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熒光定量pcr技術(shù)講座:理論基礎(chǔ)、引物及探針設(shè)計(jì)、體系優(yōu)化、實(shí)驗(yàn)方案、數(shù)據(jù)分析、污染防控-資料下載頁

2025-05-25 22:11本頁面
  

【正文】 到摩爾量,誤差本身就很大(雙標(biāo)準(zhǔn)曲線法不一定非要測標(biāo)準(zhǔn)品的 濃度);濃度); 定量定量 PCR儀的誤差儀的誤差 耗材引起的誤差,耗材引起的誤差, 96空板封口膜透光性的差異等空板封口膜透光性的差異等六、誤差分析及操作規(guī)范六、誤差分析及操作規(guī)范誤差分析、誤差分析(( 3)、相對(duì)定量時(shí)內(nèi)參基因表達(dá)不穩(wěn)定引起的誤差)、相對(duì)定量時(shí)內(nèi)參基因表達(dá)不穩(wěn)定引起的誤差(( 4)、操作引起的誤差)、操作引起的誤差 樣品處理、選取、核酸提取、反轉(zhuǎn)錄、加樣,操作過程中引起的誤樣品處理、選取、核酸提取、反轉(zhuǎn)錄、加樣,操作過程中引起的誤 差。差。操作規(guī)范、操作規(guī)范 熒光定量熒光定量 PCR是一項(xiàng)對(duì)操作要求很高的實(shí)驗(yàn),同時(shí)又是花費(fèi)很高的一項(xiàng)是一項(xiàng)對(duì)操作要求很高的實(shí)驗(yàn),同時(shí)又是花費(fèi)很高的一項(xiàng)實(shí)驗(yàn),這就要求必須最大程度的減少誤差或避免錯(cuò)誤。要想達(dá)到這個(gè)目實(shí)驗(yàn),這就要求必須最大程度的減少誤差或避免錯(cuò)誤。要想達(dá)到這個(gè)目標(biāo),我們必須從樣品的選取開始到上樣檢測,每一步都要規(guī)范操作。標(biāo),我們必須從樣品的選取開始到上樣檢測,每一步都要規(guī)范操作。(( 1)、樣品的處理及選?。悠返奶幚砑斑x取 處理樣品時(shí),必須確保樣品都得到了充分的處理。如測定一種藥物處理樣品時(shí),必須確保樣品都得到了充分的處理。如測定一種藥物 到小白鼠免疫系統(tǒng)的影響,必須做到每次飼喂時(shí)此藥品完全被小白到小白鼠免疫系統(tǒng)的影響,必須做到每次飼喂時(shí)此藥品完全被小白 鼠攝食;選取試驗(yàn)樣品時(shí),要保證選取的組織盡可能的純,不要污鼠攝食;選取試驗(yàn)樣品時(shí),要保證選取的組織盡可能的純,不要污 染其他組織,如選取脾臟組織時(shí),盡可能的選取脾臟,不能混有結(jié)染其他組織,如選取脾臟組織時(shí),盡可能的選取脾臟,不能混有結(jié) 締組織等,樣品選取好后,即可放入液氮或超低溫冰箱保存。締組織等,樣品選取好后,即可放入液氮或超低溫冰箱保存。六、誤差分析及操作規(guī)范六、誤差分析及操作規(guī)范操作規(guī)范、操作規(guī)范(( 2)、核酸提?。?、核酸提取 加入液氮研磨要徹底,蛋白、多糖、多酚類物質(zhì)要去除干凈,確保加入液氮研磨要徹底,蛋白、多糖、多酚類物質(zhì)要去除干凈,確保 得到高質(zhì)量的核酸,分光光度計(jì)檢測核算質(zhì)量,得到高質(zhì)量的核酸,分光光度計(jì)檢測核算質(zhì)量, RNA OD260/280== ,左右, DNA OD260/280== ,最好再做電泳檢測;同一樣左右,最好再做電泳檢測;同一樣 品要提取品要提取 2到到 3個(gè)個(gè) RNA,所剩余的樣品不要丟棄,繼續(xù)低溫保存。,所剩余的樣品不要丟棄,繼續(xù)低溫保存。