【正文】 下面的例子中，假設(shè)d1+orig和d2+orig由小的整數(shù)組成： step()*step()*step()39。ispositive39。 expr 39。注：* 這些值在任何情況下輸出至stderr。 超過該范圍的values值得懷疑，如果quality index服從正態(tài)分布，超過該范圍的值發(fā)生的概率為1%。輸出為由每個subbrick的index組成的1D時間序列。)去勢。 (注：MAD和qg詳見程序3dcalc)polort nn 也就是說，10**(Q)是值v服從v’s iid normal假設(shè)p值的粗略估 的體素(as in 3dClipLevel)。 的數(shù)目，并將各個時間點寫輸出到標準輸出(stdout)選項：mask mset(2) 去除異常時間點 = 向外擴大mask 39。 = 在創(chuàng)建mask后，去除低于clip閾值的外部體素dilate nd = 不輸出程序執(zhí)行過程中的信息(., be quiet).eclip為前綴[default=39。如果輸入數(shù)據(jù)集包含1個以上subbrick，所有subbricks被用來建立histogramUsage: 3dAutomask [options] dataset輸入數(shù)據(jù)集是一個EPI 3D+time數(shù)據(jù)集(不同于3dintracranial)，輸出數(shù)據(jù)集是一個僅含腦組織的遮罩數(shù)據(jù)集(brainonly mask dataset)方法：+ 使用3dClipLevel 算法尋找clipping level.+ 在erosion/dilation步驟后僅保持最大的閾上體素的連接部+ 保存結(jié)果為功能數(shù)據(jù)集39。 文件指定。你可以使用3dbucket程序?qū)?dmerge的輸出數(shù)據(jù)集同其它subbricks整合** 作為輸出數(shù)據(jù)集前綴 (default=mrg)注意事項:** = 輸出到指定的目錄(default=./)prefix = 以rmm為連接半徑，以vmul為最小voxel數(shù)目，去除不包含在cluster內(nèi)的像素注：39。 作用同上述39。 = 如果輸出數(shù)據(jù)集為short類型，不對其進行縮放(scale)應(yīng)用于閾值數(shù)據(jù)(Threshold data)的merging選項：即整合閾值數(shù)據(jù)的不同途徑。 的數(shù)目*、輸入順序**、tanh(mean(arctanh))***來整合數(shù)據(jù)集)* 不等于0(!=0)為hits** 如果一個體素在dataset 1中為非0，則采用1中的值；如果在dataset1中為0而在dataset2中為非0，則采用2中的值；依此類推*** 計算每個輸入的arctanh(反雙曲正切函數(shù))，取平均值，再計算該平均值的tanh(雙曲正切)。 filter：□ 形成輸出數(shù)據(jù)集的MERGING OPTIONS：即整合結(jié)果的不同途徑，下面的39。這進行一個以12mm為半徑的Gaussian filter。 i = xaxis index offset from center 如果mask設(shè)計用來排除腦外的體素，將會出現(xiàn)一些問題。 filter39。 (intensity only)類型，該選項告訴3dmerge拷貝閾值(threshold data)至輸出數(shù)據(jù)集(盡管閾值沒有進行編輯過)注：如果3dmerge用來連接2個或更多的數(shù)據(jù)集，該選項將被忽略注：datum選項對閾值的存儲沒有效果。 上述 39。 對閾值的filter選項(t1filter_* rmm)也互相排斥：各選項作用與上述filter相似。 對于每個體素，除了rmm半徑范圍內(nèi)pv%的體素非0，否則設(shè)為01dilate = 同1clust，但cluster內(nèi)體素強度全部替換為cluster的平均強度[同樣，1clust_后接max, amax, smax, size, order分別表示將cluster內(nèi)體素強度全部替換為clust內(nèi)的最大強度、絕對值最大強度、最大有符號強度、cluster的size、cluster的size索引值 (. 