【正文】 func+orig[15]39。Usage: 3dcalc a dsetA [b dsetB...] expr EXPRESSION [options]舉例：a. 基于voxelbyvoxel，將幾個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行平均 3dcalc a fred+tlrc b ethel+tlrc c lucy+tlrc expr 39。 clip val 意味著該subbrick與norm無非常顯著的差異。 計(jì)。 = 僅包括mask數(shù)據(jù)集之內(nèi)的體素qthr q 毫米的任何體素設(shè)為0。 該程序如無39。 )數(shù)目gclust rmm vmulfico39。 選項(xiàng)也互相排斥，但與上面的merging強(qiáng)度數(shù)據(jù)的39。該選項(xiàng)用于merging相關(guān)系數(shù)的bricksnscale k = zaxis index offset from centera*step(b)39。 這樣，你可以1tindex k 1blur39。 將共享一個(gè)角的體素連接較大的rmm 值將跳過一些0的值把非0值連成一片。 為浮點(diǎn)型，39。 = 同1thtoin，但處理時(shí)不改變閾值(from shorts to floats)。 因?yàn)閮蓚€(gè)原因。 c. EPI和SPGR之間的幾何關(guān)系在不同session之間不同。 222。 選擇7次拉格郎日多項(xiàng)式插值方法(見前述)clipit可以使用不同的圖像作為基準(zhǔn)圖像，但大多數(shù)情況下，Usage: 3dvolreg [optinos] dataset. 3dvolreg base 4 heptic clipit zpad 4 prefix fred1_epi_vr dfile fred1_vr_dfile fred1_epi+origbase 4經(jīng)過變換之后的體元位置大多數(shù)情況下不是正好一個(gè)體元位置，所以需要通過插值法重新取樣。 作為輸出文件的前綴。 注意：* 請(qǐng)注意混疊(aliasing)現(xiàn)象：超過1/(2*TR)以上的頻率不能被正確的插值。 舉例，在記錄fMRI研究中，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)為：提示實(shí)驗(yàn)開始(2s)224。(6) 單個(gè)被試通用線性模型分析(singlesubject analysis with GLM)及結(jié)果顯示可以對(duì)得到的圖像進(jìn)行提取clusters、渲染(render)及剪輯(montage)，以達(dá)到最美觀的效果。 也就是說，只能在某一個(gè)實(shí)際路徑中運(yùn)行AFNI。在AFNI 中，數(shù)據(jù)集存儲(chǔ)為兩種類型的文件：頭文件(header) 和塊文件(brick) 。另外還提供了可供擴(kuò)展功能的Plugins。 ………………………………………………… 52附錄3 …………………………………………… 12 功能像的空間平滑 插頁1~135 數(shù)據(jù)處理基本步驟 數(shù)據(jù)集(datasets)AFNI 中的基本數(shù)據(jù)單位是數(shù)據(jù)集(datasets)，它是指由一個(gè)或者多個(gè)圖像的3D 數(shù)據(jù)塊(bricks)以及與之相關(guān)的附加信息所組成的數(shù)據(jù)集。頭文件包含了所有的輔助信息，它提供了解釋塊文件的所有信息，以ASCII 的形式存儲(chǔ)。 通常，通過Switch Underlay選擇高分辯率的解剖數(shù)據(jù)集，而通過Switch Overlay選擇低分辯率的功能數(shù)據(jù)集(并且根據(jù)需要插值至解剖像分辯率和翻轉(zhuǎn)至解剖像軸像)。Epirecon也可以進(jìn)行對(duì)不同類型的圖像變形做校正。由于描掃方式不同(如隔行掃描)，所以生成的圖像文件需要進(jìn)行重新排序，可以用di2文件查看圖像并生成包括頭信息的同名txt文件，再用rnxpc程序進(jìn)行排序。 功能數(shù)據(jù)集是EPI 3D+time數(shù)據(jù)集。尤其是在后者，相鄰層面的時(shí)間位移將導(dǎo)致相鄰層面的信號(hào)變化顯著，尤其是在事件相關(guān)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中?；蛘?，可以使用’ignore ii’選項(xiàng)。 作為時(shí)間模式, 而不采用輸入的數(shù)據(jù)文件頭信息中包含的時(shí)間模式。 1 200 Alternating in the +z directionalt+z2 200 400 0 200 400 Sequential in the z direction——————————————————————————————如果使用filename作為tpattern, 那么nz個(gè)以ASCII碼存儲(chǔ)的數(shù)字從文件中讀取，并作為每個(gè)層面的時(shí)間位移(offsets)。 