【正文】 最后再去掉。 可以看出，在160s附近有最大的運(yùn)動，因?yàn)楸辉囋诖藭r(shí)刻頭動了一下?！?同被試不同session之間的校正(對同一被試進(jìn)行持續(xù)多日的研究) ( KB)2007915 23:39如果進(jìn)行縱向研究或?qū)﹂L時(shí)期神經(jīng)行為(如Learning)的研究，則需進(jìn)行intersession registration。上面的步驟也沒有考慮存在頭信息內(nèi)(from to3d, . ‘a(chǎn)lt+z’)的層面依賴的時(shí)間位移。 在各被試內(nèi)統(tǒng)計(jì)分析后，進(jìn)一步的處理是應(yīng)用統(tǒng)計(jì)匯總數(shù)據(jù)，而對統(tǒng)計(jì)匯總數(shù)據(jù)進(jìn)行空間平滑具有較低的有效性。2thtoin = 取強(qiáng)度值的絕對值1clip val fico39。 = Gaussian blur with sigma(總體標(biāo)準(zhǔn)差) = bmm (in mm)1blur_rms bmm 注：對cluster(1clust命令)內(nèi)的值的操作發(fā)生在下面兩個(gè)命令執(zhí)行之后 1erode pv = 設(shè)置每個(gè)體素值為rmm半徑內(nèi)體素的平均強(qiáng)度值 [同樣，1filter_*后接nzmean, max, amax, smax, aver分別表示將每個(gè)體素值設(shè)為rmm半徑內(nèi) 非0體素的平均強(qiáng)度值、最大值、絕對值最大值、最大有符號值、平均強(qiáng)度值(與mean相同，但使用了新的代碼，所以運(yùn)算更快)] z score39。 = 當(dāng)使用3dmerge編輯附帶有閾值的功能數(shù)據(jù)集，通常結(jié)果數(shù)據(jù)集為39。正由于此，用戶必須檢查使用這些選項(xiàng)是否合適。 3dbucket39。* 在線性平均filters(_mean, _nzmean, and _expr)中，不包括在mask中的體素不被使用或計(jì)算在內(nèi)。 z = dataset zaxis offset from center1filter_winsor rmm nw 選項(xiàng)對數(shù)據(jù)進(jìn)行39。 = 通過平均強(qiáng)度值(包括0) bine數(shù)據(jù)集(默認(rèn)) (同樣，g后接nzmean, max, amax, smax, count, order, fisher分別表示通過使用非0值的均值、最大強(qiáng)度值、最大絕對值、最大有符號值、統(tǒng)計(jì)39。 選項(xiàng)作用于輸入數(shù)據(jù)集(., editiing options)** = 輸入數(shù)據(jù)集以39。 (，即有效點(diǎn)設(shè)為1，無效點(diǎn)設(shè)為0)Usage: 3dToutcount [options] dataset計(jì)算3D+times數(shù)據(jù)集中39。 autoclip 次多項(xiàng)式(polynominals of 定義為：alpha * sqrt(PI/2) * MAD其中alpha = qginv() (inverse of reversed Gaussian CDF)，N = length of time series* 一般都會出現(xiàn)幾個(gè)outliers，但如果出現(xiàn)比例較大的outliers，應(yīng)該認(rèn)真地檢查數(shù)據(jù)集。研究者應(yīng)該用圖形來檢測index的值。 的體素。 step39。 a39。 ROI內(nèi)的值將被標(biāo)記為1，ROI mask外的值將被標(biāo)記為0。 prefix maskc 在準(zhǔn)備組分析前，對被試的時(shí)間序列進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化 下面的例子中，將時(shí)間序列中(epi_r1+orig)的每個(gè)強(qiáng)度值除以平均(mean+orig)得到改變值百分比。 強(qiáng)度水平的決定與3dClipLevel相同。 具有更高的index值的subbricks應(yīng)該檢查問題。OUTLIERS are defined as follows:* 計(jì)算出每個(gè)時(shí)間序列的trend和MAD(MAD 即median absolute deviation, 中值絕對誤差，等于時(shí)間序列的絕對值減去趨勢* 對于每個(gè)時(shí)間序列，與trend相差甚遠(yuǎn)(39。 在創(chuàng)建功能數(shù)據(jù)集時(shí)，to3d便對時(shí)間序列進(jìn)行outliers的檢查。 