【正文】 n directory(session目錄)和prefix(前綴)。(rnxpc源程序參見附錄2)(2) ( KB)2007915 23:25(1) 復(fù)制圖像文件、排序?qū)⒐獗P中的數(shù)據(jù)復(fù)制到硬盤并分類。另外除了直接調(diào)用epirecon外，還可以調(diào)用sip程序，通過(guò)sip再轉(zhuǎn)而調(diào)用epirecon。 原始功能像的重建Scanner保存的功能數(shù)據(jù)通常以K空間形式。 (2) Define OverLay窗口(右圖) ( KB)2007915 23:04(3) Define DataMode窗口(下圖) ( KB)2007915 23:04Plugins 功能(具體功能見后面的數(shù)據(jù)分析步驟) ( KB)2007915 23:04(4) 圖像和圖表窗口圖像(Image)窗口 ( KB)2007915 23:04 AFNI從當(dāng)前目錄讀取數(shù)據(jù)集。 按列排放的數(shù)字，如刺激處理參數(shù)。 一個(gè)新的由AFNI, SPM, FSL, and BrainVoyager達(dá)成協(xié)議的標(biāo)準(zhǔn)格式；ASCII text (.1D)： MEG analysis volumes；NIfTI1 (.nii)： MNItools所使用的格式；CTF (.mri, .svl)： SPM, FSL所使用的格式；MINC (.mnc)： AFNI除能識(shí)別BRIK和HEAD文件外，還可以識(shí)別下列文件格式：ANALYZE (.hdr/.img file pairs)：所以可將一數(shù)據(jù)集(常為功能數(shù)據(jù)集)重疊在另一數(shù)據(jù)集上(常為解剖數(shù)據(jù)集)，即使其軸向和體素大小不一致。例如，一個(gè)3D+time數(shù)據(jù)集本質(zhì)上是由包含3D 數(shù)據(jù)集子塊構(gòu)成的數(shù)組，每一個(gè)時(shí)間點(diǎn)的數(shù)據(jù)可以是一個(gè)數(shù)據(jù)集子塊(subbrick)；又如，一個(gè)bucket數(shù)據(jù)集也是由多個(gè)3D 數(shù)據(jù)集子塊組成。一種是使用malloc函數(shù)分配內(nèi)存空間，另一種是使用UNIX 的mmap 函數(shù)。通常包含以下信息： ( KB)2007915 22:48(1) 每個(gè)體素x，y，z方向的大小(mm)；(2) 數(shù)據(jù)集的軸向：例如，Xaxis為RL，Yaxis為AP，Zaxis為IS，則為水平層面；(3) 數(shù)據(jù)集在掃描坐標(biāo)的定位；(4) 3D數(shù)據(jù)集每個(gè)subbrick之間的時(shí)間間隔3D+time數(shù)據(jù)集為fMRI的基本數(shù)據(jù)集；(5) 統(tǒng)計(jì)結(jié)果衍生的功能數(shù)據(jù)集，頭文件包括與統(tǒng)計(jì)方法有關(guān)的參數(shù)，如ttest、Ftest的自由度。prefix 由用戶指定；“+ view”表示數(shù)據(jù)集的顯示形式(坐標(biāo)系)，由AFNI自動(dòng)生成，通常有3 種類型即：+orig， +acpc，+tlrc，分別表示原始數(shù)據(jù)、ACPC和Talairach坐標(biāo)系。對(duì)應(yīng)于每個(gè)體素的值，可以有4 種數(shù)據(jù)類型:byte、short、float和plex。fith 表示功能強(qiáng)度及閾值，每個(gè)體素用2 個(gè)值表示，第一個(gè)值表示“強(qiáng)度”，第二個(gè)值表示閾值，用來(lái)表示哪一個(gè)點(diǎn)是激活點(diǎn)。 數(shù)據(jù)集有兩種基本的類型：解剖數(shù)據(jù)集和功能數(shù)據(jù)集?？稍冢⒔鈮褐?usr/local/bin目錄下，可以直接使用。它可以將低分辨率的腦功能成像的實(shí)驗(yàn)結(jié)果疊加在具有較高分辨率的腦結(jié)構(gòu)成像上進(jìn)行三維顯示。 ………………… 53附錄4 AFNI Programs amp。應(yīng)用于3dDeconvlve分析的腳本源程序 …………………………………………… 52附錄2 …………………………………………… 51附錄1 DICOM圖像標(biāo)準(zhǔn) ……………………………………… 45 從激活圖創(chuàng)建ROI …………………………… 45 手動(dòng)繪制ROI及ROI分析 …………………………………………… 396 ROI(Region of Interesting)繪制及分析 …………………………………………… 39 被試統(tǒng)計(jì)圖的組分析 ……………………… 34 統(tǒng)計(jì)圖的空間平滑 ……………………… 31 空間標(biāo)準(zhǔn)化(切換至Talairach坐標(biāo)系) 激活圖的clustering, montage, and render ……………………………………… ………………………………………………… 44 數(shù)據(jù)分析基本步驟 …………………………… 4 AFNI的Plugins ……………………………………………………… 3 在Batch Mode下使用AFNI命令 ……………………………………………………… 2 AFNI界面 ………………………………………………… 2 啟動(dòng)AFNI ……………………………………………………… 23 AFNI的交互界面 ……………………………………………………… 2 文件類型 ……………………………………… 2 集合或路徑 ………………………………………………… 2 數(shù)據(jù)集塊和子數(shù)據(jù)集塊 …………………………………………………………… 1 數(shù)據(jù)集的存儲(chǔ) …………………………………………………………… 1 數(shù)據(jù)集 …………………………………………… 12 基本概念 ………………………………………………………………… 11 如何獲得并安裝AFNI錄0 前言轉(zhuǎn)載者cell注: 本文件轉(zhuǎn)存自藍(lán)寶社區(qū), 并經(jīng)作者同意首轉(zhuǎn)發(fā)于心心水滴論壇.本教程適合05年afni的版本, 軟件的新增功能請(qǐng)登陸afni官方網(wǎng),或者登陸心心水滴論壇瀏覽其相關(guān)介紹.登陸藍(lán)寶或心心水滴論壇,共同交流.AFNI使用指南(連載)精心整理的AFNI教程特別奉獻(xiàn)精心整理的AFNI使用指南，以饗讀者。 Plugins ……………………………………… 560 前言(Preface)MCW AFNI是“Medical College of Wisconsin Analysis of Functional NeuroImage”的縮寫形式。AFNI程序分為兩種，一種是利用AFNI界面本身直接運(yùn)行的程序(GUI mode)，另一種是脫離AFNI界面執(zhí)行的輔助程序(Batch mode)。如提示無(wú)執(zhí)行權(quán)限，可使用chmod 777 *命令修改文件權(quán)限。AFNI 在進(jìn)行數(shù)據(jù)集處理時(shí)在任何時(shí)候都是以解剖數(shù)據(jù)集作為背景，再將功能數(shù)據(jù)集疊加到解剖數(shù)據(jù)集上。fico 表示功能強(qiáng)度及相關(guān)性，每個(gè)體素用2 個(gè)值表示，第一個(gè)值表示“強(qiáng)度”，第二個(gè)值表示相關(guān)系數(shù)( 之間) ，當(dāng)給出一個(gè)顯著性值p 時(shí)，確定激活點(diǎn)。Byte型為8位有符號(hào)整數(shù)，表示范圍為0~255，最多有3位有效數(shù)字；Short型為16位有符號(hào)整數(shù)，表示范圍為32768~32767，最多有5位有效數(shù)字；Float型為32位實(shí)數(shù)，最多有7位有效小數(shù)。NAME 可為BRIK或HEAD?！?shù)據(jù)集的存儲(chǔ)然而，并不是每一個(gè)數(shù)據(jù)集都必須包含一個(gè)BRIK文件。mmap 。 集合或路徑(session)包含一系列數(shù)據(jù)集的路徑稱為一個(gè)session，AFNI 只讀取形式為*. HEAD 和*. BRIK 的文件。通常，在同一session目錄中，是從一個(gè)被試一次掃描session中獲得及其衍生的數(shù)據(jù)，通常包括：(1) 解剖參考數(shù)據(jù)集(SPGR 或MPRAGE)；(2) 10~20個(gè)3D+time EPI function runs；(3) 從3D+time數(shù)據(jù)集計(jì)算獲得的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)集，用來(lái)顯示激活；(4) 從orig轉(zhuǎn)換至tlrc的數(shù)據(jù)集，用于被試間的比較。 3 AFNI的交互界面 啟動(dòng)AFNI AFNI –R 則AFNI可從當(dāng)前目錄及其所有子目錄讀取數(shù)據(jù)集。 其中，Opt用于控制顯示選項(xiàng)，F(xiàn)IM用來(lái)提供對(duì)功能數(shù)據(jù)集的交互的統(tǒng)計(jì)計(jì)算(詳見后述)。去除頭皮外偽影、時(shí)間序列時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化(difference/mean)、多個(gè)run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移可在該步驟后進(jìn)行。也就是說(shuō)，數(shù)據(jù)實(shí)際上是圖像數(shù)據(jù)的Fourier變換。Sip程序同時(shí)建立一些標(biāo)準(zhǔn)的目標(biāo)和日志文件，這些在以后的分析和調(diào)試中都十分用用。(筆者注：一般可根據(jù)文件大小確定圖像類別，如通常最大的文件為功能像，因?yàn)樗瑫r(shí)包含多個(gè)層面，并且文件數(shù)通與時(shí)間點(diǎn)數(shù)一致；其次中等大小的文件為3D像，因?yàn)槠浞直媛瘦^高，通常為128個(gè)；最小的文件為解剖像，通常為20個(gè)。 解剖像(FSE ? )：20 items(注：以掃描所得的層面數(shù)而定)功能像(EPI): 如果是多個(gè)run就可以命名為run1, run2, … …，文件數(shù)通常與TRs數(shù)目一致。 (筆者注：可點(diǎn)擊View Images按鈕查看圖像)對(duì)于無(wú)頭信息的裸圖像(naked images)，則需進(jìn)行參數(shù)設(shè)置，這時(shí)記錄翔實(shí)的實(shí)驗(yàn)日志非常關(guān)鍵。軸向信息可由查看圖像窗口獲知(橫跨屏幕的為x軸,上下方向?yàn)閥軸, z軸可通過(guò)滑動(dòng)圖像窗口下部的slider確定)；體素和體素大小及層面位移需根據(jù)實(shí)驗(yàn)日志填寫。(3) 使用to3d創(chuàng)建功能數(shù)據(jù)集(EPI)其它的包括zero(3D掃描)和filename時(shí)間模式包含在文件中)。設(shè)置好各參數(shù)后，選擇Save Dataset將出現(xiàn)下面的窗口：層面的精確時(shí)間依賴于成像的設(shè)置。這些處理過(guò)程包括3維空間平滑、cluster平均、運(yùn)動(dòng)校正以及空間標(biāo)準(zhǔn)化(. to Talairach space)。Usage: 3dTshift [options] dataset將輸入數(shù)據(jù)集的體素時(shí)間序列進(jìn)行移位，從而使各層面對(duì)齊到相同時(shí)間原點(diǎn)(temporal origin)。方法: 去除趨勢(shì)(detrend) 恢復(fù)趨勢(shì)(retrend) optionally輸入數(shù)據(jù)集可以接一個(gè)子數(shù)據(jù)塊選擇器(參考3dcalc –help)輸出數(shù)據(jù)集時(shí)間序列將重新插值至新的時(shí)間格(temporal grid)，這也許不是分析數(shù)據(jù)的最好方法，但非常便利。這些圖像應(yīng)該不要包括在插值范圍內(nèi)。Options:verbose = 在程序運(yùn)行的時(shí)候顯示一些信息TR ddd = 用39。s39。 zzz39。 ppp39。ignore ii 個(gè)時(shí)間點(diǎn)(points)(默認(rèn)ii=0)。 默認(rèn)在位移后再加回這些值。 Fourier|linear|cubic|quintic|heptic表示采用傅立葉或一、三、五、七次拉格郎日多插項(xiàng)插值方法tpattern ttt = 使用39。 在這個(gè)例子中，層面位移為下列數(shù)字： S L I C E in the z directionseqplus 800 600 400 200 0 Sequentialr1+orig[3..5]39。 r1+orig[3..5]100..20039。 即給出一個(gè)基準(zhǔn)圖像(base image)J(x)和一個(gè)要進(jìn)行校正的圖像(target image)I(x)，尋找一種幾何變形(geom. transformation)T[x]，使得I(T[x])≈J(x)。(2) 圖像重取樣(resample)：圖像重取樣是決定變換到新的空間坐標(biāo)之后每個(gè)體元的值。其它的有1, 3, 5, 7次拉格郎日多項(xiàng)式插值(linear, cubic, quintic and heptic)。SPGR, EPI224。 對(duì)于發(fā)生在單個(gè)TR(23s)內(nèi)的運(yùn)動(dòng)則無(wú)法校正。 也可以寫成base fred1_epi+orig[4]。 heptic 222。 對(duì)于Fourier插值法，Zero padding非常需要。 3dvolreg可以相當(dāng)好地處理小的運(yùn)動(dòng)(motion)，但是較大的運(yùn)動(dòng) ( 1mm) 不能被正確地校正。同樣的操作，可以通過(guò)點(diǎn)擊Define DateMode Registration完成，界面如下： ( KB)2007915 23:39□ 2D224。 對(duì)于矢狀面的EPI掃描，如果被試點(diǎn)頭的運(yùn)動(dòng)快于TR，則無(wú)法被3dvolreg校正，所以只能用2dImReg校正。Session之間的變換通過(guò)計(jì)算每個(gè)Session高分辯率的解剖像來(lái)實(shí)現(xiàn)。 ( KB)2007915 23:39b. 掃描覆蓋的解部結(jié)構(gòu)不同。 ( KB)2007915 23:39上述問(wèn)題的解決方案：a. 在旋轉(zhuǎn)后再加上適當(dāng)?shù)钠揭?on top of熟練掌握, 在...之上, 另外, 緊接著)；允許不同天進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)(E1E2)之間進(jìn)行xyz方向的平移，以及EPI和SPGR之間(E1S1和E2S2)的中心平移(center shifts)b. 將EPI數(shù)據(jù)集墊加(pad)額外的層面(zeros slices)，這樣進(jìn)行對(duì)齊的數(shù)據(jù)集可以包含所有session的所有數(shù)據(jù)c 對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行Zero padding可在to3d(創(chuàng)建數(shù)據(jù)集)時(shí)進(jìn)行，也以后使用3dZeropad進(jìn)行d 3dvolreg和3drotate可以進(jìn)行zer