【正文】 示什么樣(. 是否有運(yùn)動(dòng)有關(guān)的數(shù)據(jù)不連續(xù)點(diǎn))? 沿著時(shí)間軸是否還有明顯的運(yùn)動(dòng)? 3D224。 222。 指定輸出文件的前綴dfile fred1_vr_dfile 222。 將負(fù)的體素值設(shè)為0(注：負(fù)值是由于高次插值方法導(dǎo)致的偽影)zpad 4 選擇輸入數(shù)據(jù)集(fred1_epi+orig)的子數(shù)據(jù)塊(subbrick) 4作為基準(zhǔn)圖像J(x) T[x]有6個(gè)參數(shù)：RL, AP, IS軸的位移及沿IS, RL, AP軸的旋轉(zhuǎn)(分別對(duì)應(yīng)于Roll, Pitch, Yaw)。Plugins224。E=平方差的加權(quán)和= Sx w(x) ? {I(T[x]) J(x)}2EPI, 但SPGR和EPI之間不行。方法包括取最相鄰體元的值(0階重取樣)或多點(diǎn)線性插值(一階重取樣)。為校正整個(gè)時(shí)間序列，每個(gè)3D Volume In(X)都通過自己的變換Tn[X]進(jìn)行與J(x)配準(zhǔn)，n=0,1,…；所以結(jié)果也是一個(gè)時(shí)間序列In(Tn[X])，用戶必須選擇基準(zhǔn)圖像J(x)。這樣功能時(shí)間序列將更少地受被試運(yùn)動(dòng)的影響；如果圖像正確的校正的話，可以比較不同session的結(jié)果。 3dcalc( a r1+orig b r2+orig expr *(a+b) )39。 r1+orig39。 in the z direction——————————————————————————————如果使用filename作為tpattern, 那么nz個(gè)以ASCII碼存儲(chǔ)的數(shù)字從文件中讀取，并作為每個(gè)層面的時(shí)間位移(offsets)。 Sequential 800 600 400 200 0 Alternating, starting at nz2 seqplus 400 0 600 200 800 Alternating in the z directionaltz2 0 600 200 800 400 Alternating, but starting at 1altminus 800 200 600 0 400 Alternating in the +z directionalt+z2 400 800 200 600 0 Comment————————————————————————————altplus 4 3 2 1 0N U M B E RTpattern 作為時(shí)間模式, 而不采用輸入的數(shù)據(jù)文件頭信息中包含的時(shí)間模式。 = 忽略最前面39。 默認(rèn)是39。 nnn39。tpattern39。 zzz39。 ms39。 作為TR值, 而不使用包含在數(shù)據(jù)集頭信息內(nèi)的值。 或者，可以使用’ignore ii’選項(xiàng)。對(duì)于絕大多數(shù)3D fMRI數(shù)據(jù)，這意味心率和呼吸頻率不能在該程序中被正確的處理。224。在AFNI中，可以使用命令3dTshift實(shí)現(xiàn)，但一個(gè)更簡(jiǎn)單地方法就是在進(jìn)行運(yùn)動(dòng)校正時(shí)使用tshift選項(xiàng)(見下面的例子)。尤其是在后者，相鄰層面的時(shí)間位移將導(dǎo)致相鄰層面的信號(hào)變化顯著，尤其是在事件相關(guān)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中。 窗口中指出奇異值(outliers, 即與同一時(shí)間序列中其它數(shù)據(jù)點(diǎn)顯然不同的值)；通常早期的outlier可能是長(zhǎng)軸磁場(chǎng)飽和至穩(wěn)態(tài)值之前的瞬時(shí)效果導(dǎo)致；而以后的則可能由頭動(dòng)、scanner故障導(dǎo)致。(對(duì)于排列方式未知的圖像，可用aiv命令查看)另X軸方向應(yīng)設(shè)為右到左(RL)；Y軸設(shè)為從前到后(A—P)；Z軸設(shè)為從下到上(I—S)(RAI坐標(biāo)系)。2s為重復(fù)時(shí)間(TR)，如果填寫0，則為從頭信息讀取。 功能數(shù)據(jù)集是EPI 3D+time數(shù)據(jù)集。 ( KB)2007915 23:25出現(xiàn)這種現(xiàn)象是因?yàn)镮ntel/Linux和Sun/SGI系統(tǒng)使用的數(shù)字內(nèi)碼的不同。由于描掃方式不同(如隔行掃描)，所以生成的圖像文件需要進(jìn)行重新排序，可以用di2文件查看圖像并生成包括頭信息的同名txt文件，再用rnxpc程序進(jìn)行排序。系統(tǒng)飽和[提示(2s)呈現(xiàn)記憶材料(40s)提示(2s)回憶(30s)提示(2s)基線(20s)]結(jié)束(2~6s)“[……]”中步驟重復(fù)6次。)3D像(spoiled grass, SPGR)：128 items； 轉(zhuǎn)換成AFNI格式(with program to3d)記錄實(shí)驗(yàn)日志很重要，這對(duì)數(shù)據(jù)分析很有幫助。