTSuV1（ 638 650aa），并從 1875 年到 1884 新臺(tái)幣長(zhǎng)度 在 TTSuV2（ 625 628aa）。變化的有選擇性的壓力的作用和存在沿 TTSuV染色體的二個(gè)方法估計(jì) ： i)密謀非之間的數(shù)字的區(qū)別 synonymous 區(qū)別每個(gè)密碼子 (dS)和同義區(qū)別的數(shù)字每密碼子 (dN)被預(yù)言的 ORFs 的和 ii)計(jì)算 dS/dN 比率由 修改過(guò)的 NeiGojobori 方法 (Nei 和 Gojobori 1986)使用短冷期 (Korber 2021)可利用在 HIV 數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站 ( 估計(jì)與那些人的 TTV基因型比較。序列組裝使用 ContigExpress 應(yīng)用（向量NTI 公司 11 節(jié)， Invitrogen 公司），并贊同 TTV 的基因組一起在與 Clustal W程序在 BioEdit 序列比對(duì)編輯器（霍爾， 1999 年） GenBank 中（表 1） 基因組組織的預(yù)測(cè)是由岡本等人（ 2021 年）和岡本（ 2021 年）基于現(xiàn)有的 豬 TTV 基因特點(diǎn)。對(duì) TTSuV1 和 TTSuV2 的全長(zhǎng)基因組擴(kuò)增與校對(duì) DNA 聚合酶（ Taq 酶洛杉磯 TaKaRa 公司，寶生物公司，日本）的特異性引物使用位于非編碼區(qū)。 因此，本研究的目的是確定在豬 TTVs 全基因組的遺傳變異水平高度，研究類型和突變的影響，并確定如今豬 TTV基因組序列與所有已知的豬基因組的親緣關(guān)系 。 Gallei等， 2021。尼爾等人， 2021年 。 Martelli等， 2021。 Bigarr233。 2021）。 核苷酸序列分析報(bào)告的認(rèn)同程度低 。臂章等， 2021。盡管他們的高遺傳變異，基因組組織和 anelloviruses 轉(zhuǎn)錄剖面相似，主要包含一個(gè)編碼開(kāi)放閱讀框（ ORF1 基因），層巒疊碼區(qū)，和一個(gè)非編碼區(qū)（ UTR），其中包 含一個(gè) GC 豐富區(qū)（ Bendinelli et al., 2021。主機(jī)的物種病毒基因組的長(zhǎng)度從 kb的（貓）至 kb的（人），取決于主機(jī)的物種。 Kekarainen et al., 2021。選擇 介紹 豬細(xì)環(huán)病毒（ TTV）是一種在