最大的cluster索引值為1，其次為2，……)]* 如果rmm 為0，這意味著使用6個最近的相鄰體素形成非0體素的cluster* 如果vmul為0，那么所有size的cluster都被接受(可能結(jié)果沒有用) * 如果vmul為負數(shù)，那么abs(vmul) 是cluster保持的體素最小數(shù)目下面的命令導(dǎo)致3D clusters的腐蝕和擴張(erosion and dilation)。 = 形成clusters, 以rmm 連接距離，生成的cluster至少包含 vmul個體素1clust_mean rmm vmulrmm39。 CLUSTERING ( KB)2007915 23:47rmm為連接距離(connection distance)Clustering的步驟：先發(fā)現(xiàn)一些非0體素，與指定像素距離小于rmm(中心中心距離)的像素被包括在cluster內(nèi)，然后再向外擴展。 數(shù)據(jù) thr ，39。fitt39。 tors)。 空間平滑使用3dmerge程序：Usage: 3dmerge [options] datasets ...□ 為每個輸入數(shù)據(jù)集指定編輯選項：1thtoin數(shù)據(jù)在重建(如使用hamming或fermi filter選項)時可被平滑。例：3dFourier prefix run_1_vr_lp lowpass retrend run_1_vr+orig低通(low pass)濾波界值(cutoff value)是基于輸入刺激模型的頻率譜(. the 1D files)，如下圖(圖像經(jīng)過反轉(zhuǎn)色彩)。 在做空間插值之前，首先對數(shù)據(jù)集進行時間位移至共同的時間原點非常有意義。 ( KB)2007915 23:39進行intrasubject S2toS1變換的步驟a. 計算S2toS1的變換關(guān)系3dvolreg –twopass –clipit –zpad 4 –base S1+orig –prefix S2reg S2+origb. 旋轉(zhuǎn)/位移參數(shù)保存在S2reg+c. 如果以前沒有做(. in to3d)，對E1數(shù)據(jù)集進行Zero pad3dZeropad –z 4 –prefix E1pad E1+origd. 對E1數(shù)據(jù)集進行intrasession校正3dvolreg –clipit –base ‘E1pad+orig[4]’ –prefix E1reg E1pad+orige. 對E2數(shù)據(jù)集進行intrasession校正，同時進行大的旋轉(zhuǎn)/位移校正至Session的坐標系(需要的信息存在S2reg+)3dvolreg –clipit –base ‘E2+orig[4]’ –rotparent S2reg+orig –gridparent E1reg+orig –prefix E2reg E2+orig注：rotparent 告知intersession變換關(guān)系從哪獲得因為to3d可以定義1個session內(nèi)EPI和SPGR之間關(guān)系；而3dvolreg可以計算不同session間的關(guān)系；所以可以將EPI數(shù)據(jù)集從session 2轉(zhuǎn)換至sessoin 1的軸向。Plugins224?？梢杂肁FNI查看運動校正后的數(shù)據(jù)集看是否是這樣。 為查看是否有較大的平移和旋轉(zhuǎn)，可以查看運動參數(shù)文本文件： 同樣多項值插值方法也適合，因為如果有較大的旋轉(zhuǎn)，如果不墊0的話將會有數(shù)據(jù)丟失prefix fred1_epi_vr 222。 222。 用來對3D volume(subbrick)進行對齊。目前的AFNI程序通過灰度(強度)值進行圖像的配準。T[x]依賴于一些參數(shù)：目標是尋找一些參數(shù)使得變換后的I與J最擬合。 {both selectors}39。 {subbrick selector}39。 tpatter的定義可以為altplus(=alt+z), altminus(=altz), seqplus(seq+z), seqminus(seqz), ttt39。 最初的ii個值在輸出文件中不發(fā)生改變 注：選項tzero或slice只能用1個prefix ppp = 配準每個層面的位移為 39。 39。 或 39。 舉例，如果你希望排除剛開始的4個圖像，那么輸入的數(shù)據(jù)集應(yīng)按’prefix+orig[4..$]’形式指定。默認地，使用頭文件中的層面間移位信息(slicewise shifting information)(由to3d程序輸入的”tpattern”信息)。