【正文】 gram to3d)記錄實驗日志很重要，這對數(shù)據(jù)分析很有幫助。系統(tǒng)飽和[提示(2s)呈現(xiàn)記憶材料(40s)提示(2s)回憶(30s)提示(2s)基線(20s)]結(jié)束(2~6s)“[……]”中步驟重復6次。 2s為重復時間(TR)，如果填寫0，則為從頭信息讀取。 窗口中指出奇異值(outliers, 即與同一時間序列中其它數(shù)據(jù)點顯然不同的值)；通常早期的outlier可能是長軸磁場飽和至穩(wěn)態(tài)值之前的瞬時效果導致；而以后的則可能由頭動、scanner故障導致。在AFNI中，可以使用命令3dTshift實現(xiàn)，但一個更簡單地方法就是在進行運動校正時使用tshift選項(見下面的例子)。對于絕大多數(shù)3D fMRI數(shù)據(jù)，這意味心率和呼吸頻率不能在該程序中被正確的處理。 作為TR值, 而不使用包含在數(shù)據(jù)集頭信息內(nèi)的值。 tpattern39。 默認是39。 = 忽略最前面39。 0 2 4 Comment————————————————————————————altplus 600 800 400 600 800 Alternating, but starting at 1altminus 800 600 800 600 400 Alternating, starting at nz2 seqplus 200 600 這樣功能時間序列將更少地受被試運動的影響；如果圖像正確的校正的話，可以比較不同session的結(jié)果。方法包括取最相鄰體元的值(0階重取樣)或多點線性插值(一階重取樣)。Plugins224。 222。 指定輸出文件的前綴dfile fred1_vr_dfile Datasets用于選擇輸入和輸出數(shù)據(jù)集；Parameters用于選擇基準圖像和Resampling插值方法；Outputs用于指出1D輸出文件名稱。2dImReg使用比較簡單：2dImReg input fred2_epi+orig basefile fred1_epi+orig base 4 prefix fred2_epi_2Dreg2dImReg的功能同樣可由Plugins來完成，點擊2D Registration, 出現(xiàn)界面如下： ( KB)2007915 23:39同3D Registration，分別選擇輸入和輸出數(shù)據(jù)集有基準圖像，點擊Run+Close即可。d. 層面厚度也可能不同(不過可以盡量避免此點)。最好的解決方案是在掃描時盡量對同一類型圖像使用相同的層面厚度；當然，如果沒有做到這一點，可以使用3dZregrid對數(shù)據(jù)集進行線性插值，從而具有相同的厚度。 一是許多平滑操作及空間平滑趨向于平均圖像中的較高空間頻率噪聲，因此，具有較大范圍的激活區(qū)域仍然保存，但一些較小范圍的激活被去除。這是(必須)使用原始數(shù)據(jù)時間序列的最后階段。 所有后繼操作僅對這些取代的數(shù)據(jù)操作。該選項僅為早期的AFNI‘3d*’程序包提供。 , 39。fith39。 222。 你可以忽略真實的體素大小(也許體素并非立方體)，使用dxyz=1選項，這樣可將體素大小偽裝成size =1。 據(jù)集頭信息內(nèi)的體素的維度。 Erosion可以切離neck；Dilation可以最小化對主體部分的erosion。 = 將強度值與指定的factor相乘1zscore = 如果subbrick被標記為一種已知分布的統(tǒng)計值，它將被轉(zhuǎn)換為等價的N(0,1)偏差(或 39。選項只是提供不同的途徑指定半徑用于模糊(blurring)功能，其關(guān)系如下： = 對所有subbricks一律地應用editing和merging選項注：使用doall選項時，所有輸入數(shù)據(jù)集必須有相同數(shù)目的subbricks注：針對閾值的選項(如1thresh, keepthr, tgfisher, etc)不兼容doall選項(對1dindex和1tindex也不兼容) 注：各個subbricks的所有標簽及統(tǒng)計參數(shù)均從第1個數(shù)據(jù)集拷貝。 如果愿意，多個1 brick數(shù)據(jù)集的集合可以使用39。 如果輸出體素rmm半徑范圍內(nèi)不含有任何被遮罩的體素，輸出體素將設(shè)為0注：僅1filter_*以及t1filter_*選項受1fmask影響。 rm f x+orig.