E=平方差的加權(quán)和= Sx w(x) ? {I(T[x]) J(x)}2EPI, 但SPGR和EPI之間不行。 選擇輸入數(shù)據(jù)集(fred1_epi+orig)的子數(shù)據(jù)塊(subbrick) 4作為基準(zhǔn)圖像J(x) 將負(fù)的體素值設(shè)為0(注：負(fù)值是由于高次插值方法導(dǎo)致的偽影)zpad 4 222。 2dImReg或Define Datamode Registration2dImReg用于對(duì)齊2D層面圖像。 這樣做具有優(yōu)勢(shì)：在它們進(jìn)行進(jìn)一步處理前消除不需要的噪聲或偽影。 fitt39。 用來確定所連接體素最大距離，39。這些命令假定1種1clust命令已被使用。 必不可少的卷積 (convolution) 運(yùn)算是通過快速傅立葉變換(FFTs)完成的，該步驟是到目前為止所有編輯選項(xiàng)中最慢的操作。 = 讀取數(shù)據(jù)集 39。 定義一個(gè)線性filterFilter的權(quán)重是在rmm相鄰范圍內(nèi)每個(gè)體素的位移按表達(dá)式的估計(jì)值計(jì)算出的比例。在該例中，F(xiàn)WHM為10mm。 gfisher39。g39。例選擇進(jìn)行空間平滑的第2種途徑,我們可使用3dmerge命令對(duì)功能數(shù)據(jù)集進(jìn)行空間平滑：3dmerge 1blur_fwhm 5 doall session . prefix run_1_vr_lp_5 run_1_vr_lp+orig這將對(duì)數(shù)據(jù)集應(yīng)用FWHM為5的高斯平滑。fim39。 nd39。 automask = 輸出每個(gè)時(shí)間點(diǎn)outlier的median+*MAD(中值絕對(duì)偏差) save ppp 默認(rèn)nn=0，即只去除中值(常量)。 = Quality index值為1Spearman (rank) correlation coefficient (每個(gè)subbrick與 =與spearman相似，但用1(1/4)*Spearman 相關(guān)系數(shù)autoclip 體素(大概腦組織范圍內(nèi))之間計(jì)算。 ispositive()39。 prefix pound_maske. 創(chuàng)建3維球體ROI(regionofinterest) mask。 通常被用作輸出數(shù)據(jù)集的模板(template)。 和 39。 行plot繪圖。range 作為guide, 程序?qū)⑤敵鲋兄蒂|(zhì)量指數(shù)(median quality index)*MAD ~ median+(MAD為中絕絕對(duì)偏差)。因?yàn)榻Y(jié)果輸出至stdout，因此你可能想重定向這些結(jié)果生成文件或至另一個(gè)程序，可以如下例：3dToutcount automask v1+orig | 1dplot stdinUsage: 3dTqual [options] dataset計(jì)算3D+time數(shù)據(jù)集每個(gè)subbrick的`quality index39。 不是outlier)。 = 輸出新的數(shù)據(jù)集，保存outlier Q至每個(gè)體素，其中Q通過體素值v 計(jì)算而來： outliers39。 ppp39。 = verb hits39。Winsor39。 這會(huì)導(dǎo)致意想不到的結(jié)果。整合成multibrick bucket數(shù)據(jù)集，注：如果這些選項(xiàng)沒有使用，j=0 和 k=1 為默認(rèn)值下面這些選項(xiàng)允許你指定遮罩(mask)數(shù)據(jù)集限制39。 fim39。 )；如果subbrick沒有被標(biāo)記，則什么都不錯(cuò)。 = 通過x1 = x = x2, y1 = y = y2, z1 = z = z2定義3D volume，包含在該3D volume內(nèi)的體素(entries) 改為0注：數(shù)據(jù)集x,y,z的范圍可以通過3dinfo程序查看(單位為mm)。 或 39。 第3個(gè)可能進(jìn)行空間平滑的時(shí)間點(diǎn)是由各被試內(nèi)分析提供的統(tǒng)計(jì)圖，盡管存在有效性問題(將在后面簡單討論)。 任何均值和線性趨勢(shì)在濾波前去除，在濾波后再恢復(fù)注: lowpass和highpass可以一起用，構(gòu)建成bandpass。 低通濾波的界值(f Hz)highpass f在插值至新的旋轉(zhuǎn)后的網(wǎng)格時(shí)，體素的值再也不能說來自某一特定的時(shí)間位移，因?yàn)閬碜圆煌瑢用娴臄?shù)據(jù)集將集合在一起。Session之間的變換通過計(jì)算每個(gè)Session高分辯率的解剖像來實(shí)現(xiàn)。3dvolreg可以相當(dāng)好地處理小的運(yùn)動(dòng)(motion)，但是較大的運(yùn)動(dòng) ( 1mm) 不能被正確地校正。 