《差異表達(dá)基因分析》ppt課件-文庫(kù)吧
2025-04-18 22:35 本頁(yè)面
【正文】 差異表達(dá)基因，丟失了一部分真陽(yáng)性點(diǎn)。 一般性的方法 選擇一個(gè)統(tǒng)計(jì)量給基因排秩來(lái)證明表達(dá)有差異 為排秩統(tǒng)計(jì)量選擇一個(gè)判別值，在它之上的值將被認(rèn)為是顯著的 前面一個(gè)部分更為重要，所以研究的較多，方法也更多，后面那部分的方法稍微簡(jiǎn)單 重復(fù)芯片（ replicates） M值 根據(jù)比率平均值或 對(duì)基因排序。 M值為信號(hào)強(qiáng)度比值的 log2值， 是任一特定基因在重復(fù)序列中 M值的均值。 這一排序法忽略了一個(gè)基因在重復(fù)實(shí)驗(yàn)中的不同芯片上表達(dá)水平的差異程度。例如，可能某一個(gè)基因在某一張芯片上 M值很大，但在其他芯片上 M值很小，其實(shí)這條基因并沒(méi)有差異表達(dá)，但由于個(gè)別 M值的影響，從而顯示出一個(gè)差異表達(dá)的特性，造成假陽(yáng)性。 T值排序 假如一個(gè)基因在幾張重復(fù)芯片的 M值都很小，但是這些 M值非常接近，所以 s值也非常小，這樣可能會(huì)導(dǎo)致 t值很大，從而會(huì)把這個(gè)本沒(méi)有差異表達(dá)的基因誤認(rèn)為差異表達(dá)。 修正的 T值 修正值由樣本方差的均數(shù)和標(biāo)準(zhǔn)差估計(jì)而得。結(jié)果顯示：在一個(gè)模擬的數(shù)據(jù)集中，雖然帶有一些經(jīng)驗(yàn)性質(zhì)，但用修正 t統(tǒng)計(jì)量給基因排秩比用均數(shù)和一般的 t統(tǒng)計(jì)量效果要好。 單通道寡核苷酸芯片差異基因（兩個(gè)樣本直接比較） Affymetrix， illumina芯片由于有探針重復(fù)，可以利用統(tǒng)計(jì)方法計(jì)算出一個(gè)統(tǒng)計(jì)性的 P值或者 score值，篩選差異表達(dá)基因 不同類(lèi)樣本差異基因識(shí)別 評(píng)價(jià)一組數(shù)的統(tǒng)計(jì)量 平均值 標(biāo)準(zhǔn)差 87 比較多組數(shù)的方法 T檢驗(yàn)：平均值 F檢驗(yàn)： 方差 SAM（ significance analysis of microarrays） 單通道 Oligo芯片，尤其是affymetrix芯片數(shù)據(jù)分析用得較多 雙通道 cDNA芯片數(shù)據(jù)分析用得較多 False Discovery Rate (FDR) 錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率是評(píng)估檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)顯著性的最有力工具。統(tǒng)計(jì)學(xué)家都想用更符合統(tǒng)計(jì)學(xué)的手段得到差異基因，具體說(shuō)來(lái)就是想用假設(shè)檢驗(yàn)后賦予每個(gè)基因統(tǒng)計(jì)顯著性或者
教學(xué)課件相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1