《差異表達基因分析》ppt課件-全文預(yù)覽
【正文】 該觀測指標上的數(shù)據(jù)就是估計缺失基因數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)，估計值可以是這 K個基因在該指標上的均數(shù)，也可以是這 K個基因的加權(quán)均數(shù)。 未觀測點 若后續(xù)的統(tǒng)計分析要求數(shù)據(jù)滿足完整性，如特征基因提取的奇異值分解、某些基因的聚類分析方法等，則需要對含有缺失值的數(shù)據(jù)進行處理 刪除含有缺失值的整條記錄，這種方法操作簡單，但卻因為個別值的缺失而刪除整個記錄，可能丟失大量有價值的信息 填充或修補缺失數(shù)據(jù) 缺失數(shù)據(jù)的處理 固定值法，比如 0或者 1 行平均法 使用重復(fù)數(shù)據(jù)點對缺失數(shù)據(jù)進行填充?？梢酝ㄟ^計算原始數(shù)據(jù)的均數(shù)和標準差，去除位于給定區(qū)間外的數(shù)據(jù)（如均數(shù)加減 3個標準差外的數(shù)據(jù)）。Treeview軟件 Genesis軟件 預(yù)分析（ PreAnalysis） 重復(fù)值合并（ replicate handling ） 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換和標準化（ data transformation and standardization） 缺失數(shù)據(jù)處理（ missing value management ） 基因篩選（ pattern selection） 重復(fù)值合并 基因不同命名 重復(fù)值合并 Gene ID converter 重復(fù)值合并 在特定條件下把所有的重復(fù)值合并成一個數(shù)值可能更為方便，而這一個值是給定基因 /條件的代表。為了達到這個目的，統(tǒng)計學家們常常用控制錯誤發(fā)現(xiàn)率（ False Discovery Rate）的方法來判斷差異基因。 修正的 T值 修正值由樣本方差的均數(shù)和標準差估計而得。 M值為信號強度比值的 log2值， 是任一特定基因在重復(fù)序列中 M值的均值。 如果實驗體系中沒有一條差異表達的基因， Z值法還是會挑選出 5％的差異表達基因。 這一方法沒有考慮到差異表達的統(tǒng)計顯著性。 倍數(shù)法 倍數(shù)法 倍數(shù)法是比較常用的一種方法，因為比較簡單和直接。在 Affymetrix等短的寡核苷酸芯片中，采用單色熒光標記的方式，實驗組和對照組分別用兩張芯片進行檢測，表達差異值即為兩張芯片的信號比值。 通常采用基因在實驗組和對照組中
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