第六章系統(tǒng)發(fā)生分析-資料下載頁
2025-08-01 13:25本頁面
【正文】 * （ a） (b) 具有 4個分類單元的系統(tǒng)發(fā)生樹： (a)相容特征； (b)不相容特征。 C(1,1) D(1,1) A(1,0) B(0,0) E(0,0) （ T2 ： 1,1） （ T1 ： 1,0） （ T： 0,0） 圖 根據(jù)特征值組合表構造的系統(tǒng)發(fā)生樹 系統(tǒng)發(fā)生樹的可靠性 對于所構建的系統(tǒng)發(fā)生樹，統(tǒng)計分析的誤差可能會影響所建樹的可靠性。 問題： ? 整棵樹和它的組成部分（分支）的置信度是多少？ ? 這樣得到正確的樹的可能性比隨機選出一棵是正確的樹的可能性大多少？ ? 自舉檢驗 ?參數(shù)檢驗 系統(tǒng)發(fā)生分析中可能存在的問題 ? 序列的選擇 ? 基因的水平轉移 ? 不同的序列，不同的結果 全基因組的系統(tǒng)發(fā)生分析 ? 基于多棵系統(tǒng)發(fā)生樹的方法 ? 基于基因內(nèi)容的方法 ? 基于蛋白質(zhì)折疊結構的方法 ?基于基因次序的方法 ?基于連接的直向同源蛋白的方法 ?基于代謝途徑（ pathway）的方法 ?系統(tǒng)發(fā)生分析常用軟件 (1) PHYLIP (2) PAUP (3) TREEPUZZLE (4) MEGA (5) PAML (6) TreeView (7) VOSTORG (8) Fitch programs (9) Phylo_win (10) ARB (11) DAMBE (12) PAL (13) Bionumerics 其它程序見： ?系統(tǒng)發(fā)生分析實例 ?分析的對象 – 13條來自不同物種的同源蛋白質(zhì) （ 1）多重序列比對 （ 2）構建系統(tǒng)發(fā)生樹 ?根據(jù)序列比對結果計算序列之間的距離，生成距離矩陣。然后分別利用聚類方法和拓撲學方法建立系統(tǒng)發(fā)生樹。 SARS病毒基因組 初步分析 SARS病毒基因組與其他冠狀病毒的結構相似。 主要蛋白質(zhì)： ?RNA聚合酶蛋白（聚合酶 1a, 1b） ?S蛋白（ spike protein） ?E蛋白（ membrane protein） ?N蛋白（ nucleocapsid protein）等。 進化關系樹如下 SARS病毒明顯不同于同其他三個冠狀病毒群，可能歸屬于新的冠狀病毒群。
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