【正文】 的方式進(jìn)行。當(dāng)對(duì)功能數(shù)據(jù)集進(jìn)行任一上述處理時(shí)，就需要對(duì)層面時(shí)間差異進(jìn)行校正。默認(rèn)地，使用頭文件中的層面間移位信息(slicewise shifting information)(由to3d程序輸入的”tpattern”信息)。注意：* 請(qǐng)注意混疊(aliasing)現(xiàn)象：超過1/(2*TR)以上的頻率不能被正確的插值。舉例，如果你希望排除剛開始的4個(gè)圖像，那么輸入的數(shù)據(jù)集應(yīng)按’prefix+orig[4..$]’形式指定。 ddd39。 或 39。 39。注: 默認(rèn)配準(zhǔn)時(shí)間為39。 = 配準(zhǔn)每個(gè)層面的位移為 39。 注：選項(xiàng)tzero或slice只能用1個(gè)prefix ppp 作為輸出文件的前綴。 最初的ii個(gè)值在輸出文件中不發(fā)生改變 ttt39。 tpatter的定義可以為altplus(=alt+z), altminus(=altz), seqplus(seq+z), seqminus(seqz), {subbrick selector}39。 {both selectors}39。 {calculation}(2) 運(yùn)動(dòng)校正將不同方式和不同時(shí)間獲取的圖像進(jìn)行對(duì)齊，從而利于體素體素(voxelbyvoxel)比較。T[x]依賴于一些參數(shù)：目標(biāo)是尋找一些參數(shù)使得變換后的I與J最擬合。經(jīng)過變換之后的體元位置大多數(shù)情況下不是正好一個(gè)體元位置，所以需要通過插值法重新取樣。目前的AFNI程序通過灰度(強(qiáng)度)值進(jìn)行圖像的配準(zhǔn)。所以只對(duì)類似的圖像可以進(jìn)行配準(zhǔn)，如SPGR□ 3D Registration224。 用來對(duì)3D volume(subbrick)進(jìn)行對(duì)齊。Usage: 3dvolreg [optinos] dataset. 3dvolreg base 4 heptic clipit zpad 4 prefix fred1_epi_vr dfile fred1_vr_dfile fred1_epi+origbase 4 222。 可以使用不同的圖像作為基準(zhǔn)圖像，但大多數(shù)情況下， 選擇7次拉格郎日多項(xiàng)式插值方法(見前述)clipit 222。 同樣多項(xiàng)值插值方法也適合，因?yàn)槿绻休^大的旋轉(zhuǎn)，如果不墊0的話將會(huì)有數(shù)據(jù)丟失prefix fred1_epi_vr 222。 為查看是否有較大的平移和旋轉(zhuǎn)，可以查看運(yùn)動(dòng)參數(shù)文本文件： ( [1..6] 指出運(yùn)動(dòng)參數(shù)文件中6 列包括平移和旋轉(zhuǎn)的估計(jì)值) ( KB)2007915 23:39可以用AFNI查看運(yùn)動(dòng)校正后的數(shù)據(jù)集看是否是這樣。 Plugins224。如果有可能的話，在3dvolreg之后再運(yùn)行2dImReg去除點(diǎn)頭運(yùn)動(dòng)非常有意義。因?yàn)閠o3d可以定義1個(gè)session內(nèi)EPI和SPGR之間關(guān)系；而3dvolreg可以計(jì)算不同session間的關(guān)系；所以可以將EPI數(shù)據(jù)集從session 2轉(zhuǎn)換至sessoin 1的軸向。c. EPI和SPGR之間的幾何關(guān)系在不同session之間不同。 ( KB)2007915 23:39進(jìn)行intrasubject S2toS1變換的步驟a. 計(jì)算S2toS1的變換關(guān)系3dvolreg –twopass –clipit –zpad 4 –base S1+orig –prefix S2reg S2+origb. 旋轉(zhuǎn)/位移參數(shù)保存在S2reg+c. 如果以前沒有做(. in to3d)，對(duì)E1數(shù)據(jù)集進(jìn)行Zero pad3dZeropad –z 4 –prefix E1pad E1+origd. 對(duì)E1數(shù)據(jù)集進(jìn)行intrasession校正3dvolreg –clipit –base ‘E1pad+orig[4]’ –prefix E1reg E1pad+orige. 對(duì)E2數(shù)據(jù)集進(jìn)行intrasession校正，同時(shí)進(jìn)行大的旋轉(zhuǎn)/位移校正至Session的坐標(biāo)系(需要的信息存在S2reg+)3dvolreg –clipit –base ‘E2+orig[4]’ –rotparent S2reg+orig –gridparent E1reg+orig –prefix E2reg E2+orig注：rotparent 告知intersession變換關(guān)系從哪獲得 輸出數(shù)據(jù)集將取決于E1reg+orig的需要進(jìn)行平移和Zero padded上面討論的步驟沒有考慮不同層面厚度(EPI and/or SPGR)時(shí)的問題。