【正文】 丁 戊 節(jié)點 1 節(jié)點 3 節(jié)點 2 根節(jié)點 最大簡約法的處理過程： （ 1） 針對待比較的物種 ， 選擇核酸或蛋白質(zhì)序列 。 C(1,1) D(1,1) A(1,0) B(0,0) E(0,0) （ T2 ： 1,1） （ T1 ： 1,0） （ T： 0,0） 圖 根據(jù)特征值組合表構(gòu)造的系統(tǒng)發(fā)生樹 系統(tǒng)發(fā)生樹的可靠性 對于所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹，統(tǒng)計分析的誤差可能會影響所建樹的可靠性。 很顯然，相容的特征數(shù)越多越好。 ?另外，還假設(shè)在進化過程中，兩個物種分叉后獨立進化，互不影響。通過優(yōu)化，使下式最小化： 這里， Dij為物種 i和 j的實際觀察距離（或序列之間的計算距離）， dij是物種 i和 j在系統(tǒng)發(fā)生樹 T 中的距離， Wij是與物種 i和 j相關(guān)的權(quán)值。 第二節(jié) 基于距離的系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建方法 ?基本思路是： 給定一種序列之間距離的測度，在該距離測度下構(gòu)建一棵系統(tǒng)發(fā)生樹，使得該樹能夠最好地反映已知序列之間的距離。 對于節(jié)點 i， 到其它節(jié)點的距離 ui 按下式進行估算： ui = ?k?i(Dik/(n2)) 這里 Dik是分類 i和分類 k之間的距離 選擇 Dijuiuj最小的一對節(jié)點 i 和節(jié)點 j 進行歸并 ? 算法如下： （ 1）初始化（與 UPGMA一樣） （ 2）循環(huán) 對于所有的分類單元 i，計算 ui = ?k?I (Dik/(n2))； 選擇一對分類單元 i 和 j ，使 Dijuiuj最??； 將 i和 j歸并為新的類 (ij)，在樹中添加一個新的節(jié)點，代表新生成的分類，計算從 i和 j到新節(jié)點的分支長度； di,(ij） = 1/2Di,j +1/2(uiuj), dj,(ij） = 1/2Di,j +1/2(ujui) 計算新類與其它類的距離； D(ij） ,k = 1/2(Di,k + Dj,k Di,j) 刪除聚類 i和 j，添加新類 (ij)； 如果有兩個以上的分類存在，則繼續(xù)執(zhí)行循環(huán)；否則用長度為 Di,j的分支連接剩