第六章系統(tǒng)發(fā)生分析-wenkub.com
2025-07-29 13:25 本頁(yè)面
【正文】 主要蛋白質(zhì)： ?RNA聚合酶蛋白（聚合酶 1a, 1b） ?S蛋白（ spike protein） ?E蛋白（ membrane protein） ?N蛋白（ nucleocapsid protein）等。 C(1,1) D(1,1) A(1,0) B(0,0) E(0,0) （ T2 ： 1,1） （ T1 ： 1,0） （ T： 0,0） 圖 根據(jù)特征值組合表構(gòu)造的系統(tǒng)發(fā)生樹 系統(tǒng)發(fā)生樹的可靠性 對(duì)于所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹，統(tǒng)計(jì)分析的誤差可能會(huì)影響所建樹的可靠性。 很顯然，相容的特征數(shù)越多越好。 這個(gè)過程的執(zhí)行方向剛好與上一個(gè)過程相反，即從樹根出發(fā)，直至葉節(jié)點(diǎn)為止，最后得到完全標(biāo)定的樹。 這個(gè)過程是從葉節(jié)點(diǎn)開始，直至處理到根節(jié)點(diǎn)。 甲 乙 丙 丁 戊 節(jié)點(diǎn) 1 節(jié)點(diǎn) 3 節(jié)點(diǎn) 2 根節(jié)點(diǎn) 最大簡(jiǎn)約法的處理過程： （ 1） 針對(duì)待比較的物種 ， 選擇核酸或蛋白質(zhì)序列 。 ?另外，還假設(shè)在進(jìn)化過程中，兩個(gè)物種分叉后獨(dú)立進(jìn)化，互不影響。 在每一次的循環(huán)中 ， 在樹中尋找兩個(gè)物種的直接祖先 。 kjji jkiji ikij Dnn nDnn nD ,),( )()( ????鄰近歸并法 基本思想： 在進(jìn)行類的合并時(shí)，不僅要求待合并的類是相近的，同時(shí)還要求待合并的類遠(yuǎn)離其它的類。 非加權(quán)分組平均法 （ Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, UPGMA） ? 在平均連鎖聚類過程中，一個(gè)新類到其它類之間的距離就是簡(jiǎn)單的原距離平均值 。通過優(yōu)化，使下式最小化： 這里， Dij為物種 i和 j的實(shí)際觀察距離（或序列之間的計(jì)算距離）， dij是物種 i和 j在系統(tǒng)發(fā)生樹 T 中的距離， Wij是與物種 i和 j相關(guān)的權(quán)值。 （ 3）啟發(fā)式或經(jīng)驗(yàn)性方法 根據(jù)先驗(yàn)知識(shí)或一定的指導(dǎo)性規(guī)則壓縮搜索空間，提高計(jì)算速度。 ?對(duì)于給定的分類單元數(shù)，有很多棵可能的系統(tǒng)發(fā)生樹，但是只有一棵樹是正確的。 系統(tǒng)發(fā)生分析的目標(biāo) ——尋找這棵正確的樹 ３、系統(tǒng)發(fā)生分析步驟
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