Epirecon也可以進(jìn)行對(duì)不同類型的圖像變形做校正。(7) 變換至Talairach坐標(biāo)系(/空間歸一化或標(biāo)準(zhǔn)化)(Talairach transforming /Spatial normalization)(8) 統(tǒng)計(jì)圖的空間平滑 (spatial blurring of statistical map) 可選 (9) 各被試統(tǒng)計(jì)圖的組分析 (Group analysis of individual statistical maps)在整個(gè)分析過程中，我們應(yīng)該利用AFNI優(yōu)秀的可視化功能對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行visual check。 在Batch模式下使用AFNI命令 AFNI的Plugins(見上述)4. 數(shù)據(jù)分析基本原則(請(qǐng)參考PDF文件)5數(shù)據(jù)處理基本步驟(1) 原始功能像的重建(reconstruction of raw functional images) (Pfiles) (2) 轉(zhuǎn)換成AFNI格式(conversion to AFNI format)(3) 功能像層面時(shí)間校正和運(yùn)動(dòng)校正(slice timing correction and motion correction of functional images) (4) 功能像的時(shí)間域?yàn)V波(temporal filtering of functional images)(5) 功能像的空間平滑(spatial blurring of functional images) 可選 圖表(Graph)窗口 ( KB)2007915 23:04通常，通過Switch Underlay選擇高分辯率的解剖數(shù)據(jù)集，而通過Switch Overlay選擇低分辯率的功能數(shù)據(jù)集(并且根據(jù)需要插值至解剖像分辯率和翻轉(zhuǎn)至解剖像軸像)。 AFNI –dir1 dir2 則AFNI可從列出的目錄中讀取數(shù)據(jù)； 將當(dāng)前目錄切換至數(shù)據(jù)集所在目錄，直接鍵入AFNI啟動(dòng)界面。 所有存放在同一session的數(shù)據(jù)集，如果顯示格式相同，則認(rèn)為x,y,z坐標(biāo)是配準(zhǔn)的?！?shù)據(jù)集塊和子數(shù)據(jù)集塊一個(gè)數(shù)據(jù)集可以含有一個(gè)或多個(gè)3D 數(shù)據(jù)集子塊(subbricks)。在程序設(shè)計(jì)時(shí),圖像數(shù)據(jù)集數(shù)組可以有兩種方式實(shí)現(xiàn)存儲(chǔ)。頭文件包含了所有的輔助信息，它提供了解釋塊文件的所有信息，以ASCII 的形式存儲(chǔ)。所有的數(shù)據(jù)集都有規(guī)定的命名方式，其基本形式是：prefix + view. NAME。fift 表示功能強(qiáng)度及Ftest ，每個(gè)體素用2 個(gè)值來表示，第一個(gè)值表示強(qiáng)度，第二個(gè)值是F檢驗(yàn)值，當(dāng)給出一個(gè)顯著性值時(shí)，確定激活點(diǎn)。 其中各個(gè)類型的具體解釋如下：(注：f為function功能，i為intensity強(qiáng)度，th表示threshold閾值，co表示correlation相關(guān)，tt表示ttest，ft表示Ftest)fim 表示功能強(qiáng)度，每個(gè)體素用一個(gè)值表示。 數(shù)據(jù)集(datasets)AFNI 中的基本數(shù)據(jù)單位是數(shù)據(jù)集(datasets)，它是指由一個(gè)或者多個(gè)圖像的3D 數(shù)據(jù)塊(bricks)以及與之相關(guān)的附加信息所組成的數(shù)據(jù)集。1 如何獲得并安裝AFNI(How to download and install AFNI)AFNI可運(yùn)行在多個(gè)操作系統(tǒng)下，推薦使用Linux系統(tǒng)。AFNI是一個(gè)交互式的腦功能成像數(shù)據(jù)分析軟件。 ……………………… 22包括1D 參考波創(chuàng)建、t檢驗(yàn)及相關(guān)分析(及Cluster Analysis)、3dDeconvolve反卷積分析。 單個(gè)被試通用線性模型分析及結(jié)果顯示 ( KB)2007915 22:38目 插頁(yè)1~135 數(shù)據(jù)處理基本步驟 ………………………………………………… 5 原始功能像的重建 …………………………………………… 5 轉(zhuǎn)換成AFNI格式 …………………………………………… 5 功能像層面時(shí)間校正和運(yùn)動(dòng)校正 …………………………… 7 功能像的時(shí)間域?yàn)V波 …………………………………………… 12 功能像的空間平滑 …………………………………………… 12 補(bǔ)充內(nèi)容 ……………………………………………………… 16包括去除頭皮外偽影、去除異常時(shí)間點(diǎn)、時(shí)間序列時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化(difference/mean)、多個(gè)run的數(shù)據(jù)連接及去線性漂移。 