差異表達(dá)基因分析ppt課件-展示頁(yè)
2025-05-12 22:35本頁(yè)面
【正文】 準(zhǔn)差 87 比較多組數(shù)的方法 T檢驗(yàn)：平均值 F檢驗(yàn)： 方差 SAM（ significance analysis of microarrays） 單通道 Oligo芯片，尤其是affymetrix芯片數(shù)據(jù)分析用得較多 雙通道 cDNA芯片數(shù)據(jù)分析用得較多 False Discovery Rate (FDR) 錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率是評(píng)估檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)顯著性的最有力工具。 修正的 T值 修正值由樣本方差的均數(shù)和標(biāo)準(zhǔn)差估計(jì)而得。例如，可能某一個(gè)基因在某一張芯片上 M值很大，但在其他芯片上 M值很小，其實(shí)這條基因并沒(méi)有差異表達(dá)，但由于個(gè)別 M值的影響，從而顯示出一個(gè)差異表達(dá)的特性，造成假陽(yáng)性。 M值為信號(hào)強(qiáng)度比值的 log2值， 是任一特定基因在重復(fù)序列中 M值的均值。如果實(shí)際上實(shí)驗(yàn)中有大量的基因發(fā)生表達(dá)改變， Z值法還是機(jī)械的找出 5％的差異表達(dá)基因，丟失了一部分真陽(yáng)性點(diǎn)。 如果實(shí)驗(yàn)體系中沒(méi)有一條差異表達(dá)的基因， Z值法還是會(huì)挑選出 5％的差異表達(dá)基因。 Z=(X181。 這一方法沒(méi)有考慮到差異表達(dá)的統(tǒng)計(jì)顯著性。比如，在某個(gè)實(shí)驗(yàn)中，基因表達(dá)水平的變化不大，如果選擇判別域值為 2倍，則有可能找不到幾個(gè)差異表達(dá)的基因，假陰性率比較高。 倍數(shù)法 倍數(shù)法 倍數(shù)法是比較常用的一種方法，因?yàn)楸容^簡(jiǎn)單和直接。必須設(shè)定一個(gè)差異表達(dá)基因的判定標(biāo)準(zhǔn)。在 Affymetrix等短的寡核苷酸芯片中，采用單色熒光標(biāo)記的方式，實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組分別用兩張芯片進(jìn)行檢測(cè)，表達(dá)差異值即為兩張芯片的信號(hào)比值。第七講 Quantile Normalization 使每張芯片 /通道的強(qiáng)度值有相同的分布(intensity distribution) Quantile normalization Before After Quantile normalization R語(yǔ)言和 bioconductor 差異表達(dá)基因分析 單張 cDNA芯片差異表達(dá)基因 差異表達(dá)基因分析 基因表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)的主要目的之一是發(fā)現(xiàn)兩
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