差異表達基因分析ppt課件(已修改)
2025-05-15 22:35 本頁面
【正文】 第七講 Quantile Normalization 使每張芯片 /通道的強度值有相同的分布(intensity distribution) Quantile normalization Before After Quantile normalization R語言和 bioconductor 差異表達基因分析 單張 cDNA芯片差異表達基因 差異表達基因分析 基因表達譜芯片實驗的主要目的之一是發(fā)現(xiàn)兩個樣本間差異表達基因。 通常采用基因在實驗組和對照組中信號的比值作為衡量基因在兩種狀態(tài)下基因的表達差異，在雙色熒光系統(tǒng)中，用 Cy5/Cy3的比值來衡量基因的表達差異，也稱表達差異值。在 Affymetrix等短的寡核苷酸芯片中，采用單色熒光標記的方式，實驗組和對照組分別用兩張芯片進行檢測，表達差異值即為兩張芯片的信號比值。 噪聲和芯片本身的一些因素以及生物學本身的特點給篩選差異表達基因帶來了很大的麻煩。必須設(shè)定一個差異表達基因的判定標準。這個篩選的標準就稱為差異表達基因的閾值。 倍數(shù)法 倍數(shù)法 倍數(shù)法是比較常用的一種方法，因為比較簡單和直接。 但是，這種方法也是有其重大缺陷的。比如，在某個實驗中，基因表達水平的變化不大，如果選擇判別域值為 2倍，則有可能找不到幾個差異表達的基因，假陰性率比較高。但如果是主觀縮小判斷域值，又有可能增大假陽性率。 這一方法沒有考慮到差異表達的統(tǒng)計顯著性。 Z值法 在一張 cDNA芯片上一般都點了很多基因，其實這些基因中只有很小一部分表達有差異，所以一般都假設(shè)表達的比率值滿足正態(tài)分布。 Z=(X181。)/σ . |Z|= 在寡核苷酸芯片中，芯片上的基因在相應(yīng)實驗條件下或相應(yīng)組織中也只是有很小一部分基因有表達，可以假定強度滿足對數(shù)正態(tài)分布，同樣可以對其作 Z變換，使其具有統(tǒng)計意義。 如果實驗體系中沒有一條差異表達的基因， Z值法還是會挑選出 5％的差異表達基因。這是因為在芯片實驗中，總有一些由于背景噪聲產(chǎn)生的假陽性點。如果實際上實驗中有大量的基因發(fā)生表達改變， Z值法還是機械的找出 5％的
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