第六章系統(tǒng)發(fā)生分析-資料下載頁(yè)
2025-08-01 13:25本頁(yè)面
【正文】 * （ a） (b) 具有 4個(gè)分類單元的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)： (a)相容特征； (b)不相容特征。 C(1,1) D(1,1) A(1,0) B(0,0) E(0,0) （ T2 ： 1,1） （ T1 ： 1,0） （ T： 0,0） 圖 根據(jù)特征值組合表構(gòu)造的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的可靠性 對(duì)于所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)，統(tǒng)計(jì)分析的誤差可能會(huì)影響所建樹(shù)的可靠性。 問(wèn)題： ? 整棵樹(shù)和它的組成部分（分支）的置信度是多少？ ? 這樣得到正確的樹(shù)的可能性比隨機(jī)選出一棵是正確的樹(shù)的可能性大多少？ ? 自舉檢驗(yàn) ?參數(shù)檢驗(yàn) 系統(tǒng)發(fā)生分析中可能存在的問(wèn)題 ? 序列的選擇 ? 基因的水平轉(zhuǎn)移 ? 不同的序列，不同的結(jié)果 全基因組的系統(tǒng)發(fā)生分析 ? 基于多棵系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的方法 ? 基于基因內(nèi)容的方法 ? 基于蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)的方法 ?基于基因次序的方法 ?基于連接的直向同源蛋白的方法 ?基于代謝途徑（ pathway）的方法 ?系統(tǒng)發(fā)生分析常用軟件 (1) PHYLIP (2) PAUP (3) TREEPUZZLE (4) MEGA (5) PAML (6) TreeView (7) VOSTORG (8) Fitch programs (9) Phylo_win (10) ARB (11) DAMBE (12) PAL (13) Bionumerics 其它程序見(jiàn)： ?系統(tǒng)發(fā)生分析實(shí)例 ?分析的對(duì)象 – 13條來(lái)自不同物種的同源蛋白質(zhì) （ 1）多重序列比對(duì) （ 2）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù) ?根據(jù)序列比對(duì)結(jié)果計(jì)算序列之間的距離，生成距離矩陣。然后分別利用聚類方法和拓?fù)鋵W(xué)方法建立系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。 SARS病毒基因組 初步分析 SARS病毒基因組與其他冠狀病毒的結(jié)構(gòu)相似。 主要蛋白質(zhì)： ?RNA聚合酶蛋白（聚合酶 1a, 1b） ?S蛋白（ spike protein） ?E蛋白（ membrane protein） ?N蛋白（ nucleocapsid protein）等。 進(jìn)化關(guān)系樹(shù)如下 SARS病毒明顯不同于同其他三個(gè)冠狀病毒群，可能歸屬于新的冠狀病毒群。
環(huán)評(píng)公示相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1