通常，層面以順序獲取，或以隔行獲取(偶數(shù)行先獲取，然后再奇數(shù)行)的方式進行。其中alt為alternatively, seq為sequentially。 執(zhí)行to3d命令后出現(xiàn)界面： ( KB)2007915 23:25上圖黃色矩形框中的警告文字表示發(fā)現(xiàn)圖像中有負值，需點擊Byte Swap [2]按鈕進行轉(zhuǎn)換(未轉(zhuǎn)換前的圖像如下圖示)。 TR為2s，則共有299個時間點，則有299個圖像文件。將三種類別的圖像分別分類放到3個目錄中，分別起直觀簡潔的目錄名，如xxepi, xx3d, xxana，xx為被試名稱或ID?？墒褂胑pirecon將K空間的圖像進行Fourier變換生成圖像。(5) 其它窗口(如to3d, Draw Dataset, Render等)，分別見后面數(shù)據(jù)分析步驟。(Recursively，遞歸地) AFNI界面(1) 主界面(下圖) ( KB)2007915 23:04通常，坐標系都是按RAI的次序(DICOM標準)，x = Right (negative) to Left (positive)，y = Anterior (negative) to Posterior (positive)，z = Inferior (negative) to Superior (positive)。 文件類型這種映射是以只讀方式實現(xiàn)。塊文件存儲了所有的3D 原始數(shù)據(jù)(Brick)及由AFNI程序計算衍生的統(tǒng)計參數(shù)數(shù)據(jù)。fitt 表示功能強度及ttest，每個體素用2 個值表示，第一個值表示“強度”，第二個值是t 檢驗值，當(dāng)給出一個顯著性值時，確定激活點。(Linux的使用技巧：輸入命令后，長文件名可以輸入部分字母，然后按Tab鍵自動補上；對于較長的命令行，可在行尾加上空格和”\”回車再續(xù)行)2 基本概念(Fundamental AFNI concepts)數(shù)據(jù)集(datasets) 和集合(session) 是AFNI 中的兩個基本概念，下面作簡要的介紹。由美國Wisconxin醫(yī)學(xué)院生物物理研究所開發(fā)研制，主要開發(fā)者為Cox博士。 rnxpc源程序 …………………………………………… 12 補充內(nèi)容 …………………………… 7 功能像的時間域濾波 …………………………………………… 5 功能像層面時間校正和運動校正 …………………………………………… 5 轉(zhuǎn)換成AFNI格式 ………………………………………………… 5 原始功能像的重建 ( KB)2007915 22:38目 單個被試通用線性模型分析及結(jié)果顯示 1 如何獲得并安裝AFNI(How to download and install AFNI)AFNI可運行在多個操作系統(tǒng)下，推薦使用Linux系統(tǒng)。 其中各個類型的具體解釋如下：(注：f為function功能，i為intensity強度，th表示threshold閾值，co表示correlation相關(guān)，tt表示ttest，ft表示Ftest)fim 表示功能強度，每個體素用一個值表示。所有的數(shù)據(jù)集都有規(guī)定的命名方式，其基本形式是：prefix + view. NAME。在程序設(shè)計時,圖像數(shù)據(jù)集數(shù)組可以有兩種方式實現(xiàn)存儲。所有存放在同一session的數(shù)據(jù)集，如果顯示格式相同，則認為x,y,z坐標是配準的。 AFNI –dir1 dir2 則AFNI可從列出的目錄中讀取數(shù)據(jù)；圖表(Graph)窗口 ( KB)2007915 23:04(7) 變換至Talairach坐標系(/空間歸一化或標準化)(Talairach transforming /Spatial normalization)(8) 統(tǒng)計圖的空間平滑 (spatial blurring of statistical map) 可選 (9) 各被試統(tǒng)計圖的組分析 (Group analysis of individual statistical maps)在整個分析過程中，我們應(yīng)該利用AFNI優(yōu)秀的可視化功能對數(shù)據(jù)進行visual check。 轉(zhuǎn)換成AFNI格式(with pro