【正文】 將共享一個角的體素連接較大的rmm 值將跳過一些0的值把非0值連成一片。dxyz=1 = 在clustering中，空間的clusters通過連通性(connectivity)來確定。 dxyz=1選項強制3個體素維度grid size為1mm。rmm39。vmul39。(下面各選項互相排斥，即只能使用1個)1clust rmm vmul = 形成clusters, 以rmm 連接距離，生成的cluster至少包含 vmul個體素1clust_mean rmm vmul = 同1clust，但cluster內體素強度全部替換為cluster的平均強度[同樣，1clust_后接max, amax, smax, size, order分別表示將cluster內體素強度全部替換為clust內的最大強度、絕對值最大強度、最大有符號強度、cluster的size、cluster的size索引值 (. 最大的cluster索引值為1，其次為2，……)]* 如果rmm 為0，這意味著使用6個最近的相鄰體素形成非0體素的cluster* 如果vmul為0，那么所有size的cluster都被接受(可能結果沒有用) * 如果vmul為負數(shù)，那么abs(vmul) 是cluster保持的體素最小數(shù)目下面的命令導致3D clusters的腐蝕和擴張(erosion and dilation)。其目的是避免形成具有2(或更多)個主體部分通過細長部分(39。)連接的cluster。注：對cluster(1clust命令)內的值的操作發(fā)生在下面兩個命令執(zhí)行之后 1erode pv 對于每個體素，除了rmm半徑范圍內pv%的體素非0，否則設為01dilate 如果rmm范圍內還保持有1個非0體素，恢復被前面的步驟去除的體素下面這些filter選項互相排斥：1filter_mean rmm = 設置每個體素值為rmm半徑內體素的平均強度值 [同樣，1filter_*后接nzmean, max, amax, smax, aver分別表示將每個體素值設為rmm半徑內 非0體素的平均強度值、最大值、絕對值最大值、最大有符號值、平均強度值(與mean相同，但使用了新的代碼，所以運算更快)] 對閾值的filter選項(t1filter_* rmm)也互相排斥：各選項作用與上述filter相似。 z score39。上述 39。 選項以上面給出的先后順序執(zhí)行，而不管在命令行中輸入的順序。1blur39。 其它選項：datum type = 強迫輸出集存儲為指定的類型，如byte, short或float注：Byte類型不能表示負值，如果使用該類型，數(shù)據(jù)集內任何負值將設為0keepthr = 當使用3dmerge編輯附帶有閾值的功能數(shù)據(jù)集，通常結果數(shù)據(jù)集為39。(intensity only)類型，該選項告訴3dmerge拷貝閾值(threshold data)至輸出數(shù)據(jù)集(盡管閾值沒有進行編輯過)注：如果3dmerge用來連接2個或更多的數(shù)據(jù)集，該選項將被忽略注：datum選項對閾值的存儲沒有效果。 正由于此，用戶必須檢查使用這些選項是否合適。 這樣，你可以1tindex k = 操作輸入數(shù)據(jù)集任何給定的subbrick來產生一個輸出1 brick數(shù)據(jù)集。3dbucket39。filter39。 mset39。Filtering將不對遮罩外的數(shù)據(jù)進行運算。* 在線性平均filters(_mean, _nzmean, and _expr)中，不包括在mask中的體素不被使用或計算在內。如果mask設計用來排除腦外的體素，將會出現(xiàn)一些問題。a*step(b)39。 表達式中只能使用下述符號：r = radius from centerx = dataset xaxis offset from center y = dataset yaxis offset from center z = dataset zaxis offset from center i = xaxis index offset from center j = yaxis index offset from center k = zaxis index offset from center Example: 1filter_expr 39。這進行一個以12mm為半徑的Gaussian filter。(通常，指數(shù)的分母為： * FWHM * FWHM。exp((x*x+16*y*y+z*z)/)39。1filter_winsor rmm nw 選項對數(shù)據(jù)進行39。 filter：□ 形成輸出數(shù)據(jù)集的MERGING OPTIONS：即整合結果的不同途徑，下面的39。 選項相互排斥：gmean = 通過平均強度值(包括0) bine數(shù)據(jù)集(默認) (同樣，g后接nzmean, max, amax, smax, count, order, fisher分別表示通過使用非0值的均值、最大強度值、最大絕對值、最大有符號值、統(tǒng)計39。的數(shù)目*、輸入順序**、tanh(mean(arctanh))***來整合數(shù)據(jù)集)* 不等于0(!=0)為hits** 如果一個體素在dataset 1中為非0，則采用1中的值；如果在dataset1中為0而在dataset2中為非0，則采用2中的值；依此類推*** 計算每個輸入的arctanh(反雙曲正切函數(shù))，取平均值，再計算該平均值的tanh(雙曲正切)。short39。該選項用于merging相關系數(shù)的bricksnscale = 如果輸出數(shù)據(jù)集為short類型，不對其進行縮放(scale)應用于閾值數(shù)據(jù)(Threshold data)的merging選項：即整合閾值數(shù)據(jù)的不同途徑。注意下面39。 選項也互相排斥，但與上面的merging強度數(shù)據(jù)的39。選項互相獨立。 fico39。fith39。作用同上述39。對COMBINED RESULTS進行后處理的可選途徑ghits count = 刪除為0的一些像素，統(tǒng)計hits(!=0 is a 39。)數(shù)目gclust rmm vmul = 以rmm為連接半徑，以vmul為最小voxel數(shù)目，去除不包含在cluster內的像素注：39。 和 39。 選項作用于整組輸入數(shù)據(jù)集指定輸出數(shù)據(jù)集名稱的選項：session dirname = 輸出到指定的目錄(default=./)prefixpname = 用39。 