差異表達基因分析ppt課件(編輯修改稿)
2025-05-30 22:35 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 P值，使得每個基因的判別更有統(tǒng)計學上的意義。為了達到這個目的，統(tǒng)計學家們常常用控制錯誤發(fā)現(xiàn)率（ False Discovery Rate）的方法來判斷差異基因。 Multiple test (Pvalue adjustment) 火山圖（ volcano plot） Statistical test: Pvalue Fold change: Ratio 其他方法 Bstatistics (Smyth,2022) Bayes Ttest (Baldi and Long, 2022) SAMROC (Broberg, 2022) ZhaoPan method (Zhao and Pan, 2022) … … Improved Detection of Differentially Expressed Genes Time series microarray dataset 聚類分析 基因表達數(shù)據(jù)矩陣 (Affymetrix GeneChip174。 oligonucleotide arrays) sam/ref 基因表達數(shù)據(jù)矩陣 (glass slides) 數(shù)據(jù)矩陣具體形式 數(shù)據(jù)形式 數(shù)據(jù)矩陣 ,基因數(shù)遠大于樣品數(shù) 對任意一個基因來說 ,樣本值是特征值 ,數(shù)據(jù)的維數(shù)是 M 對任意一個樣本來說 ,基因值是特征值 ,數(shù)據(jù)的維數(shù)是 N 聚類時考慮基因之間的相似性，從數(shù)學上講就是看對應(yīng)的 M維數(shù)據(jù)之間的相似性 Clusteramp。Treeview軟件 Clusteramp。Treeview軟件 Genesis軟件 預分析（ PreAnalysis） 重復值合并（ replicate handling ） 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換和標準化（ data transformation and standardization） 缺失數(shù)據(jù)處理（ missing value management ） 基因篩選（ pattern selection） 重復值合并 基因不同命名 重復值合并 Gene ID converter 重復值合并 在特定條件下把所有的重復值
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