(( 3)、得到的)、得到的 RNA立即反轉(zhuǎn)錄為立即反轉(zhuǎn)錄為 cDNA, RNA樣品最好不要存放,反轉(zhuǎn)錄所樣品最好不要存放,反轉(zhuǎn)錄所得得 cDNA要用看家基因檢測。要用看家基因檢測。(( 4)、對(duì)于精度要求較高的定量)、對(duì)于精度要求較高的定量 PCR,最好先在樣品的所有組織類型內(nèi)做,最好先在樣品的所有組織類型內(nèi)做 內(nèi)參基因的穩(wěn)定性分析,找出表達(dá)恒定基因作為內(nèi)參。內(nèi)參基因的穩(wěn)定性分析,找出表達(dá)恒定基因作為內(nèi)參。(( 5)、做定量)、做定量 PCR時(shí),先把除模板外的所有試劑預(yù)混,然后分裝到時(shí),先把除模板外的所有試劑預(yù)混,然后分裝到 PCR管管 中,分裝時(shí)盡量采用排槍,加樣時(shí)盡量最好采用排槍。中,分裝時(shí)盡量采用排槍,加樣時(shí)盡量最好采用排槍。(( 6)、體系中最好摻入)、體系中最好摻入 ROX參比熒光,消除光程差和加樣的偏差。參比熒光,消除光程差和加樣的偏差。六、誤差分析及操作規(guī)范六、誤差分析及操作規(guī)范操作規(guī)范、操作規(guī)范(( 7)、重復(fù)操作)、重復(fù)操作 讓重復(fù)操作最大的修正偏差?最有意義的重復(fù)是在提取樣品讓重復(fù)操作最大的修正偏差?最有意義的重復(fù)是在提取樣品 RNA時(shí)時(shí) 就重復(fù),同一個(gè)樣品,分別提取就重復(fù),同一個(gè)樣品,分別提取 3份份 RNA, 3份份 RNA都做反轉(zhuǎn)錄,所都做反轉(zhuǎn)錄,所 得的得的 3份份 cDNA都做定量都做定量 PCR檢測,這樣的重復(fù)之所以最有意義是因檢測,這樣的重復(fù)之所以最有意義是因 為我們是把為我們是把 RNA提取、反轉(zhuǎn)錄、上機(jī)檢測三步做了重復(fù),這樣得出提取、反轉(zhuǎn)錄、上機(jī)檢測三步做了重復(fù),這樣得出 的平均值要比只在上機(jī)檢測時(shí)對(duì)同一的平均值要比只在上機(jī)檢測時(shí)對(duì)同一 cDNA樣品做三個(gè)重復(fù)要有意義樣品做三個(gè)重復(fù)要有意義 的多。的多。 同一個(gè)同一個(gè) cDNA樣品做三個(gè)重復(fù)定量檢測求平均值主要是消除加樣時(shí)的樣品做三個(gè)重復(fù)定量檢測求平均值主要是消除加樣時(shí)的 誤差,排槍加樣時(shí),誤差很小,加樣時(shí)的誤差可以通過設(shè)幾個(gè)重復(fù)誤差,排槍加樣時(shí),誤差很小,加樣時(shí)的誤差可以通過設(shè)幾個(gè)重復(fù) 檢測出來。檢測出來。六、誤差分析及操作規(guī)范六、誤差分析及操作規(guī)范操作規(guī)范、操作規(guī)范同一 cDNA樣品的三個(gè)重復(fù)六、誤差分析及操作規(guī)范六、誤差分析及操作規(guī)范模板濃度越低,染料法的誤差越大。如圖一系列梯度稀釋的模板,理論上它們模板濃度越低,染料法的誤差越大。如圖一系列梯度稀釋的模板,理論上它們在擴(kuò)增曲線上的在擴(kuò)增曲線上的 CT值之差,應(yīng)該相等,但是后邊幾個(gè)濃度低的樣品值之差,應(yīng)該相等,但是后邊幾個(gè)濃度低的樣品 CT值明顯提值明顯提前了,由熔解曲線可知對(duì)于濃度低的樣品,引物二聚體引起的誤差非常嚴(yán)重。前了,由熔解曲線可知對(duì)于濃度低的樣品,引物二聚體引起的誤差非常嚴(yán)重。