作為輸出數(shù)據(jù)集前綴 (default=mrg)注意事項:**如果僅一個數(shù)據(jù)集讀入， 39。選項將無效，輸出數(shù)據(jù)集僅為39。選項作用于輸入數(shù)據(jù)集(., editiing options)**你可以使用3dbucket程序將3dmerge的輸出數(shù)據(jù)集同其它subbricks整合**Complexvalued 類型的數(shù)據(jù)集不能被3dmerge**該程序如無39。選項不能處理時間依賴(timedependent)數(shù)據(jù)集** 文件指定。 補充內容包括去除頭皮外偽影、去除異常時間點、時間序列時間點數(shù)據(jù)的標準化(difference/mean)、多個run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移可在該步驟后進行(1) 去除頭皮偽影為幫助理解3dAutomask程序，先介紹一下3dClipLevel程序：Usage: 3dClipLevel [options] dataset估計1個值，當用此值對解剖數(shù)據(jù)集進行clip時可將背景區(qū)域全部高為0。 如果輸入數(shù)據(jù)集包含1個以上subbrick，所有subbricks被用來建立histogramUsage: 3dAutomask [options] dataset輸入數(shù)據(jù)集是一個EPI 3D+time數(shù)據(jù)集(不同于3dintracranial)，輸出數(shù)據(jù)集是一個僅含腦組織的遮罩數(shù)據(jù)集(brainonly mask dataset)方法：+ 使用3dClipLevel 算法尋找clipping level.+ 在erosion/dilation步驟后僅保持最大的閾上體素的連接部+ 保存結果為功能數(shù)據(jù)集39。 型選項：prefix ppp = 輸入數(shù)據(jù)集以39。為前綴[default=39。]q = 不輸出程序執(zhí)行過程中的信息(., be quiet).eclip = 在創(chuàng)建mask后，去除低于clip閾值的外部體素dilate nd = 向外擴大mask 39。 次SI hh = 在創(chuàng)建mask后，尋找最上面的體素，然后將低于該體素超過39。 毫米的任何體素設為0。例：3dAutomask –prefix r1mask r1blur+orig3dAutomask –prefix r2mask r2blur+orig對于有幾個run的實驗，需將多個run求得的mask混合在一起，可使用3dcalc程序(具體用法見下)：3dcalc –prefix bmask –a r1mask –b r2mask –expr 39。(2) 去除異常時間點 在創(chuàng)建功能數(shù)據(jù)集時，to3d便對時間序列進行outliers的檢查。 (，即有效點設為1，無效點設為0)Usage: 3dToutcount [options] dataset計算3D+times數(shù)據(jù)集中39。的數(shù)目，并將各個時間點寫輸出到標準輸出(stdout)選項：mask mset = 僅包括mask數(shù)據(jù)集之內的體素qthr q = 使用39。 autoclip = Clip掉39。 的體素(as in 3dClipLevel)。 也就是說，10**(Q)是值v服從v’s iid normal假設p值的粗略估 計。ppp39。 (注：MAD和qg詳見程序3dcalc)polort nn = 在outlier估計前，先對每個體素時間序列進行39。 次多項式(polynominals of order 39。)去勢。OUTLIERS are defined as follows:* 計算出每個時間序列的trend和MAD(MAD 即median absolute deviation, 中值絕對誤差，等于時間序列的絕對值減去趨勢* 對于每個時間序列，與trend相差甚遠(39。)的時間點被稱為outliers, 而39。定義為：alpha * sqrt(PI/2) * MAD其中alpha = qginv() (inverse of reversed Gaussian CDF)，N = length of time series* 一般都會出現(xiàn)幾個outliers，但如果出現(xiàn)比例較大的outliers，應該認真地檢查數(shù)據(jù)集。輸出為由每個subbrick的index組成的1D時間序列。注：小的index值為39。意味著該subbrick與norm無非常顯著的差異。不要完全照搬該程序的結果。 具有更高的index值的subbricks應該檢查問題。much higher39。研究者應該用圖形來檢測index的值。超過該范圍的values值得懷疑，如果quality index服從正態(tài)分布，超過該范圍的值發(fā)生的概率為1%。 強度水平的決定與3dClipLevel相同。 clip val = 去除(clip off) median subbrick中低于39。 的體素。 注：* 這些值在任何情況下輸出至stderr。*MAD 不允許小于0。Usage: 3dcalc a dsetA [b dsetB...] expr EXPRESSION [options]舉例：a. 基于voxelbyvoxel，將幾個數(shù)據(jù)集進行平均 3dcalc a fred+tlrc b ethel+tlrc c lucy+tlrc expr 39。 prefix subjects_mean b. 建立一個簡單的mask，其中只包含subbrick中大于某一指定值的體素3dcalc a 39。 expr 39。 prefix maskc 在準備組分析前，對被試的時間序列進行標準化 下面的例子中，將時間序列中(epi_r1+orig)的每個強度值除以平均(mean+orig)得到改變值百分比。100 * a/b 39。step39。ispositive39。func+orig[12]39。func+orig[15]39。func+orig[18]39。step()*step()*step()39。ROI內的值將被標記為1，ROI mask外的值將被標記為0。step((9(x20)*(x20)(y30)*(y30)(z70)*(z70))39。 a39。下面的例子中，假設d1+orig和d2+orig由小的整數(shù)組成：160