【正文】 M值的影響，從而顯示出一個(gè)差異表達(dá)的特性，造成假陽(yáng)性。必須設(shè)定一個(gè)差異表達(dá)基因的判定標(biāo)準(zhǔn)。 Z值法 在一張 cDNA芯片上一般都點(diǎn)了很多基因，其實(shí)這些基因中只有很小一部分表達(dá)有差異，所以一般都假設(shè)表達(dá)的比率值滿足正態(tài)分布。 Multiple test (Pvalue adjustment) 火山圖（ volcano plot） Statistical test: Pvalue Fold change: Ratio 其他方法 Bstatistics (Smyth,2022) Bayes Ttest (Baldi and Long, 2022) SAMROC (Broberg, 2022) ZhaoPan method (Zhao and Pan, 2022) … … Improved Detection of Differentially Expressed Genes Time series microarray dataset 聚類分析 基因表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣 (Affymetrix GeneChip174。在加權(quán)均數(shù)中，權(quán)重為上面計(jì)算的基因間的相似性。通常一個(gè)變量還不足夠，因此，需要尋找第二個(gè)主成分 Z2， Z2與 Z1不相關(guān)，且是除 Z1外具有最大方差的原始變量的線性組合。對(duì)于生物學(xué)重復(fù)中缺失數(shù)據(jù)的填充應(yīng)慎重，應(yīng)當(dāng)使用盡量同質(zhì)的樣品對(duì)缺失值進(jìn)行估計(jì)。結(jié)果顯示：在一個(gè)模擬的數(shù)據(jù)集中，雖然帶有一些經(jīng)驗(yàn)性質(zhì)，但用修正 t統(tǒng)計(jì)量給基因排秩比用均數(shù)和一般的 t統(tǒng)計(jì)量效果要好。 但是，這種方法也是有其重大缺陷的。比如，在某個(gè)實(shí)驗(yàn)中，基因表達(dá)水平的變化不大，如果選擇判別域值為 2倍，則有可能找不到幾個(gè)差異表達(dá)的基因，假陰性率比較高。 單通道寡核苷酸芯片差異基因（兩個(gè)樣本直接比較） Affymetrix， illumina芯片由于有探針重復(fù)，可以利用統(tǒng)計(jì)方法計(jì)算出一個(gè)統(tǒng)計(jì)性的 P值或者 score值，篩選差異表達(dá)基因 不同類樣本差異基因識(shí)別 評(píng)價(jià)一組數(shù)的統(tǒng)計(jì)量 平均值 標(biāo)準(zhǔn)差 87 比較多組數(shù)的方法 T檢驗(yàn)：平均值