次SI hh 型選項(xiàng)：prefix ppp 補(bǔ)充內(nèi)容包括去除頭皮外偽影、去除異常時(shí)間點(diǎn)、時(shí)間序列時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化(difference/mean)、多個(gè)run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移可在該步驟后進(jìn)行(1) 去除頭皮偽影為幫助理解3dAutomask程序，先介紹一下3dClipLevel程序：Usage: 3dClipLevel [options] dataset估計(jì)1個(gè)值，當(dāng)用此值對解剖數(shù)據(jù)集進(jìn)行clip時(shí)可將背景區(qū)域全部高為0。如果僅一個(gè)數(shù)據(jù)集讀入， 39。 和 39。對COMBINED RESULTS進(jìn)行后處理的可選途徑ghits count (通常，指數(shù)的分母為： * FWHM * FWHM。表達(dá)式中只能使用下述符號：r = radius from centerx = dataset xaxis offset from centermset39。 其它選項(xiàng)：datum type 其目的是避免形成具有2(或更多)個(gè)主體部分通過細(xì)長部分(39。vmul39。 222。 thr 1blur_sigma bmm = 這些選項(xiàng)與上述的相似，但不在數(shù)據(jù)集后附上任何解剖的縮放因子(scaling facor 2uclip v1 v2 = 將在(val val)范圍內(nèi)的強(qiáng)度值改為02clip v1 v2 然而，在重建過程中的空間平滑是層面內(nèi)的(inplane)。 gridparent 定義輸出的新數(shù)據(jù)集的網(wǎng)格位置及大小T[x]有3個(gè)參數(shù)(x, y軸的位移和z軸的旋轉(zhuǎn))。 將估計(jì)的運(yùn)動參數(shù)輸出至指定的1D 文件(以后可使用1dplot繪圖顯示) 224。 輸入數(shù)據(jù)集可以是：39。 * 最好在3dvolreg之前使用3dTshift。雖然，這樣的差異不會影響個(gè)別的體素分析，但任何涉及層面間功能時(shí)間序列平均、插值的處理過程將會受層面時(shí)間差異的影響。需要指定一些參數(shù)才能運(yùn)行，命令行如下：to3d –time:zt nz nt TR tpattern(rnxpc源程序參見附錄2)(2)另外除了直接調(diào)用epirecon外，還可以調(diào)用sip程序，通過sip再轉(zhuǎn)而調(diào)用epirecon。(2) Define OverLay窗口(右圖) ( KB)2007915 23:04(3) Define DataMode窗口(下圖) ( KB)2007915 23:04Plugins 功能(具體功能見后面的數(shù)據(jù)分析步驟) ( KB)2007915 23:04(4) 圖像和圖表窗口圖像(Image)窗口 ( KB)2007915 23:04 一個(gè)新的由AFNI, SPM, FSL, and BrainVoyager達(dá)成協(xié)議的標(biāo)準(zhǔn)格式；ASCII text (.1D)： AFNI除能識別BRIK和HEAD文件外，還可以識別下列文件格式：ANALYZE (.hdr/.img file pairs)：通常包含以下信息： ( KB)2007915 22:48(1) 每個(gè)體素x，y，z方向的大小(mm)；(2) 數(shù)據(jù)集的軸向：例如，Xaxis為RL，Yaxis為AP，Zaxis為IS，則為水平層面；(3) 數(shù)據(jù)集在掃描坐標(biāo)的定位；(4) 3D數(shù)據(jù)集每個(gè)subbrick之間的時(shí)間間隔3D+time數(shù)據(jù)集為fMRI的基本數(shù)據(jù)集；(5) 統(tǒng)計(jì)結(jié)果衍生的功能數(shù)據(jù)集，頭文件包括與統(tǒng)計(jì)方法有關(guān)的參數(shù)，如ttest、Ftest的自由度。 數(shù)據(jù)集有兩種基本的類型：解剖數(shù)據(jù)集和功能數(shù)據(jù)集。 ………………… 53附錄4 AFNI Programs amp。 …………………………………………… 51附錄1 DICOM圖像標(biāo)準(zhǔn) …………………………………………… 396 ROI(Region of Interesting)繪制及分析 …………………………… 4 AFNI的Plugins ………………………………………………… 2 啟動AFNI ……………………………………… 2 集合或路徑 …………………………………………………………… 1 數(shù)據(jù)集的存儲錄0 前言 AFNI程序分為兩種，一種是利用AFNI界面本身直接運(yùn)行的程序(GUI mode)，另一種是脫離AFNI界面執(zhí)行的輔助程序(Batch mode)。Byte型為8位有符號整數(shù)，表示范圍為0~255，最多有3位有效數(shù)字；Short型為16位有符號整數(shù)，表示范圍為32768~32767，最多有5位有效數(shù)字；Float型為32位實(shí)數(shù)，最多有7位有效小數(shù)。 