差異表達基因分析ppt課件-wenkub.com
2025-04-30 22:35 本頁面
【正文】 通常一個變量還不足夠，因此，需要尋找第二個主成分 Z2， Z2與 Z1不相關，且是除 Z1外具有最大方差的原始變量的線性組合。常用方法，主成分分析等。 當一條基因表達譜數(shù)據(jù)中的無效數(shù)據(jù)個數(shù)超過一定的范圍時，這條基因就認為是一條無效基因，在以后的聚類分析中不把這條基因考慮在內。在加權均數(shù)中，權重為上面計算的基因間的相似性。對于生物學重復中缺失數(shù)據(jù)的填充應慎重，應當使用盡量同質的樣品對缺失值進行估計。剩余的數(shù)據(jù)重新計算均數(shù)和標準差，并消除給定區(qū)間外的數(shù)據(jù)。 通常的合并是指計算這些重復值的集中趨勢指標，如均數(shù)、中位數(shù)或眾數(shù)。 Multiple test (Pvalue adjustment) 火山圖（ volcano plot） Statistical test: Pvalue Fold change: Ratio 其他方法 Bstatistics (Smyth,2022) Bayes Ttest (Baldi and Long, 2022) SAMROC (Broberg, 2022) ZhaoPan method (Zhao and Pan, 2022) … … Improved Detection of Differentially Expressed Genes Time series microarray dataset 聚類分析 基因表達數(shù)據(jù)矩陣 (Affymetrix GeneChip174。結果顯示：在一個模擬的數(shù)據(jù)集中，雖然帶有一些經驗性質，但用修正 t統(tǒng)計量給基因排秩比用均數(shù)和一般的 t統(tǒng)計量效果要好。 這一排序法忽略了一個基因在重復實驗中的不同芯片上表達水平的差異程度。這是因為在芯片實驗中，總有一些由于背景噪聲產生的假陽性點。 Z值法 在一張 cDNA芯片上一般都點了很多基因，其實這些基因中只有很小一部分表達有差異，所以一般都假設表達的比率值滿足正態(tài)分布。 但是，這種方法也是有其重大缺陷的。 噪聲和芯片本身的一些因素以及生物學本身的特點給篩選差異表達基因帶來了很大的麻煩。第七講 Quantile Normalization
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