七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控?zé)晒舛?、熒光定?PCR實(shí)驗(yàn)中污染源的分析實(shí)驗(yàn)中污染源的分析(( 1)、)、 PCR產(chǎn)物引起的污染產(chǎn)物引起的污染 在檢測過程中,熒光定量在檢測過程中,熒光定量 PCR產(chǎn)物都是封閉在產(chǎn)物都是封閉在 PCR管中的,不存在開管中的,不存在開 管檢測,所以有污染的話,最有可能是因?yàn)殡娪緳z測熒光定量管檢測,所以有污染的話,最有可能是因?yàn)殡娪緳z測熒光定量 PCR 產(chǎn)物時(shí)引起的污染,只要將電泳室與產(chǎn)物時(shí)引起的污染,只要將電泳室與 PCR加樣室隔離開,就能有效加樣室隔離開,就能有效 的避免的避免 PCR產(chǎn)物的污染。產(chǎn)物的污染。(( 2)、標(biāo)準(zhǔn)品引起的污染)、標(biāo)準(zhǔn)品引起的污染 常用的標(biāo)準(zhǔn)品有含有目的基因的質(zhì)粒、純化后的常用的標(biāo)準(zhǔn)品有含有目的基因的質(zhì)粒、純化后的 PCR產(chǎn)物等,由于產(chǎn)物等,由于 標(biāo)準(zhǔn)品的濃度是一系列從高到低梯度稀釋的,所以在稀釋過程中,標(biāo)準(zhǔn)品的濃度是一系列從高到低梯度稀釋的,所以在稀釋過程中, 有可能引起污染。有可能引起污染。(( 3)、高濃度的樣品引起的污染)、高濃度的樣品引起的污染 高濃度的陽性樣品在加樣過程中可能會(huì)形成氣溶膠,造成污染。高濃度的陽性樣品在加樣過程中可能會(huì)形成氣溶膠,造成污染。七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控?zé)晒舛?、熒光定?PCR實(shí)驗(yàn)中污染的防控實(shí)驗(yàn)中污染的防控(( 1)、對(duì)于)、對(duì)于 PCR產(chǎn)物引起的污染產(chǎn)物引起的污染 最簡單有效地辦法就是將電泳室與加樣室徹底隔離開,做到每個(gè)房最簡單有效地辦法就是將電泳室與加樣室徹底隔離開,做到每個(gè)房 間都有專屬的移液器,做到移液器專用;或者采用間都有專屬的移液器,做到移液器專用;或者采用 dU代替代替 dT配合配合 UNG酶酶 , 是解決是解決 PCR產(chǎn)物污染的有效辦法,但是成本較高。產(chǎn)物污染的有效辦法,但是成本較高。(( 2)、對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)品引起的污染)、對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)品引起的污染 目前只能是以預(yù)防,加標(biāo)準(zhǔn)品時(shí)最好采用專用移液器,不要和加樣目前只能是以預(yù)防,加標(biāo)準(zhǔn)品時(shí)最好采用專用移液器,不要和加樣 的移液器交叉使用,加標(biāo)準(zhǔn)品時(shí)最好在通風(fēng)廚中進(jìn)行,和加樣的操的移液器交叉使用,加標(biāo)準(zhǔn)品時(shí)最好在通風(fēng)廚中進(jìn)行,和加樣的操 作臺(tái)隔離開。作臺(tái)隔離開。(( 3)、對(duì)于樣品間的檢查污染)、對(duì)于樣品間的檢查污染 樣品間的交叉污染往往是因?yàn)楦邼舛鹊臉悠吩诩訕邮倚纬闪藲馊軜悠烽g的交叉污染往往是因?yàn)楦邼舛鹊臉悠吩诩訕邮倚纬闪藲馊? 