第六章系統(tǒng)發(fā)生分析(文件)
【正文】 分支連接剩余的兩個類 。 最大簡約法 目標(biāo)： 構(gòu)造一棵反映分類單元之間最小變化的系統(tǒng)發(fā)生樹。有些分子比其它分子變化慢 ， 適合于進(jìn)行距離分析 ，例如哺乳類的線粒體 DNA、 管家蛋白質(zhì)等； （ 2） 比較各個序列 ， 產(chǎn)生序列的多重比對 ， 確定各個序列符號的相對位置； （ 3） 根據(jù)每個序列比對的位置 （ 即多重對比排列的每一列 ） ， 確定相應(yīng)的系統(tǒng)發(fā)生樹 ， 該樹用最少的進(jìn)化動作產(chǎn)生序列的差異 ， 最終生成完整的樹 。如果用遞歸算法，則應(yīng)該按后序遍歷方式處理每個節(jié)點(diǎn)。應(yīng)按前序遍歷方式依次處理每個節(jié)點(diǎn)。 相容性方法實(shí)際上是簡約方法的一種簡化，在所有的特征都是二值的情況下，這種方法非常有用。 問題： ? 整棵樹和它的組成部分（分支）的置信度是多少？ ? 這樣得到正確的樹的可能性比隨機(jī)選出一棵是正確的樹的可能性大多少？ ? 自舉檢驗(yàn) ?參數(shù)檢驗(yàn) 系統(tǒng)發(fā)生分析中可能存在的問題 ? 序列的選擇 ? 基因的水平轉(zhuǎn)移 ? 不同的序列，不同的結(jié)果 全基因組的系統(tǒng)發(fā)生分析 ? 基于多棵系統(tǒng)發(fā)生樹的方法 ? 基于基因內(nèi)容的方法 ? 基于蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)的方法 ?基于基因次序的方法 ?基于連接的直向同源蛋白的方法 ?基于代謝途徑（ pathway）的方法 ?系統(tǒng)發(fā)生分析常用軟件 (1) PHYLIP (2) PAUP (3) TREEPUZZLE (4) MEGA (5) PAML (6) TreeView (7) VOSTORG (8) Fitch programs (9) Phylo_win (10) ARB (11) DAMBE (12) PAL (13) Bionumerics 其它程序見： ?系統(tǒng)發(fā)生分析實(shí)例 ?分析的對象 – 13條來自不同物種的同源蛋白質(zhì) （ 1）多重序列比對 （ 2）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹 ?根據(jù)序列比對結(jié)果計(jì)算序列之間的距離，生成距離矩陣。 進(jìn)化關(guān)系樹如下 SARS病毒明顯不同于同其他三個冠狀病毒群，可能歸屬于新的冠狀病毒群。 SARS病毒基因組 初步分析 SARS病毒基因組與其他冠狀病毒的結(jié)構(gòu)相似。 0 0 1 1 1 0 0 1 * * *
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