集合或路徑(session)包含一系列數(shù)據(jù)集的路徑稱為一個(gè)session，AFNI 只讀取形式為*. HEAD 和*. BRIK 的文件。 去除頭皮外偽影、時(shí)間序列時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化(difference/mean)、多個(gè)run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移可在該步驟后進(jìn)行。 解剖像(FSE ? )：20 items(注：以掃描所得的層面數(shù)而定)功能像(EPI): 如果是多個(gè)run就可以命名為run1, run2, … …，文件數(shù)通常與TRs數(shù)目一致。軸向信息可由查看圖像窗口獲知(橫跨屏幕的為x軸,上下方向?yàn)閥軸, z軸可通過滑動圖像窗口下部的slider確定)；體素和體素大小及層面位移需根據(jù)實(shí)驗(yàn)日志填寫。設(shè)置好各參數(shù)后，選擇Save Dataset將出現(xiàn)下面的窗口：方法: 去除趨勢(detrend) 恢復(fù)趨勢(retrend) optionally輸入數(shù)據(jù)集可以接一個(gè)子數(shù)據(jù)塊選擇器(參考3dcalc –help)輸出數(shù)據(jù)集時(shí)間序列將重新插值至新的時(shí)間格(temporal grid)，這也許不是分析數(shù)據(jù)的最好方法，但非常便利。 = 在程序運(yùn)行的時(shí)候顯示一些信息TR ddd ppp39。 默認(rèn)在位移后再加回這些值。Fourier|linear|cubic|quintic|heptic表示采用傅立葉或一、三、五、七次拉格郎日多插項(xiàng)插值方法tpattern ttt 600 r1+orig[3..5]100..20039。 (2) 圖像重取樣(resample)：圖像重取樣是決定變換到新的空間坐標(biāo)之后每個(gè)體元的值。對于發(fā)生在單個(gè)TR(23s)內(nèi)的運(yùn)動則無法校正。 也可以寫成base fred1_epi+orig[4]。 222。 同樣的操作，可以通過點(diǎn)擊Define DateMode Registration完成，界面如下： ( KB)2007915 23:39 ( KB)2007915 23:39b. 掃描覆蓋的解部結(jié)構(gòu)不同。Usage: 3dFourier [options] dataset (Afni 3d+time 數(shù)據(jù)集)prefix 高通濾波的界值(f Hz)ignore n 功能像的空間平滑在一些時(shí)間點(diǎn)，你可能想對你的數(shù)據(jù)進(jìn)行空間平滑(smooth)或模糊(blur)。 1thresh thrthr39。 222。使用記錄在數(shù) 注：上面3個(gè)39。 = 使用subbrick j 作為數(shù)據(jù)源，使用subbrickk作為閾值數(shù)據(jù)源。 a x b mask+orig prefix y expr 39。 然后輸出再乘以10000。tg39。 = 該選項(xiàng)只對39。hit39。 hh39。 好39。 防止腦組織以外的接近0的體素使相關(guān)系數(shù)的計(jì)算發(fā)生偏斜。 舉例：3dTqual range automask fred+orig | 1dplot one stdin(3) 3dcalc程序該程序?qū)?D數(shù)據(jù)集進(jìn)行voxelbyvoxel運(yùn)算(limited to intervoxel putation)該程序假設(shè)voxelbyvoxel運(yùn)算在占有相同空間并有相同軸向的數(shù)據(jù)集進(jìn)行。 b 39。 c 39。(a+b+c)/339。 該程序的目的就是為篩選fMRI時(shí)間序列零星的異常圖像提供粗糙的方法，例如由于被試頭部較大運(yùn)動或scanner故障導(dǎo)致的偽影。 新的數(shù)據(jù)集以39。 對于人類大腦hh=130比較合適。 doall39。 或 39。g39。 rm f x+orig.*下面的選項(xiàng)允許你為3D 線性filtering指定任意的權(quán)重函數(shù)：1filter_expr rmm expr 選項(xiàng)只是提供不同的途徑指定半徑用于模糊(blurring)功能，其關(guān)系如下： 據(jù)集頭信息內(nèi)的體素的維度。 你可以忽略真實(shí)的體素大小(也許體素并非立方體)，使用dxyz=1選項(xiàng)，這樣可將體素大小偽裝成size =1。 222。 fith39。 該選項(xiàng)僅為早期的AFNI‘3d*’程序包提供。 一是許多平滑操作及空間平滑趨向于平均圖像中的較高空間頻率噪聲，因此，具有較大范圍的激活區(qū)域仍然保存，但一些較小范圍的激活被去除。 d. 層面厚度也可能不同(