在做空間插值之前，首先對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行時(shí)間位移至共同的時(shí)間原點(diǎn)非常有意義。 例：3dFourier prefix run_1_vr_lp lowpass retrend run_1_vr+orig低通(low pass)濾波界值(cutoff value)是基于輸入刺激模型的頻率譜(. the 1D files)，如下圖(圖像經(jīng)過反轉(zhuǎn)色彩)。因?yàn)閮蓚€(gè)原因。數(shù)據(jù)在重建(如使用hamming或fermi filter選項(xiàng))時(shí)可被平滑。第2個(gè)可以進(jìn)行空間平滑的時(shí)間是恰在第1次各被試內(nèi)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析前。空間平滑使用3dmerge程序：Usage: 3dmerge [options] datasets ...□ 為每個(gè)輸入數(shù)據(jù)集指定編輯選項(xiàng)：1thtoin = 拷貝閾值數(shù)據(jù)覆蓋(over)強(qiáng)度數(shù)據(jù)(這樣，是否即對(duì)閾值數(shù)據(jù)進(jìn)行平滑 ?)僅在數(shù)據(jù)集附有閾值統(tǒng)計(jì)值時(shí)有效。= 同1thtoin，但處理時(shí)不改變閾值(from shorts to floats)。 tors)。 fith39。fitt39。為浮點(diǎn)型，39。數(shù)據(jù) thr ，39。 CLUSTERING ( KB)2007915 23:47rmm為連接距離(connection distance)Clustering的步驟：先發(fā)現(xiàn)一些非0體素，與指定像素距離小于rmm(中心中心距離)的像素被包括在cluster內(nèi)，然后再向外擴(kuò)展。 將共享一個(gè)角的體素連接較大的rmm 值將跳過一些0的值把非0值連成一片。 rmm39。(下面各選項(xiàng)互相排斥，即只能使用1個(gè))1clust rmm vmul = 形成clusters, 以rmm 連接距離，生成的cluster至少包含 vmul個(gè)體素1clust_mean rmm vmul = 同1clust，但cluster內(nèi)體素強(qiáng)度全部替換為cluster的平均強(qiáng)度[同樣，1clust_后接max, amax, smax, size, order分別表示將cluster內(nèi)體素強(qiáng)度全部替換為clust內(nèi)的最大強(qiáng)度、絕對(duì)值最大強(qiáng)度、最大有符號(hào)強(qiáng)度、cluster的size、cluster的size索引值 (. 最大的cluster索引值為1，其次為2，……)]* 如果rmm 為0，這意味著使用6個(gè)最近的相鄰體素形成非0體素的cluster* 如果vmul為0，那么所有size的cluster都被接受(可能結(jié)果沒有用) * 如果vmul為負(fù)數(shù)，那么abs(vmul) 是cluster保持的體素最小數(shù)目下面的命令導(dǎo)致3D clusters的腐蝕和擴(kuò)張(erosion and dilation)。)連接的cluster。 對(duì)于每個(gè)體素，除了rmm半徑范圍內(nèi)pv%的體素非0，否則設(shè)為01dilate 對(duì)閾值的filter選項(xiàng)(t1filter_* rmm)也互相排斥：各選項(xiàng)作用與上述filter相似。 上述 39。1blur39。 (intensity only)類型，該選項(xiàng)告訴3dmerge拷貝閾值(threshold data)至輸出數(shù)據(jù)集(盡管閾值沒有進(jìn)行編輯過)注：如果3dmerge用來連接2個(gè)或更多的數(shù)據(jù)集，該選項(xiàng)將被忽略注：datum選項(xiàng)對(duì)閾值的存儲(chǔ)沒有效果。 這樣，你可以1tindex k = 操作輸入數(shù)據(jù)集任何給定的subbrick來產(chǎn)生一個(gè)輸出1 brick數(shù)據(jù)集。filter39。 Filtering將不對(duì)遮罩外的數(shù)據(jù)進(jìn)行運(yùn)算。如果mask設(shè)計(jì)用來排除腦外的體素，將會(huì)出現(xiàn)一些問題。a*step(b)39。 y = dataset yaxis offset from center i = xaxis index offset from center k = zaxis index offset from center這進(jìn)行一個(gè)以12mm為半徑的Gaussian filter。