《解讀基因組序列》ppt課件-全文預(yù)覽
【正文】 后者。 圖 酵母缺失盒的應(yīng)用 缺失盒包括抗生素抗性基因和該基因前面在酵母中表達(dá)所需的啟動(dòng)子序列以及兩側(cè)的限制性位點(diǎn)。這可以通過在基因的染色體拷貝和另一段與靶基因有一些相同序列的 DNA之間進(jìn)行同源重組來達(dá)到。 ?同源性搜索在疾病基因的研究中發(fā)揮很重要的作用，因?yàn)樵诹硪环N生物體中發(fā)現(xiàn)人類疾病基因的同源基因經(jīng)常是理解人類基因生物化學(xué)功能的關(guān)鍵。tudor結(jié)構(gòu)就是一個(gè)典型的例子（如圖 ） 圖 tudor結(jié)構(gòu)域 圖的上部顯示果蠅 tudor蛋白結(jié)構(gòu)，它含有 10個(gè)拷貝的 tudor結(jié)構(gòu)域。 ⅰ 同源基因具有非常不同的生物功能，一個(gè)例子是眼晶狀體的晶體蛋白，其中一些與代謝酶同源。這種分析就確定了一對(duì)序列之間的相似程度。 AA序列之間進(jìn)行比較就表明基因不是同源的，核苷酸水平的相似性是偶然的。 兩條核苷酸序列中，綠色表示相同，紅色表示不同。 同源性搜索程序時(shí)通過在查找序列和數(shù)據(jù)庫序列之間進(jìn)行比較而開始的。一對(duì)基因在進(jìn)化上要么有關(guān)要么無關(guān)，沒有介于二者之間的情況，因此把同源性描述為百分?jǐn)?shù)是沒意義的。 eg：人類肌紅蛋白和 β – 球蛋白基因是平行基因：它們起源于 。（如圖 ) 同源基因分兩類： ① 定向進(jìn)化同源基因 orthologous gene 是那些不同生物體間存在的同源物，它們的共同祖先早于物種之間的分裂。 像基因定位一樣，也嘗試著用計(jì)算機(jī)分析和實(shí)驗(yàn)研究來確定未知基因的功能。 缺點(diǎn)： ?一些單個(gè)基因有兩個(gè)或更多長(zhǎng)度不等的轉(zhuǎn)錄物 ?mRNA表達(dá)時(shí)期和部位的特異性 將 cDNA序列與基因組 DNA序列相比較，就可以描述相應(yīng)基因的位置找到外顯子 —— 內(nèi)含子的邊界，兩個(gè)決定此方法成功的因素： ?所研究基因 DNA片段表達(dá)水平的高低 ?cDNA分子的完整性 ?將 RNA做起始材料進(jìn)行特殊類型的 PCR 逆轉(zhuǎn)錄 PCR（ reverse transcriptase PCR,RTPCR）快速擴(kuò)增 cDNA末端 ?其他的轉(zhuǎn)錄物準(zhǔn)確作圖的方法包括異源雙鏈分析（ heteroduplex analysis） ?外顯子捕獲（ exon trapping） ：將一特殊類型載體導(dǎo)入合適的真核細(xì)胞系中。 ?外顯子 —— 內(nèi)含子邊界 ：因?yàn)橛刑囟ǖ男蛄刑卣鞫鴧^(qū)分開 ?上游調(diào)控序列 ：調(diào)控序列有明顯特點(diǎn)，可用來定位基因起始區(qū) ?搜尋編碼 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的特征堿基序列 ?搜尋 DNA編碼莖環(huán)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)的程序 ?搜索與功能 RNA基因相關(guān)的調(diào)控序列 ?搜尋 緊湊的較小基因組中 蛋白質(zhì)編碼基因間的空位置 ?同源性搜索：查詢 DNA數(shù)據(jù)庫來判斷所檢測(cè)序列是否與已知基因的序列相同或者是相似 ?比較基因組學(xué) ： 當(dāng)相關(guān)基因組進(jìn)行比較時(shí)，同源基因由于它們的序列相似性很高就容易被鑒別出來，而在第二個(gè)基因組中沒有明確同源物的任何ORF都可以很肯定的認(rèn)為 不是基因 計(jì)算機(jī)方法從序列分析開始，運(yùn)用能掃描 ORF、外顯子 內(nèi)含子邊界及上游調(diào)控區(qū)并能在數(shù)據(jù)庫中檢測(cè)同源基因 ORF的程序進(jìn)行序列分析 。 基因無內(nèi)含子 ORF連續(xù) ?高等真核生物基因之間間隔太大發(fā)現(xiàn)家 ORF的概率增加 ?高等真核生物基因內(nèi)有內(nèi)含子導(dǎo)致 ORF不連續(xù)，外顯子小于 100個(gè)密碼子 因此高等真核生物基因不會(huì)以長(zhǎng) ORF形式出現(xiàn)在基因組序列中 ,ORF無法掃描 內(nèi)含子的基因圖 ?密碼子偏倚：特定生物體的基因中并不是所有密碼子使用頻率都相等，真正外顯子有所偏倚。 ?雜交試驗(yàn)可以判斷某一片段是否含有轉(zhuǎn)錄序列 ?c
教學(xué)課件相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1