*下面的選項允許你為3D 線性filtering指定任意的權(quán)重函數(shù)：1filter_expr rmm expr 這是一個非球形的Gaussian filter。 g39。 或 39。 1*39。doall39。 對于人類大腦hh=130比較合適。 我們在進行單個被試數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析前，可利用3dToutcount 和 3dTqual程序?qū)r間序列進行檢測，可剔除異常的時間點。 q39。 新的數(shù)據(jù)集以39。nn39。 far39。該程序的目的就是為篩選fMRI時間序列零星的異常圖像提供粗糙的方法，例如由于被試頭部較大運動或scanner故障導致的偽影。表示多少由研究者決定。 val39。 (a+b+c)/339。 prefix percent_chgd. 從統(tǒng)計數(shù)據(jù)集建立一個混合的mask，其中3個刺激呈現(xiàn)激活注：39。 c 39。 prefix ballf. 數(shù)據(jù)集 39。 這樣，就可以對ROI內(nèi)的體素進行統(tǒng)計分析： 3dcalc a anat+tlrc expr 39。 b 39。 3dcalc a epi_run1+orig b mean+orig expr 39。舉例：3dTqual range automask fred+orig | 1dplot one stdin(3) 3dcalc程序該程序?qū)?D數(shù)據(jù)集進行voxelbyvoxel運算(limited to intervoxel putation)該程序假設(shè)voxelbyvoxel運算在占有相同空間并有相同軸向的數(shù)據(jù)集進行。 防止腦組織以外的接近0的體素使相關(guān)系數(shù)的計算發(fā)生偏斜。這就 如何定義39。好39。far away39。 hh39。 方法：尋找所有正值=clip value的值，取其中間值，重設(shè)clip vlaue為該中值*，再重復這兩步，直至clip value不改變選項：mfrac ff g*39。 tg39。hit39。 = 該選項只對39。 tg39。 然后輸出再乘以10000。 這是結(jié)合1fmask和高斯模糊的唯一途徑)Another example：1filter_expr 39。 a x b mask+orig prefix y expr 39。 (可能包括subbrick指定器)并用非0體素用為filter選項的遮罩。 = 使用subbrick j 作為數(shù)據(jù)源，使用subbrickk作為閾值數(shù)據(jù)源。注：Subbricks輔助數(shù)據(jù)可通過3drefit程序修改 1dindex j 注：上面3個39。 necks39。 是cluster含voxel的最小數(shù)目。 使用記錄在數(shù) 222。 將共享一個邊的體素連接L rmm 2L thr39。 = 使用閾值數(shù)據(jù)刪減(censor)強度數(shù)據(jù) censor the intensities注：僅對39。1thresh thr 也就是說，它為每個腦層面獨立應用平滑，因此不考慮層面間的不需要的較高空間頻率噪聲，也沒有對被試間層面方向的功能激活配準產(chǎn)生幫助。 功能像的空間平滑在一些時間點，你可能想對你的數(shù)據(jù)進行空間平滑(smooth)或模糊(blur)。 高通濾波的界值(f Hz)ignore n 新的輸出3d+time數(shù)據(jù)集名稱[默認為fourier]lowpass fUsage: 3dFourier [options] dataset (Afni 3d+time 數(shù)據(jù)集)prefix ( KB)2007915 23:39b. 掃描覆蓋的解部結(jié)構(gòu)不同。 對于矢狀面的EPI掃描，如果被試點頭的運動快于TR，則無法被3dvolreg校正，所以只能用2dImReg校正。同樣的操作，可以通過點擊Define DateMode Registration完成，界面如下： ( KB)2007915 23:39 222。 也可以寫成base fred1_epi+orig[4]。 對于發(fā)生在單個TR(23s)內(nèi)的運動則無法校正。SPGR, EPI224。(2) 圖像重取樣(resample)：圖像重取樣是決定變換到新的空間坐標之后每個體元的值。 r1+orig[3..5]100..20039。 