對(duì)于Fourier插值法，Zero padding非常需要。heptic 即給出一個(gè)基準(zhǔn)圖像(base image)J(x)和一個(gè)要進(jìn)行校正的圖像(target image)I(x)，尋找一種幾何變形(geom. transformation)T[x]，使得I(T[x])≈J(x)。 0 800 S L I C E 個(gè)時(shí)間點(diǎn)(points)(默認(rèn)ii=0)。 zzz39。s39。 Usage: 3dTshift [options] dataset將輸入數(shù)據(jù)集的體素時(shí)間序列進(jìn)行移位，從而使各層面對(duì)齊到相同時(shí)間原點(diǎn)(temporal origin)。其它的包括zero(3D掃描)和filename時(shí)間模式包含在文件中)。(筆者注：可點(diǎn)擊View Images按鈕查看圖像)對(duì)于無頭信息的裸圖像(naked images)，則需進(jìn)行參數(shù)設(shè)置，這時(shí)記錄翔實(shí)的實(shí)驗(yàn)日志非常關(guān)鍵。(筆者注：一般可根據(jù)文件大小確定圖像類別，如通常最大的文件為功能像，因?yàn)樗瑫r(shí)包含多個(gè)層面，并且文件數(shù)通與時(shí)間點(diǎn)數(shù)一致；其次中等大小的文件為3D像，因?yàn)槠浞直媛瘦^高，通常為128個(gè)；最小的文件為解剖像，通常為20個(gè)。 其中，Opt用于控制顯示選項(xiàng)，F(xiàn)IM用來提供對(duì)功能數(shù)據(jù)集的交互的統(tǒng)計(jì)計(jì)算(詳見后述)。3 AFNI的交互界面 啟動(dòng)AFNI mmap 。fico 表示功能強(qiáng)度及相關(guān)性，每個(gè)體素用2 個(gè)值表示，第一個(gè)值表示“強(qiáng)度”，第二個(gè)值表示相關(guān)系數(shù)( 之間) ，當(dāng)給出一個(gè)顯著性值p 時(shí)，確定激活點(diǎn)。 ……………………………………… 560 前言(Preface)MCW AFNI是“Medical College of Wisconsin Analysis of Functional NeuroImage”的縮寫形式。 ………………………………………………………………… 11 如何獲得并安裝AFNI ……………………………………………………… 2 文件類型 ……………………………………………………… 2 AFNI界面 ………………………………………………… 44 數(shù)據(jù)分析基本步驟 ……………………… 34 統(tǒng)計(jì)圖的空間平滑 …………………………… 45 手動(dòng)繪制ROI及ROI分析 …………………………………………… 52附錄2 fith 表示功能強(qiáng)度及閾值，每個(gè)體素用2 個(gè)值表示，第一個(gè)值表示“強(qiáng)度”，第二個(gè)值表示閾值，用來表示哪一個(gè)點(diǎn)是激活點(diǎn)。一種是使用malloc函數(shù)分配內(nèi)存空間，另一種是使用UNIX 的mmap 函數(shù)。 SPM, FSL所使用的格式；MINC (.mnc)： 按列排放的數(shù)字，如刺激處理參數(shù)。 ( KB)2007915 23:25(1) 復(fù)制圖像文件、排序?qū)⒐獗P中的數(shù)據(jù)復(fù)制到硬盤并分類。*，出現(xiàn)to3d程序界面： ( KB)2007915 23:25該例中，to3d已從圖像文件的頭信息獲得必需的信息，所以不需再進(jìn)行參數(shù)調(diào)整，只需在窗口的底部填寫session directory(session目錄)和prefix(前綴)。altplus為數(shù)據(jù)獲取方式，可分為正向間隔獲取(altplus/alt+z)、逆向間隔獲取(altminus/altz)、正向順序獲取(seqplus/seq+z)、逆向順序獲取(seqminus/seqz)和同時(shí)獲取(simult)等。時(shí)間校正在運(yùn)動(dòng)校正前進(jìn)行，因?yàn)檫\(yùn)動(dòng)校正涉及鄰近層面的插值，如果鄰近層面存在時(shí)間差異會(huì)使插值不準(zhǔn)確。 可以附后綴 39。 = 配準(zhǔn)每個(gè)層面的時(shí)間們移為 39。 值均值(來自數(shù)據(jù)集頭信息或tpattern選項(xiàng))slice nnnii39。(不管rlt選項(xiàng))；也不會(huì)用于detrending 和time shiftingrlt or –rlt+ 絕大多數(shù)圖像校正都使用pairwise alignment方法。3dvolreg或Define Datamode 但最好使用最靠近解剖像掃描的時(shí)間點(diǎn)，因?yàn)檫@時(shí)描掃參數(shù)相似。 在進(jìn)行shift/rotation前，將每個(gè)耙圖像(target image, 即I(x))墊0四層(Zero padding)，