第七章-2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測-展示頁
2024-10-29 12:52本頁面
【正文】 cture? Protein family, domain, cluster analysis Relationship to known structure? Structural analysis 3D parative modeling Predicted three dimensional structure Is there a predicted structure? 3D analysis in laboratory yes no no no 第四節(jié) 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測 同源模型化方法 ? 主要思想： 對于一個未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，找到一個已知結(jié)構(gòu)的同源蛋白質(zhì)，以該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)為模板，為未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)建立結(jié)構(gòu)模型。 ? 依據(jù)： 任何一對蛋白質(zhì)，如果兩者的序列等同部分超過 30%，則它們具有相似的三維結(jié)構(gòu)，即兩個蛋白質(zhì)的基本折疊相同，只是在非螺旋和非折疊區(qū)域的一些細(xì)節(jié)部分有所不同。 若序列的等同部分超過 60%， 則預(yù)測結(jié)果將接近于實驗得到的測試結(jié)果 。 線索化方法（折疊識別方法） ? 有很多蛋白質(zhì)具有相似的空間結(jié)構(gòu) ， 但它們的序列等同部分小于 25%， 即遠(yuǎn)程同源 。 ? 對于一個未知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)（ U）， 如果找到一個已知結(jié)構(gòu)的遠(yuǎn)程同源蛋白質(zhì)（ T）， 那么可以根據(jù) T的結(jié)構(gòu)模板通過遠(yuǎn)程同源模型化方法建立 U的三維結(jié)構(gòu)模型。 如何解決第一個和第二個問題？ ? 基本思想是建立一個從 U到已知結(jié)構(gòu) T的線索，并通過一些基于環(huán)境或基于知識的勢，評價序列與結(jié)構(gòu)的適應(yīng)性。 ? 建立序列到結(jié)構(gòu)的線索的過程稱為線索化，線索技術(shù)又稱折疊識別技術(shù)。 ? 線索化方法一般有 5個基本組成部分： （ 1）已知三維折疊結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫； （ 2）一種適合于進(jìn)行序列 結(jié)構(gòu)比對的三維折疊信息的表示方法； （ 3）一個序列 結(jié)構(gòu)匹配函數(shù)，該函數(shù)對匹配程度進(jìn)行打分； （ 4）建立最優(yōu)線索的策略，或者是進(jìn)行序列 結(jié)構(gòu)比對的策略； （ 5）一種評價序列 結(jié)構(gòu)比對顯著性的方法。 ? 建立核心折疊數(shù)據(jù)庫 ? 預(yù)測 建立線索 U序列 與數(shù)據(jù)庫核心折疊 比對 取最佳核心折疊 U結(jié)構(gòu)模型 ? 一種基于序列與結(jié)構(gòu)比對的最優(yōu)線索化算法 令 : s1, s2,? , sn為蛋白質(zhì)序列 S的 n個元素 C1, C2,? , Cm為數(shù)據(jù)庫中核心折疊
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