exp((x*x+16*y*y+z*z)/)39。 filter：□ 形成輸出數(shù)據(jù)集的MERGING OPTIONS：即整合結(jié)果的不同途徑，下面的39。 的數(shù)目*、輸入順序**、tanh(mean(arctanh))***來整合數(shù)據(jù)集)* 不等于0(!=0)為hits** 如果一個(gè)體素在dataset 1中為非0，則采用1中的值；如果在dataset1中為0而在dataset2中為非0，則采用2中的值；依此類推*** 計(jì)算每個(gè)輸入的arctanh(反雙曲正切函數(shù))，取平均值，再計(jì)算該平均值的tanh(雙曲正切)。該選項(xiàng)用于merging相關(guān)系數(shù)的bricksnscale = 如果輸出數(shù)據(jù)集為short類型，不對(duì)其進(jìn)行縮放(scale)應(yīng)用于閾值數(shù)據(jù)(Threshold data)的merging選項(xiàng)：即整合閾值數(shù)據(jù)的不同途徑。 選項(xiàng)也互相排斥，但與上面的merging強(qiáng)度數(shù)據(jù)的39。 fico39。作用同上述39。 )數(shù)目gclust rmm vmul = 以rmm為連接半徑，以vmul為最小voxel數(shù)目，去除不包含在cluster內(nèi)的像素注：39。 選項(xiàng)作用于整組輸入數(shù)據(jù)集指定輸出數(shù)據(jù)集名稱的選項(xiàng)：session dirname = 輸出到指定的目錄(default=./)prefix 作為輸出數(shù)據(jù)集前綴 (default=mrg)注意事項(xiàng):**選項(xiàng)將無效，輸出數(shù)據(jù)集僅為39。你可以使用3dbucket程序?qū)?dmerge的輸出數(shù)據(jù)集同其它subbricks整合**該程序如無39。 文件指定。 如果輸入數(shù)據(jù)集包含1個(gè)以上subbrick，所有subbricks被用來建立histogramUsage: 3dAutomask [options] dataset輸入數(shù)據(jù)集是一個(gè)EPI 3D+time數(shù)據(jù)集(不同于3dintracranial)，輸出數(shù)據(jù)集是一個(gè)僅含腦組織的遮罩?jǐn)?shù)據(jù)集(brainonly mask dataset)方法：+ 使用3dClipLevel 算法尋找clipping level.+ 在erosion/dilation步驟后僅保持最大的閾上體素的連接部+ 保存結(jié)果為功能數(shù)據(jù)集39。 為前綴[default=39。 = 不輸出程序執(zhí)行過程中的信息(., be quiet).eclip = 在創(chuàng)建mask后，去除低于clip閾值的外部體素dilate nd = 向外擴(kuò)大mask 39。 毫米的任何體素設(shè)為0。(2) 去除異常時(shí)間點(diǎn) 的數(shù)目，并將各個(gè)時(shí)間點(diǎn)寫輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出(stdout)選項(xiàng)：mask mset = 僅包括mask數(shù)據(jù)集之內(nèi)的體素qthr q = 使用39。 的體素(as in 3dClipLevel)。 也就是說，10**(Q)是值v服從v’s iid normal假設(shè)p值的粗略估 計(jì)。 (注：MAD和qg詳見程序3dcalc)polort nn = 在outlier估計(jì)前，先對(duì)每個(gè)體素時(shí)間序列進(jìn)行39。 )去勢(shì)。)的時(shí)間點(diǎn)被稱為outliers, 而39。輸出為由每個(gè)subbrick的index組成的1D時(shí)間序列。意味著該subbrick與norm無非常顯著的差異。much higher39。超過該范圍的values值得懷疑，如果quality index服從正態(tài)分布，超過該范圍的值發(fā)生的概率為1%。 clip val = 去除(clip off) median subbrick中低于39。 注：* 這些值在任何情況下輸出至stderr。Usage: 3dcalc a dsetA [b dsetB...] expr EXPRESSION [options]舉例：a. 基于voxelbyvoxel，將幾個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行平均 3dcalc a fred+tlrc b ethel+tlrc c lucy+tlrc expr 39。 expr 39。100 * a/b 39。ispositive39。func+orig[15]39。step()*step()*step()39。step((9(x20)*(x20)(y30)*(y30)(z70)*(z70))39。 下面的例子中，假設(shè)d1+orig和d2+orig由小的整數(shù)組成：160