【正文】 技術(shù)分析生物體內(nèi)盡可能多乃至接近所有的蛋白質(zhì)。 1. “ 功能法 ” ：即研究不同時(shí)期細(xì)胞蛋白質(zhì)組成的變化，如蛋白質(zhì)在不同環(huán)境下的差異表達(dá)，以發(fā)現(xiàn)有差異的蛋白質(zhì)種類為主要目標(biāo)。 蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用與發(fā)展趨勢(shì) ? 隨著整合樣品處理、分級(jí)分離、質(zhì)譜鑒定以及數(shù)據(jù)分析軟件平臺(tái)為一體的蛋白組學(xué)研究系統(tǒng)的不斷推陳出新，以及適于大規(guī)模蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的生物信息學(xué)平臺(tái)的建立，蛋白組學(xué)己經(jīng)成為生命科學(xué)研究中的重要支撐技術(shù)。 ? 蛋白質(zhì)組學(xué)與其它大規(guī)模科學(xué)如基因組學(xué)，生物信息學(xué)等領(lǐng)域的交叉，所呈現(xiàn)出的 系統(tǒng)生物學(xué)（ system biology） 研究模式，將成為未來(lái)生命科學(xué)最令人激動(dòng)的新前沿。 蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用 ? 在應(yīng)用研究方面，蛋白質(zhì)組學(xué)研究顯示出廣泛的應(yīng)用前景。蛋白質(zhì)組學(xué)研究特別是定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究，標(biāo)志著蛋白質(zhì)組學(xué)研究正由定性向準(zhǔn)確的定量方向發(fā)展。它將為人們更加完整地揭示生長(zhǎng)、發(fā)育和代謝調(diào)控等生命活動(dòng)的規(guī)律和嚴(yán)重疾病的發(fā)生機(jī)理，為人類進(jìn)行疾病的診斷、防治和新藥開(kāi)發(fā)提供重要的理論基礎(chǔ)。 在原核及簡(jiǎn)單真核生物的蛋白質(zhì)組研究方面 ? 流感嗜血桿菌的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 (Haemophilus influenzae) ? 大腸桿菌的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 ? 致病微生物的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 ? 釀酒酵母的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 在多細(xì)胞真核生物的蛋白質(zhì)組研究方面 ? 線蟲(chóng)的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 ? 果蠅的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 ? 人類的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 ? 植物的蛋白質(zhì)組學(xué)研究 蛋白質(zhì)組學(xué)研究現(xiàn)狀和發(fā)展趨勢(shì) ? 蛋白質(zhì)組學(xué)已成為重要的前沿領(lǐng)域之一。各個(gè)國(guó)家和地區(qū)都已將蛋白質(zhì)組學(xué)作為優(yōu)先支持發(fā)展的領(lǐng)域，相繼啟動(dòng)各具特色的大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計(jì)劃，大力推動(dòng)本國(guó)蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展，力圖在這場(chǎng)新世紀(jì)最激烈的生命科學(xué)競(jìng)爭(zhēng)中取得先機(jī)，搶占一席之地。 國(guó)外研究現(xiàn)狀： ? 美國(guó) NCI－肺、直腸、乳腺和卵巢等腫瘤的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù) ? NCI與 FDA－有關(guān)癌癥不同發(fā)病階段和治療階段的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù) ? 歐共體－酵母蛋白質(zhì)組研究 ? 英國(guó)、法國(guó)、德國(guó)、澳大利亞、日本等國(guó)也分別投入巨資進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)的研究 此外， Celera公司、日內(nèi)瓦蛋白質(zhì)組公司與布魯克質(zhì)譜儀制造公司 國(guó)內(nèi)研究現(xiàn)狀： ? 國(guó)家自然科學(xué)基金委于 1997年設(shè)立了重大項(xiàng)目 “ 蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)體系的建立 ” ? 中國(guó)科學(xué)院生物化學(xué)研究所、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院與湖南師范大學(xué)已啟動(dòng)蛋白質(zhì)組研究 ? 中國(guó)科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院與復(fù)旦大學(xué)相繼成立了專門(mén)的蛋白質(zhì)組學(xué)研究中心 國(guó)內(nèi)研究現(xiàn)狀： 在 “ 重大疾病的功能蛋白質(zhì)組學(xué) ” 方面取得了良好的起步 ? 