r1+orig[3..5]39。 200 600in the z directionseqplus Fourier|linear|cubic|quintic|heptic表示采用傅立葉或一、三、五、七次拉格郎日多插項插值方法tpattern ttt 默認在位移后再加回這些值。 ppp39。 = 用39。 = 在程序運行的時候顯示一些信息TR dddOptions:verbose方法: 去除趨勢(detrend) 恢復趨勢(retrend) optionally輸入數(shù)據(jù)集可以接一個子數(shù)據(jù)塊選擇器(參考3dcalc –help)輸出數(shù)據(jù)集時間序列將重新插值至新的時間格(temporal grid)，這也許不是分析數(shù)據(jù)的最好方法，但非常便利。這些處理過程包括3維空間平滑、cluster平均、運動校正以及空間標準化(. to Talairach space)。設(shè)置好各參數(shù)后，選擇Save Dataset將出現(xiàn)下面的窗口：軸向信息可由查看圖像窗口獲知(橫跨屏幕的為x軸,上下方向為y軸, z軸可通過滑動圖像窗口下部的slider確定)；體素和體素大小及層面位移需根據(jù)實驗日志填寫。 解剖像(FSE ? )：20 items(注：以掃描所得的層面數(shù)而定)功能像(EPI): 如果是多個run就可以命名為run1, run2, … …，文件數(shù)通常與TRs數(shù)目一致。Sip程序同時建立一些標準的目標和日志文件，這些在以后的分析和調(diào)試中都十分用用。去除頭皮外偽影、時間序列時間點數(shù)據(jù)的標準化(difference/mean)、多個run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移可在該步驟后進行。 集合或路徑(session)包含一系列數(shù)據(jù)集的路徑稱為一個session，AFNI 只讀取形式為*. HEAD 和*. BRIK 的文件?！?shù)據(jù)集的存儲然而，并不是每一個數(shù)據(jù)集都必須包含一個BRIK文件。Byte型為8位有符號整數(shù)，表示范圍為0~255，最多有3位有效數(shù)字；Short型為16位有符號整數(shù)，表示范圍為32768~32767，最多有5位有效數(shù)字；Float型為32位實數(shù)，最多有7位有效小數(shù)。AFNI 在進行數(shù)據(jù)集處理時在任何時候都是以解剖數(shù)據(jù)集作為背景，再將功能數(shù)據(jù)集疊加到解剖數(shù)據(jù)集上。AFNI程序分為兩種，一種是利用AFNI界面本身直接運行的程序(GUI mode)，另一種是脫離AFNI界面執(zhí)行的輔助程序(Batch mode)。 Plugins 錄0 前言 …………………………………………… 12 基本概念 …………………………………………………………… 1 數(shù)據(jù)集的存儲 ………………………………………………… 2 數(shù)據(jù)集塊和子數(shù)據(jù)集塊 ……………………………………… 2 集合或路徑 ………………………………………………… 2 啟動AFNI ……………………………………………………… 3 在Batch Mode下使用AFNI命令 …………………………… 4 AFNI的Plugins ……………………………………… 激活圖的clustering, montage, and render …………………………………………… 396 ROI(Region of Interesting)繪制及分析 ……………………………………… 45 從激活圖創(chuàng)建ROI …………………………………………… 51附錄1 DICOM圖像標準 ………………… 53附錄4 AFNI Programs amp。它可以將低分辨率的腦功能成像的實驗結(jié)果疊加在具有較高分辨率的腦結(jié)構(gòu)成像上進行三維顯示。 數(shù)據(jù)集有兩種基本的類型：解剖數(shù)據(jù)集和功能數(shù)據(jù)集。對應于每個體素的值，可以有4 種數(shù)據(jù)類型:byte、short、float和plex。通常包含以下信息： ( KB)2007915 22:48(1) 每個體素x，y，z方向的大小(mm)；(2) 數(shù)據(jù)集的軸向：例如，Xaxis為RL，Yaxis為AP，Zaxis為IS，則為水平層面；(3) 數(shù)據(jù)集在掃描坐標的