生物信息學(xué)軟件介紹-在線瀏覽
2025-03-05 11:18本頁面
【正文】 親疏水性 分析： helical wheel 圖 功能 2. 提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計下一階段的實(shí)驗(yàn) 用軟件設(shè)計 PCR引物，測序引物或雜交探針，設(shè)計克隆策略，構(gòu)建載體，做模擬電泳實(shí)驗(yàn)，即模擬核酸內(nèi)切酶或內(nèi)肽酶對相應(yīng)的底物分子切割后的電泳行為。 Winplas 質(zhì)粒構(gòu)建 Atheprot 預(yù)測蛋白跨膜區(qū)域 Antheprot 預(yù)測信號肽斷裂點(diǎn) 功能 3. 用計算機(jī)管理實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)及文獻(xiàn)資料 ? 實(shí)驗(yàn)室結(jié)果的儲存、管理和申報工作 ? 從網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫獲得的序列文件（由 ENTREZ集成檢索系統(tǒng)所得的數(shù)據(jù)文件可以進(jìn)入EndNote 或者 Reference Manager 儲存管理）或資料文獻(xiàn)的管理 ?軟件 : EndNote， Reference Manager Reference Manager 9 界面 功能 4. 用計算機(jī)預(yù)測新基因及其結(jié)構(gòu)和功能 ? 對 CDS（ Coding Sequence）蛋白編碼區(qū)的預(yù)測準(zhǔn)確率已達(dá)到 90%以上 ? 對整個基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測存在一定難度 ? PWM（位置權(quán)重矩陣）算法 由物化原理技術(shù)開發(fā)，側(cè)重于找基因表達(dá)系統(tǒng)和核酸相互作用的位點(diǎn)。 DNASIS 對蛋白編碼區(qū)的預(yù)測 A. (Codon Bias) DNASIS 對蛋白編碼區(qū)的預(yù)測 B. (Rare Codon) DNASIS 對蛋白編碼區(qū)的預(yù)測 C. (ORF List) DNASTAR 之 GeneQuest 預(yù)測 CDS 功能 ? 該項(xiàng)技術(shù)算法十分復(fù)雜，尚未成熟。 ? X射線晶體學(xué)技術(shù)和多維核磁共振技術(shù)是當(dāng)前人們認(rèn)識蛋白高級結(jié)構(gòu)的主要手段，但兩種技術(shù)都有不足之處。因此理論模擬和結(jié)構(gòu)預(yù)測顯得十分重要。 DNASIS 蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 目前應(yīng)用的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的算法 1. 同源預(yù)測 (一級結(jié)構(gòu)決定高級結(jié)構(gòu) ) 2. 結(jié)構(gòu)與結(jié)構(gòu)相對比（ DALI算法） 3. 當(dāng)前最先進(jìn)的結(jié)構(gòu)預(yù)測方法： 結(jié)構(gòu)類識別（ fold recognition） 先建立一個已知的結(jié)構(gòu)類數(shù)據(jù)庫 （ fold library)， 將待測序列 “
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