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2024-08-28 00:11本頁面
【正文】 于0），其它一些圖像已經(jīng)超出了圖像邊界（信號(hào)值為0）了。此做法相當(dāng)于取了時(shí)間系列數(shù)據(jù)中所有圖像的交集。 Reslice將上述參數(shù)估計(jì)與數(shù)據(jù)重排合到一起做。具體操作如下：在預(yù)處理面板標(biāo)準(zhǔn)化選項(xiàng)中選擇“Normalise: Estimate amp。SmoothFWHM推薦為象素大小的兩至三倍。這里FWHM我們采用默認(rèn)設(shè)置“8 8 8”。保留在當(dāng)前工作目錄。比如我們選擇“Specify 1st level”，出現(xiàn)如下對(duì)話框（見下一頁）：我們選擇Directory指定一個(gè)文件夾存放結(jié)果數(shù)據(jù)，其余做如下設(shè)置：“Units for design”選擇“Scans”，“Interscan interval”輸入“2”，選擇“Data and Design”后選擇“New Subject/Session”，再選擇新出現(xiàn)的“Subject/Session”，選擇“Scans”并用文件選擇器選擇相應(yīng)任務(wù)的所有平滑后的功能圖像（swra*.img）然后點(diǎn)擊“down”，選擇“Condition”后選擇“New condition”，然后選中新出現(xiàn)的“Condition”，“name”選項(xiàng)輸入任務(wù)條件的名稱，“onset”輸入任務(wù)條件的啟動(dòng)向量，代表任務(wù)刺激啟動(dòng)的掃描數(shù)，選中“Durations”輸入任務(wù)組塊的持續(xù)時(shí)長(zhǎng)，如是事件相關(guān)設(shè)計(jì)請(qǐng)輸入“0”。設(shè)置完畢后點(diǎn)擊綠三角運(yùn)行。估計(jì)完成后，我們選擇“results”，將打開如下對(duì)話框： 上圖設(shè)計(jì)矩陣表明一個(gè)掃描序列中我們有三個(gè)任務(wù)條件，均為事件相關(guān)設(shè)計(jì)，選中“tcontrasts”，點(diǎn)擊“define new contrast”, 第一個(gè)任務(wù)“contrast”定義為“1”， 第二個(gè)任務(wù)定義為“0 1”，第三個(gè)任務(wù)nn定義為“0 0 1”，第一個(gè)任務(wù)減第三個(gè)任務(wù)定義為“1 0 1”，第二個(gè)任務(wù)減第三個(gè)任務(wù)定義為“0 1 1”，第二個(gè)任務(wù)減第一個(gè)任務(wù)定義為“1 1”，其余操作以及激活圖顯示和以前版本都是一致的。以后我們可以通過Load按鈕重新加載并使用這些*.mat文件，我們適當(dāng)修改后（例如改變所運(yùn)行的數(shù)據(jù)集）再選擇Run按鈕運(yùn)行。批處理交互界面非常靈巧。例如，在TasksBatch菜單項(xiàng)下，選擇New Spatial。現(xiàn)在，當(dāng)我們向任務(wù)樹中添加標(biāo)準(zhǔn)化步驟時(shí)，我們將看見為標(biāo)準(zhǔn)化操作選擇r*文件的選項(xiàng)，盡管事實(shí)上，我們還沒有真的生成r*文件。如果我們已經(jīng)生成了幾個(gè)批處理任務(wù)文件，我們可以使用TASKSUtilExecute Batch Jobs選項(xiàng)來運(yùn)行它們。如果你懷念舊版本SPM操作界面，在TASKS菜單下，選擇Sequential，這樣就不會(huì)出現(xiàn)樹(tree)，選項(xiàng)將會(huì)出現(xiàn)在SPM輸入窗口。在上面的“fMRI models”部分有講述。首先使用AFNI的三維數(shù)據(jù)重建: to3d time:tz 177 20 2s altplus * 生成+orig文件，然后: 3dAFNItoAnalyze 4D orient LPI *epi+orig，將生成*.hdr與*.img文件. (*代表你所用的任意文件名)，然后打開MRIcro軟件：選擇要轉(zhuǎn)換的hdr,img文件, processing, File Save as 4d to 3d Save as intel Save (這里有點(diǎn)忘了:)) （這一段我壓根沒有看懂……）:(此部分轉(zhuǎn)自核醫(yī)學(xué)論壇) 注: SPM的di import是可以導(dǎo)入di文件，但導(dǎo)入的這些圖像還是2D的，不是3D的，不能用于fMRI分析。MRIcro可以干這活：先把3次BOLD的文件分別移動(dòng)到三個(gè)不同的文件夾里，然后用MRIcro依次導(dǎo)入轉(zhuǎn)換每個(gè)目錄的slice di file成一個(gè)ANALYZE文件（4D的），再另存為多個(gè)img，hdr文件（4D－%26gt。（這是針對(duì)從GE Signa 上刻錄的光盤上的di格式數(shù)據(jù)來講的，其它機(jī)器的數(shù)據(jù)存放方式可能有所不同，請(qǐng)相應(yīng)具體分析）。在從GE Signa 中獲得的fMRI Di數(shù)據(jù)中，是1個(gè)slice存成一個(gè)di image文件，因此volume數(shù)（也就是整個(gè)di image目錄所包含的完整頭部掃描圖像數(shù)目）應(yīng)該等于整個(gè)di image目錄下所有單個(gè)slice di image文件除以實(shí)驗(yàn)時(shí)設(shè)置的slices數(shù)。1）點(diǎn)Import/convert foreign to analyze，在出現(xiàn)的對(duì)話框中，number of files為你數(shù)據(jù)的總文件數(shù)，slice increment＝1，volume increment＝0，volumes為你的實(shí)驗(yàn)的volume數(shù)。然后保存。3）點(diǎn)file/sae as ...[rotate/clip/format/4D3D]，然后點(diǎn)擊“save intel”。 12
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