【正文】 天下為公 國際一流測序生產(chǎn)線 7萬克隆， 3000萬堿基 /天 高產(chǎn)出、低成本： $/bp?￥ /bp?美分 /bp?分 /bp 基因組學： 數(shù)據(jù)導向的大科學 有數(shù)據(jù) 才是硬道理 世上無難事 只要肯登攀 De Novo Sequencing the Genome in BIG Hu Songnian Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences Next Generation Sequencing (NGS) Technology Second generation sequencers 454 1 Solexa 3 SOLiD 5 De novo sequencing RNAseq, Resequencing ChIPseq， Methseq Metagenomics De novo sequencing RNAseq Resequencing ChIPseq RNAseq ―known‖ Genome Novel genome(s) Both types 1x454 2x5500xl 3xSOLEXA 2xHiseq 2022 3x3730xl 1xsequenom 1000 CPU cores 800 TB Storage 數(shù)據(jù)中心 完善的試驗與測序體系和流程 強有力的計算、存儲及數(shù)據(jù)庫支持體系 成熟的生物信息數(shù)據(jù)處理和分析流程 2022/5/24 Second generation sequencers in BIG 測 序 儀 Platform Num Raw/run length Solid4 5 80~100Gb 50bp GA II 3 40~60Gb 120bp 454 1 400Mb 400bp Solid 5500xl 0 150~200Gb 50bp Hiseq 2022 1 200~300Gb 100bp 高通量測序儀 10臺， 3730XL測序儀 2臺， Sequenom儀器 1臺，高性能計算機刀片服務器 100余臺，大內(nèi)存服務器 4臺，存儲設備約 800TB。 Hind III 完全酶切 Hind III 完全酶切 FPC數(shù)據(jù)庫中比對 Clone A Clone B Clone C C A B contig搭建中克隆的錯位 末端序列步行法 （ Walking by End Sequence） 挑取靠近空洞的種子克隆進行末端測序，然后在基因組數(shù)據(jù)庫中進行比對，確定專一性的序列片段作為新的 STS路標。 STS的來源 隨機基因組序列 表達基因序列，如 EST 遺傳標記序列，如微衛(wèi)星標記 有關 STS的信息可在基因組數(shù)據(jù)庫 GDB中找到 gdb. 物 理 圖 譜 構 建 的 步 驟 ? 確定各 STS序列及其在基因組中的位置 ? 大插入片段基因組文庫的構建（ BAC文庫 ） ? 以特定 STS為標記 篩 選 并定位克隆 ? 含有 STS的克隆在基因組中排序 基因組數(shù)據(jù)庫（ GDB）中至少含有24568 個 STS路標信息 關 于 文 庫 作為載體的基本要求 ? 能在宿主細胞中進行獨立的復制 ? 具有多克隆位點，可插入外源 DNA片段 ? 有合適的篩選標記，如抗藥性 ? 大小合適，易于分離純化 ? 拷貝數(shù)多 文庫的概念 含有某種生物體全部基因的隨機片段的重組 DNA克隆群體 載體： 能攜帶外源 DNA進入宿主細胞的工具，常用的載體有質(zhì)粒載體、噬菌體載體、細菌人工染色體等 宿主： 能容納外源 DNA片段的生物體，常用的有大腸桿菌、酵母等 BAC文庫的構建 NotI、 SacI 脈沖場凝膠電泳得 200Kb左右的大片段DNA 純化后與載體連接 電轉(zhuǎn)化，將連接產(chǎn)物導入大腸桿菌感受態(tài)細胞 插有外源 DNA片段的 BAC載體 在含有氯霉素的固體培養(yǎng)基中培養(yǎng) 每一個菌落為帶有相同外源 DNA片段的單克隆 BAC克隆的篩選 “STSPCR反應池”方案 篩選種子克隆 特定的 STS標記 相互間具有重疊片段的BAC克隆根據(jù) STS信息組裝成 contig，并定位于基因組上 Contig 每一個菌落為帶有相同外源 DNA片段的單克隆 Regional mapping Regional mapping Minimal tiling path selected for sequencing. Regional mapping stSG50796WI21858WI20982SGC34652EST325005Bda37h09 stsN34454stSG22642 stSG22463 IB262SGC100057 SGC11218 SGC77734 SGC12613SGC79997 D3S4170 WI13469 SGC104744 WI7400SGC82788 stsN30615 SGC106678 WI3006 D3S4125 stSG31571 SGC86097 SGC104738 stsT03421 stSG81116 DM12b11sA004Q43 WI10858 SGC15279 stSG3143 WI8499 D3S3525 D3S3630 SGC11976 WI6116 WI2053 SGC84074 SGC77858 D3S3706 SGC102094 WI13611 NRU1813s WI21921 D3S1304 stsT58150 SGC82964 WI1341 D3S3591605m01 229 e21 279b12 299n03 198p17 41l18 233p01 37i04 324k11 163m22Beijing Center Mapped on 3p by sequence from other center 114k09 204c23 728k15 429p24 499n06 399k19 106b10 129j10 113l10 13f06600o17 322f09 76o22 263j08 30m15 320c08 250a15 294h24 140b10 137g22South center Mapped on 3p by fingerprint from other center 265o10 717m12 762o12 156h01 324k15 283k15 572b02 61i09 534j21166f03 497i24 121d03 211k13 161d20 274o14 6i21 116k05 255k15 812i02North center Mapped not on 3p by fish 1120h22 566o14 63o01 757o16 26f10 453a03 586c02 483g20 507d06 25c11 344o05Mapped not on 3p by fish 260k16 263p03 341o12 560g03 772p01 344l09 3d22 489o22 794g03Beijing and South 306h05 621c18 438g15 82o03 181f22 622p03 320k01 24b16 57d06 470 e10STS markers 385a18 416n08 785a07 97c16 25f01 167p17 277d17 669 e03 194c09Beijing and North 210b17 95 e11 101a04 99d10 487j12 590a20 156b21End certified 710 e04 10h06 508a20 173f11 7m24 211b19 291p21 44l14 481o07Phase 3 731 e12 811m11 372k09 194d21 245a06 16k15 318i14 529b17 53 e12 542k24Mapped not on 3p by sequence from NCBI 392m07 319i18 454f24 238a09 264h03 157 e16 350a17Mapped on 3p by fish 673f20 453f03 489d19 194i05? Sequenced BACs without mapping information 93a01 360 e14 244g03 329a02611h22 70b05 135 e16 74 e04 124l08 21j23IB1403SGC12699stsF21241 WI 6061stSG16459 WI6949 stSG15038stsM91858 WI17502 WI7625 WI7071AB000410 stsF21841 stsL15409 A004Z22 stSG31652WI16427 stSG43815 A007593 WI11598 A008O42 D3S4194 stSG4279 WI14394stsN95054 stSG32055 stSG15465 WI11041 stSG47554 stSG3350 D3S3589 SGC12045 D3S1263 stSG47397 SGC84455 D3S3610SGC10790 D3S3691 A002R42 stSG50845 stSG2582 WI31307 A004X28 D3S3601 A001T39 stSG62586 WI15608 stsH83694 stSG47347 WI5650 WI20823202a21 105k13 334l22 1087o20 593j10 169k17 309m10 813n2383m12 19 e08 203c04 481h17 356a07 13b04 449 e21 25o17 715i04642 e22 298m15 224p21 267l16 407i02 488o08 7f24 481b18128a05 380o24 474f16 327h17 16m03 470i10 398j15 58i13424h06 325l06 1016h17 134k10 299h13 220d10 126l04 900o2218f03 58b17 1022p15 193k15 586c12 588p09