膠,因?yàn)闃悠返哪z,因?yàn)闃悠返?cDNA鏈較長,經(jīng)常開紫外燈,把長鏈鏈較長,經(jīng)常開紫外燈,把長鏈 cDNA打斷,能打斷,能 有效避免此類污染的發(fā)生,另外保持加樣室空氣流通也有助于防止有效避免此類污染的發(fā)生,另外保持加樣室空氣流通也有助于防止 此類污染。此類污染。七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控?zé)晒舛?、熒光定?PCR實(shí)驗(yàn)中污染的防控實(shí)驗(yàn)中污染的防控(( 4)、對(duì)于未知污染源的頑固的污染的防控)、對(duì)于未知污染源的頑固的污染的防控 這類污染也經(jīng)常出現(xiàn),找不到明確的污染源,而且此類污染又非常這類污染也經(jīng)常出現(xiàn),找不到明確的污染源,而且此類污染又非常 頑固,對(duì)于這種情況,最好的辦法就是不去管它,在采用絕對(duì)定量頑固,對(duì)于這種情況,最好的辦法就是不去管它,在采用絕對(duì)定量 和雙標(biāo)準(zhǔn)曲線法時(shí),污染的初始模板量可由陰性對(duì)照檢測出來,知和雙標(biāo)準(zhǔn)曲線法時(shí),污染的初始模板量可由陰性對(duì)照檢測出來,知 道了污染的初始模板量后,我們可以把測得樣品的初始模板量減去道了污染的初始模板量后,我們可以把測得樣品的初始模板量減去 污染的初始模板量,在分析時(shí)就避免了污染造成的誤差。污染的初始模板量,在分析時(shí)就避免了污染造成的誤差。七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控圖中最后一個(gè)樣品為陰性對(duì)照,本來應(yīng)該圖中最后一個(gè)樣品為陰性對(duì)照,本來應(yīng)該是一直線,但是儀器也檢測到了熒光信號(hào)是一直線,但是儀器也檢測到了熒光信號(hào)七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控電泳結(jié)果顯示,該陰性對(duì)照確實(shí)有電泳結(jié)果顯示,該陰性對(duì)照確實(shí)有 PCR產(chǎn)物出現(xiàn)產(chǎn)物出現(xiàn)七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控七、實(shí)驗(yàn)中污染的防控通過定量 PCR檢測,測得該陰性樣品中含有 227個(gè)初始模板。假如這個(gè)污染屬于是頑固的未知污染,可以用正常樣品測得的初始模板量減去 227,來避免污染引起的誤差八、實(shí)驗(yàn)結(jié)果的分析八、實(shí)驗(yàn)結(jié)果的分析 實(shí)驗(yàn)結(jié)束后將得到的結(jié)果進(jìn)行分析,現(xiàn)在很多軟件都帶有結(jié)果的自動(dòng)分實(shí)驗(yàn)結(jié)束后將得到的結(jié)果進(jìn)行分析,現(xiàn)在很多軟件都帶有結(jié)果的自動(dòng)分析功能,可以將結(jié)果直接轉(zhuǎn)化為各種圖表及柱狀圖。對(duì)于和實(shí)驗(yàn)預(yù)期偏離析功能,可以將結(jié)果直接轉(zhuǎn)化為各種圖表及柱狀圖。對(duì)于和實(shí)驗(yàn)預(yù)期偏離比較大的樣品,需重復(fù)實(shí)驗(yàn)。比較大的樣品,需重復(fù)實(shí)驗(yàn)。謝 謝!電話: 15238020968, : 458261751,都市巡洋艦如有問題需要交流,請隨時(shí)聯(lián)系
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