rnxpc源程序 ………………………………………………… 52附錄3 由美國(guó)Wisconxin醫(yī)學(xué)院生物物理研究所開發(fā)研制，主要開發(fā)者為Cox博士。另外還提供了可供擴(kuò)展功能的Plugins。(Linux的使用技巧：輸入命令后，長(zhǎng)文件名可以輸入部分字母，然后按Tab鍵自動(dòng)補(bǔ)上；對(duì)于較長(zhǎng)的命令行，可在行尾加上空格和”\”回車再續(xù)行)2 基本概念(Fundamental AFNI concepts)數(shù)據(jù)集(datasets) 和集合(session) 是AFNI 中的兩個(gè)基本概念，下面作簡(jiǎn)要的介紹。 ( KB)2007915 22:48對(duì)于功能數(shù)據(jù)集，它有5 種類型：fim、fith、fico、fitt和fift。fitt 表示功能強(qiáng)度及ttest，每個(gè)體素用2 個(gè)值表示，第一個(gè)值表示“強(qiáng)度”，第二個(gè)值是t 檢驗(yàn)值，當(dāng)給出一個(gè)顯著性值時(shí)，確定激活點(diǎn)。在AFNI 中，數(shù)據(jù)集存儲(chǔ)為兩種類型的文件：頭文件(header) 和塊文件(brick) 。塊文件存儲(chǔ)了所有的3D 原始數(shù)據(jù)(Brick)及由AFNI程序計(jì)算衍生的統(tǒng)計(jì)參數(shù)數(shù)據(jù)。這種功能稱為“WarponDemand”，如空間標(biāo)準(zhǔn)化時(shí)生成的Talairach圖像。這種映射是以只讀方式實(shí)現(xiàn)。也就是說，只能在某一個(gè)實(shí)際路徑中運(yùn)行AFNI。 文件類型 (Recursively，遞歸地) AFNI界面(1) 主界面(下圖) ( KB)2007915 23:04通常，坐標(biāo)系都是按RAI的次序(DICOM標(biāo)準(zhǔn))，x = Right (negative) to Left (positive)，y = Anterior (negative) to Posterior (positive)，z = Inferior (negative) to Superior (positive)。 Disp用于改變顯示方式，Mont (Montage)用于對(duì)Slice進(jìn)行剪切(顧名思義，同電影剪切一樣)，如同時(shí)顯示2行4例，再設(shè)置一定的間距(spacing)，可以美觀地顯示結(jié)果。(5) 其它窗口(如to3d, Draw Dataset, Render等)，分別見后面數(shù)據(jù)分析步驟。(6) 單個(gè)被試通用線性模型分析(singlesubject analysis with GLM)及結(jié)果顯示可以對(duì)得到的圖像進(jìn)行提取clusters、渲染(render)及剪輯(montage)，以達(dá)到最美觀的效果?？墒褂胑pirecon將K空間的圖像進(jìn)行Fourier變換生成圖像。其它一些與圖像重建及格式轉(zhuǎn)換有關(guān)的軟件包括：MRIcro, ezdi, di2, etc.有關(guān)DICOM圖像標(biāo)準(zhǔn)，參見附錄1。將三種類別的圖像分別分類放到3個(gè)目錄中，分別起直觀簡(jiǎn)潔的目錄名，如xxepi, xx3d, xxana，xx為被試名稱或ID。舉例，在記錄fMRI研究中，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)為：提示實(shí)驗(yàn)開始(2s)224。 TR為2s，則共有299個(gè)時(shí)間點(diǎn)，則有299個(gè)圖像文件。使用t3d創(chuàng)建解剖數(shù)據(jù)集(SPGR的3D像和FSE解剖像)(筆者注：各廠商生產(chǎn)的Scanner，原始文件名稱不同，如GE的I.*文件 和Simense 的*.IMA文件)進(jìn)入已經(jīng)排序的3D或解剖像目錄(cd xx3d或cd xxana)后，直接鍵入to3d執(zhí)行to3d命令后出現(xiàn)界面： ( KB)2007915 23:25上圖黃色矩形框中的警告文字表示發(fā)現(xiàn)圖像中有負(fù)值，需點(diǎn)擊Byte Swap [2]按鈕進(jìn)行轉(zhuǎn)換(未轉(zhuǎn)換前的圖像如下圖示)。 (. to3d –time:zt 20 299 2s altplus)*筆者注：層面通常先以space (z)排序，再以time (t)排序；time:zt就表示如此，20為全腦的層面數(shù)，299為時(shí)間序列的幀數(shù)(時(shí)間點(diǎn)數(shù)或TRs)；根據(jù)實(shí)驗(yàn)具體參數(shù)略有不同。其中alt為alternatively, seq為sequentially。 通常，層面以順序獲取，或以隔行獲取(偶數(shù)行先獲取，然后再奇數(shù)行)