生物信息學(xué)軟件介紹-wenkub
2023-01-31 11:18:48 本頁(yè)面
【正文】 4. 用計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)新基因及其結(jié)構(gòu)和功能 ? 對(duì) CDS（ Coding Sequence）蛋白編碼區(qū)的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率已達(dá)到 90%以上 ? 對(duì)整個(gè)基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)存在一定難度 ? PWM（位置權(quán)重矩陣）算法 由物化原理技術(shù)開(kāi)發(fā)，側(cè)重于找基因表達(dá)系統(tǒng)和核酸相互作用的位點(diǎn)。生物信息學(xué)軟件及使用技巧 劉吉平 內(nèi)容概要 生物信息學(xué)軟件的主要功能簡(jiǎn)介 1. 分析和處理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和公共數(shù)據(jù)，加快研究進(jìn)度，縮短科研時(shí)間 2. 提示、指導(dǎo)、替代實(shí)驗(yàn)操作，利用對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析所得的結(jié)論設(shè)計(jì)下一階段的實(shí)驗(yàn) 3. 用計(jì)算機(jī)管理實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) 4. 尋找、預(yù)測(cè)新基因及預(yù)測(cè)其結(jié)構(gòu)、功能 5. 蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 二 .生物學(xué)軟件部分常見(jiàn)功能使用技巧 PCR 引物設(shè)計(jì) DNA、蛋白質(zhì)序列同源分析及進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建 Contig ExpressDNA 序列片斷拼接 DNA 模擬電泳 重要生物數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介 三. 生物信息學(xué)服務(wù) 生物信息學(xué)的概念： 生物信息學(xué)是一門(mén)新興的交叉學(xué)科，它將數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)知識(shí)應(yīng)用于生物學(xué)，以獲取、加工、存儲(chǔ)、分類(lèi)、檢索與分析生物大分子的信息，從而理解這些信息的生物學(xué)意義。給信號(hào)序列各個(gè)位置每種可能出現(xiàn)的核苷酸分配一個(gè)分?jǐn)?shù)，將各位置分?jǐn)?shù)相加后得出該序列作為潛在作用位點(diǎn)的分?jǐn)?shù)。前者要求必需得到高標(biāo)準(zhǔn)的蛋白晶體，后者對(duì)分子量大于 3萬(wàn)的大蛋白不能測(cè)定。 對(duì)計(jì)算機(jī)要求很高 。 ? 引物 3’端的堿基一般不用 A， 因?yàn)?A在錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)的引發(fā)效率相對(duì)比較高 ， 而其它三種堿基的錯(cuò)誤引發(fā)效率相對(duì)小一些 。 引物設(shè)計(jì)要點(diǎn) ? ΔG值反映了引物與模板結(jié)合的強(qiáng)弱程度 ， 也是一個(gè)重要的引物評(píng)價(jià)指標(biāo) ， 一般情況下 ， 在Oligo ΔG值窗口中 ， 引物的 ΔG值最好呈正弦曲線形狀 ， 即 5’端和中間部分 ΔG值較高 ，而 3’端 ΔG值相對(duì)較低 ， 且不要超過(guò) 9（ ΔG值為負(fù)值 ， 這里取絕對(duì)值 ） ， 如此則有利于正確引發(fā)反應(yīng)而可防止錯(cuò)誤引發(fā) 。 ? 對(duì)引物的修飾一般是增加酶切位點(diǎn)，應(yīng)參考載體的限制酶識(shí)別序列確定，常常對(duì)上下游引物修飾的序列選用不同限制酶的識(shí)別序列，以有利于以后的工作。 如 Align
環(huán)評(píng)公示相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1