cdna測序和表達譜研究-資料下載頁
2025-04-29 02:35本頁面
【正文】 速增殖階段。 Itoh等 (1998) ： 外周血靜息期粒細胞 cDNA文庫 1,142個 GS序列，代表 748個基因。 將其中 216個已知基因分類，結(jié)果顯示 : 細胞表面膜蛋白表達最為活躍 (總 mRNA10％強 )； 核蛋白、分泌蛋白和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)蛋白表達次之； 能量代謝相關(guān)蛋白、溶酶體蛋白、蛋白質(zhì)合成相關(guān)蛋白和細胞骨架蛋白表達較低。 作者由此得出結(jié)論： ①細胞表面膜蛋白的高表達說明了粒細胞易受顆粒性和可溶性物質(zhì)的刺激而激活的防御屬性； ②蛋白質(zhì)合成相關(guān)蛋白和細胞骨架蛋白的低表達說明了粒細胞的靜息期屬性及其形態(tài)的柔變性。 (三 )比較基因表達譜 發(fā)現(xiàn)組織或狀態(tài)特異的基因 各種細胞或組織的基因表達譜做兩兩或多重比較，能較輕易地全方位了解這些細胞或組織之間 (或多種狀態(tài)之間 )的基因表達差異，鑒定上調(diào)或下調(diào)表達的基因，這種新的手段稱為“電子消減雜交”，或稱“數(shù)據(jù)庫消減雜交”。 細胞或組織中普遍表達的基因 (nonunique genes)主要行使“持家” (house keeping)功能； 特異表達的基因 (unique genes)可能是行使該類組織或細胞的特異性功能。 Nishida等 (1996) 構(gòu)建了源自角膜上皮細胞的 3’端方向 cDNA文庫，測序獲得 1,062個 GS序列，按上法將它們編制成基因表達譜。 隨后以此表達譜中豐度 ≥3的 GS序列為基準(zhǔn)，與已公布的 HepG2細胞、 HL60細胞、中性粒細胞、單核細胞、肺細胞、結(jié)腸黏膜細胞和角質(zhì)上皮細胞的基因表達譜作多重比較，鑒定了 12個候選的角膜上皮細胞特異性基因。 其中 6個是已知基因：角蛋白 載脂蛋白 J、 熱休克蛋白 2 肌鈣蛋白 I快速抽搐異分體 、 心臟縫隙連接蛋白和醛脫氫酶 3；其余 6種是全新基因。 6個已知基因中，有典型的哺乳動物中 2個角膜特異性角蛋白之一。 當(dāng)用于比較的表達譜種類不多 (本例 7種 )、每一種類表達譜中收集的 GS序列尚不夠龐大時 (本例 1,062個 )，表達譜的比較容易產(chǎn)生假陽性結(jié)果。 4種措施改善結(jié)果： ①盡量收集更多種類的基因表達譜用于比較； ②擴大收集每一基因表達譜中 GS序列的數(shù)量； ③對初篩的候選細胞特異性基因進一步作多細胞、多組織的定量 RTPCR或 RNA印跡法實驗； ④檢索公共 EST數(shù)據(jù)庫 (dbEST)。 第①、②種措施的實現(xiàn)尚待時日； 第③種措施是行之有效的實驗手段； 隨著 dbEST中 EST數(shù)量的增長，第④種措施的應(yīng)用潛力更大。 雖然 dbEST中的 EST絕大多數(shù)源自“歸一化”文庫，缺乏表達活躍程度的定量信息，但它確實可以告訴我們某一 EST所代表的基因在何種細胞或組織中表達。 (四 )基因表達譜比較研究的應(yīng)用 篩選和鑒定候選的細胞或組織特異性表達基因。 如：比較腫瘤組織與其他組織基因表達譜，找到一些與腫瘤發(fā)生、遷移等相關(guān)的基因。 Yokoyama等 (1996) 神經(jīng)母細胞瘤細胞系 (CHPl34)基因表達譜與 HepG結(jié)腸黏膜細胞等 6種基因表達譜比較，并結(jié)合 RNA印跡，鑒定了 2個全新的候選 CHPl34特異性基因。 1. 比較多個處于不同發(fā)育階段的同種細胞或組織的基因表達譜，可以鑒定與發(fā)育或分化相關(guān)的基因。 如：將 22周孕齡人胎肝基因表達譜與 19周、 40周孕齡人胎肝、肝儲脂細胞及成人肝基因表達譜比較，總結(jié)出肝臟發(fā)育相關(guān)基因群： 只在肝臟早期發(fā)育時期表達、成體不表達； 只在肝臟成體表達而早期發(fā)育時期不表達； 2. 比較不同物種之間同類細胞的基因表達譜，了解種屬差異。 如： Kawamoto等 (1996)比較了人肝臟和小鼠肝臟的基因表達譜，描述了人和小鼠之間器官特異性功能的相似性與不同之處。 有助于更為客觀地解釋以小鼠為動物模型的醫(yī)學(xué)實驗結(jié)果，甚至重新評價百年來小鼠作為醫(yī)學(xué)實驗動物模型的可行性與科學(xué)性。 3. 復(fù)雜器官的亞區(qū)域基因表達譜研究 。 如， Okubo等 (1994)已獲得了人結(jié)腸黏膜的基因表達譜，若再能獲得十二指腸、空腸、回腸、盲腸和直腸的基因表達譜，必然能在分子水平上豐富我們對腸道不同區(qū)域生理功能差異的認識。 (五 )人體基因圖：各類基因表達譜的整合 收集各類組織和細胞的基因表達譜，最終可整合成一張人體基因圖 (body map)， 每一個表達的基因均被標(biāo)記到其表達的組織。 任務(wù)艱巨：人體由 6 1013個細胞組成，人體基本組織或細胞類型大約只有 200種。 隨著全球各實驗室的專家提供越來越多的數(shù)據(jù)，這項工作的可行性也越來越大。 (六 )小結(jié) 基因表達譜研究作為“ cDNA計劃”的一個組成部分，是結(jié)構(gòu)基因組學(xué)研究的重要補充，功能基因組研究的重要內(nèi)容。 它以一個細胞、一種組織或一個器官為單位，提供基因表達類型和表達豐度的信息，使人們第一次能系統(tǒng)、全面地從 mRNA水平定性、定量了解某一特定細胞、組織或器官的基因表達模式，并描述和解釋其生理屬性。 通過各類基因表達譜的比較，能了解各類細胞和組織之間 (或多種狀態(tài)之間 )，以及某些復(fù)雜器官 (如腎臟、腦、腸等 )不同亞區(qū)域之間的基因表達差異，并鑒定差異表達的基因。 對這些差異表達基因進行深入研究，將使人們對基因表達調(diào)控機制有一更高層次的認識。與此同時，對發(fā)育、分化、進化和衰老等基本生命現(xiàn)象，以及嚴重危害人類健康的重大疾病發(fā)生機制的認識也會得到深入。
教學(xué)課件相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1