5-蛋白質三級結構預測(編輯修改稿)
2024-10-03 10:05 本頁面
【文章內容簡介】 ？ 根本思想是建立一個從 U到能看出結構 T的線索，并通過一些基于環(huán)境或基于知識的勢，評價序列與結構的適應性。 至于最后建立三維結構模型那么是非常困難的 序列 → 結構比對 第十九頁，共四十頁。 ? 線索化的主要思想： ? 利用氨基酸的結構傾向〔如形成二級結構的傾向、疏水性、極性等〕，評價一個序列所對應的結構是否能夠適配到一個給定的結構環(huán)境中。 第二十頁，共四十頁。 ? 建立序列到結構的線索的過程稱為線索化，線索技術又稱折疊識別技術。 ? 線索化或者折疊識別的目標是為目標蛋白質 U尋找適宜的蛋白質模板，這些模板蛋白質與 U沒有顯著的序列相似性，但卻是遠程同源的。 第二十一頁，共四十頁。 ? 線索化方法一般有 5個根本組成局部： ? 〔 1〕能看出三維折疊結構的數據庫； ? 〔 2〕一種適合于進行序列 結構比對的三維折疊信息的表示方法； ? 〔 3〕一個序列 結構匹配函數，該函數對匹配程度進行打分； ? 〔 4〕建立最優(yōu)線索的策略，或者是進行序列 結構比對的策略； ? 〔 5〕一種評價序列 結構比對顯著性的方法。 第二十二頁，共四十頁。 假設存在有限數目的核心折疊 〔 core folds〕 核心折疊實際上是構成蛋白質空間形狀的根本模式 。 建立核心折疊數據庫 預測 建立線索 U序列 與數據庫核心折疊 比對 取最佳答案答案核心折疊 U結構模型 第二十三頁，共四十頁。 ? 一種基于序列與結構比對的最優(yōu)線索化算法 ? 令 : s1, s2,… , sn為蛋白質序列 S的 n個元素 ? C1, C2,… , Cm為數據庫中核心折疊 C的 m個核心區(qū)域 ? Cij為第 i個核心區(qū)域第 j個氨基酸位置 ? ? 每一個核心區(qū)域由假設干個氨基酸殘基構成 ? 第二十四頁，共四十頁。 ? 設 t是一個從序列到核心折疊的線索，那么 t說明了序列 S的哪些元素 si,sj,sk,… 代表核心區(qū)域 C1, C2, C3,… 的起始位置。 這實際上是一種從序列 S到核心折疊 C的比對 ? 令 ?代表核心折疊 C中的環(huán)到序列 S中空位的映射，顯然 ?是通過線索化而確定的。 第二十五頁，共四十頁。 令 f(t)是進行
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