動(dòng)物遺傳學(xué)第九章動(dòng)物基因組學(xué)-資料下載頁
2025-05-12 09:15本頁面
【正文】 原理 1. RFLP,restriction fragment length polymotphism:限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性 原理： 限制性內(nèi)切酶能識(shí)別和切割特異核苷酸序列。由于 DNA某一位點(diǎn)的變異有可能引起該位點(diǎn)特異性的酶切位點(diǎn)的改變，當(dāng)用限制性內(nèi)切酶處理不能生物個(gè)體的 DNA時(shí)，致使酶切片段的長(zhǎng)度發(fā)生變化，個(gè)體間出現(xiàn)限制性片段長(zhǎng)度的差異。 DNA序列能或不能被某一酶酶切，實(shí)際上相當(dāng)于一對(duì)等位基因的差異。 基本過程： 取得 DNA樣本 —— 酶切 —— 電泳 —— 轉(zhuǎn)移至硝酸纖維膜上 —— DNA探針雜交 —— 放射自顯影 Southern雜交過程 RFLP檢測(cè) 優(yōu)點(diǎn)： ? 遍布于整個(gè)基因組，數(shù)量幾乎是無限的 ? 無表型效應(yīng)，不受發(fā)育階段及器官特異性限制 ? 共顯性，可區(qū)分純合子和雜合子 ? 結(jié)果穩(wěn)定、可靠 缺點(diǎn)： ? 檢測(cè)技術(shù)繁雜，成本較高，難以用于大規(guī)模的育種實(shí)踐中 ? 分析對(duì)樣品純度要求較高，樣品需要量大 ? RFLP多態(tài)信息含量低 ? 多態(tài)性水平過分依賴于限制性內(nèi)切酶的種類和量 2. 可變串聯(lián)重復(fù)多態(tài)性 （ varible number of tandem repeats, VNTR） ? 小衛(wèi)星 DNA（ minisatellite DNA）， 第一代指紋技術(shù)（ DNA fingeiprinting) 原理： 重復(fù) DNA小序列， 1070nt（核苷酸），拷貝 101000，主要存在于染色體靠近端粒處。 多態(tài)性的原因 由于重復(fù)單位間不等交換，個(gè)體間存在串聯(lián)數(shù)目的差異 —— 拷貝數(shù)多態(tài)性 個(gè)體間在序列長(zhǎng)度上差異 —— 長(zhǎng)度多態(tài)性，人群中的分布表現(xiàn)高度的個(gè)體特異性。 標(biāo)記特點(diǎn) ? 與 RFLP大致相同，但對(duì)限制性內(nèi)切酶和探針有特殊的要求。 ? 限制性內(nèi)切酶的切點(diǎn)必須不在重復(fù)序列中，以保證小衛(wèi)星序列的完整性。 ? 內(nèi)切酶在基因組的其他部位有較多的酶切位點(diǎn)，通過電泳檢測(cè)多態(tài)性。 ? 可充分顯示長(zhǎng)度重復(fù)序列片段的多態(tài)性。分子雜交所用DNA探針核苷酸序列必須是小衛(wèi)星序列通過分子雜交和放射自顯影后，就可一次性檢測(cè)到眾多小微衛(wèi)星位點(diǎn)，得到個(gè)體特異性的 DNA指紋圖譜。 優(yōu)點(diǎn)： ? 種類多，分布廣，有高度多態(tài)性 ? 在人群中的分布表現(xiàn)高度的特異性 缺點(diǎn)： ? 多態(tài)性分布集中，合成探針困難，應(yīng)用并不廣泛。 ? 實(shí)驗(yàn)操作繁瑣，檢測(cè)時(shí)間長(zhǎng)，成本高。 ? 無法確定等位基因 ? 對(duì)任何一條帶無法確定是由純合子還是雜合子產(chǎn)生。 ? 無法確定基因座間的獨(dú)立性 ? 對(duì)檢測(cè)要求高 ? 微衛(wèi)星（ microsatellite DNA,MS)又稱 SSR,STR,SSLP 基本原理： MS是一類由幾個(gè)（多為 26個(gè)）堿基組成的基序串聯(lián)重復(fù)而成的 DNA序列，其長(zhǎng)度一般較短，廣泛分布于基因組的不同位置，如（ CA） n、（ AT） n、（ GGC） n等重復(fù)。不同遺傳材料重復(fù)次數(shù)的可變性，導(dǎo)致了 SSR長(zhǎng)度的高度變異性，這一變異性正是 SSR標(biāo)記產(chǎn)生的基礎(chǔ)。 MS標(biāo)記的特點(diǎn)有 ： ? 數(shù)量豐富，廣泛分布于整個(gè)基因組； ? 具有較多的等位性變異； ? 共顯性標(biāo)記，可鑒別出雜合子和純合子 ? 實(shí)驗(yàn)重復(fù)性好，結(jié)果可靠； ? 由于創(chuàng)建新的標(biāo)記時(shí)需知道重復(fù)序列兩端的序列信息，因此其開發(fā)有一定困難，費(fèi)用也較高 一個(gè)家系的微衛(wèi)星 PCR檢測(cè)結(jié)果 （ single nucleotide polymorphism ,SNP） SNP與 RFLP、 MS等標(biāo)記不同之處在于不以 “ 長(zhǎng)度 ” 差別為檢測(cè)手段，而是直接以序列的變異作為標(biāo)記。 基因組 DNA某一特定的核苷酸位置上，可能發(fā)生單個(gè)堿基的變化，如轉(zhuǎn)換、顛換等，使得群體中基因組的某些位點(diǎn)上存在差異。 SNP就是指基因組內(nèi)特定的核苷酸位置上存在兩種以上不同的核苷酸，其中最少一種在群體中的出現(xiàn)頻率不少于 1%（低于 1%則視為突變）。 SNP是出現(xiàn)頻率最高的標(biāo)記，人類基因組中平均每 1000 bp中就有 1個(gè) SNP，總數(shù)可達(dá) 300萬個(gè)。 位于基因表達(dá)序列內(nèi)的 SNP可能會(huì)影響蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平，對(duì)分析基因與性狀的關(guān)系有重要意義。 SNP是單堿基突變，任何用于單堿基突變的技術(shù)都可用于 SNP檢測(cè)，如 RFLP、 DNA序列分析、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（ SSCP）等。最先進(jìn)的是微數(shù)列矩陣 DNA芯片（ DNA chip）技術(shù)。
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