已進(jìn)行肝癌細(xì)胞系及正常肝細(xì)胞蛋白質(zhì)組的比較分析研究，發(fā)現(xiàn)了兩者間不同的蛋白表達(dá)群 ? 進(jìn)行了我國(guó)自行建立的肝癌高 /低轉(zhuǎn)移細(xì)胞系、肺癌高 /低轉(zhuǎn)移細(xì)胞系、原位食管癌 /轉(zhuǎn)移食管癌間的比較蛋白質(zhì)組研究，初步發(fā)現(xiàn)一批與腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的蛋白質(zhì)群 ? 對(duì)心肌細(xì)胞與應(yīng)激損傷的心肌細(xì)胞的比較蛋白質(zhì)組研究也有了一定的基礎(chǔ) 我國(guó) “ 蛋白質(zhì)組研究計(jì)劃 ” 應(yīng)關(guān)注的重點(diǎn)基礎(chǔ)科學(xué)問(wèn)題 ? 一是 “ 人類基因組 ” 、 “ 水稻基因組 ” 等的系統(tǒng)注解、破譯，對(duì)應(yīng)蛋白質(zhì)組的建立，繪制其蛋白質(zhì) “ 全組分譜 ” 等； ? 二是對(duì)人類、水稻等重要生物蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)及重要病原體與宿主相互作用網(wǎng)絡(luò)等的結(jié)構(gòu)及其組裝、遷移、識(shí)別、調(diào)控規(guī)律的系統(tǒng)揭示； ? 三是對(duì)具重要生理功能或重大病理意義的微生物、細(xì)胞、組織器官、系統(tǒng)中，蛋白質(zhì)組及蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)的生物學(xué)功能的認(rèn)識(shí)； ? 四是生物信息學(xué)等系統(tǒng)生物學(xué)理論與技術(shù)體系的建立； ? 五是人類重大疾病、作物重要農(nóng)藝性狀與重要微生物等的分子標(biāo)志及藥物、疫苗、診斷與作物、工業(yè)微生物改良等系列靶標(biāo)的規(guī)模篩查與確認(rèn)； ? 六是突破制約蛋白質(zhì)科學(xué)發(fā)展的技術(shù)瓶頸，培育一批生產(chǎn)尖端蛋白質(zhì)組研究設(shè)備與產(chǎn)品并能占領(lǐng)國(guó)際市場(chǎng)的高技術(shù)企業(yè)。 蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)組織 ? 國(guó)際人類蛋白質(zhì)組組織（ Human Proteome Organization, HUPO）， 2022成立。 ? 亞太地區(qū)人類蛋白質(zhì)組組織（ AOHUPO） ? 北美地區(qū)人類蛋白質(zhì)組組織（ AHUPO） ? 中國(guó)人類蛋白質(zhì)組組織（ CNHUPO） 存在的問(wèn)題 ? 以肝臟疾病為例，由于肝臟疾病問(wèn)題的復(fù)雜性和目前研究手段的不夠完善，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，不同實(shí)驗(yàn)室用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)尋找到的肝臟疾病的分子標(biāo)記物和藥物靶標(biāo)還有較大的差異。 ? 用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)的分子標(biāo)記物和藥物靶標(biāo)，和用基因組學(xué)技術(shù)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)的也有較大的離散性。直到現(xiàn)在，國(guó)內(nèi)外科學(xué)家對(duì)這種離散性尚沒(méi)有一個(gè)很好的解釋。 ? 現(xiàn)有的技術(shù)只能分析和鑒定約 l/3的高豐度和中豐度蛋白質(zhì)。高豐度背景下的低豐度蛋白質(zhì)的高效分離與富集和特效鑒定與分析問(wèn)題、規(guī)?；鞍踪|(zhì)后修飾譜的選擇性鑒定和結(jié)構(gòu)分析問(wèn)題、通量化蛋白質(zhì)相互作用和連鎖圖以及功能驗(yàn)證等研究問(wèn)題仍然是一個(gè)艱巨的任務(wù)。 ? 另外，重大疾病發(fā)生發(fā)展的蛋白質(zhì)組學(xué)研究方面尚未形成系統(tǒng)。在疾病發(fā)生發(fā)展的病生理機(jī)制方面，尚缺乏對(duì)疾病相關(guān)蛋白質(zhì)的功能群分析和對(duì)疾病發(fā)展不同階段蛋白質(zhì)表達(dá)變化規(guī)律的關(guān)注，因此為其病理生理機(jī)制的闡明所提供的信息還不夠充分。 ? 針對(duì)有基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)的生物體或組織 /細(xì)胞，建立其蛋白質(zhì)組或亞蛋白質(zhì)組（或蛋白質(zhì)表達(dá)譜）及其蛋白質(zhì)組連鎖群，即positional proteomics 研究 ? 以重要生命過(guò)程或人類重大疾病為對(duì)象，進(jìn)行重要生理 /病理體系或過(guò)程的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究，即 parative proteomics 研究 ? 蛋白質(zhì)組學(xué)支撐技術(shù)平臺(tái)和生物信息學(xué)的研究 蛋白質(zhì)組學(xué)的前沿研究方向： 2022/2/12 基因組學(xué) (genomics) 轉(zhuǎn)錄組學(xué) (transcriptomics) 蛋白質(zhì)組學(xué) (proteomics) 代謝組學(xué) (metabolomics) 系統(tǒng)生物學(xué) 展望 謝 謝！