生物信息學(xué)軟件介紹(編輯修改稿)
2025-02-12 11:18 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 當(dāng)前人們認(rèn)識(shí)蛋白高級(jí)結(jié)構(gòu)的主要手段，但兩種技術(shù)都有不足之處。前者要求必需得到高標(biāo)準(zhǔn)的蛋白晶體，后者對(duì)分子量大于 3萬(wàn)的大蛋白不能測(cè)定。因此理論模擬和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)顯得十分重要。 ? 序列與結(jié)構(gòu)關(guān)系的根源在于“蛋白質(zhì)折疊的問(wèn)題”，這是近期研究關(guān)注的焦點(diǎn)。 DNASIS 蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 目前應(yīng)用的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的算法 1. 同源預(yù)測(cè) (一級(jí)結(jié)構(gòu)決定高級(jí)結(jié)構(gòu) ) 2. 結(jié)構(gòu)與結(jié)構(gòu)相對(duì)比（ DALI算法） 3. 當(dāng)前最先進(jìn)的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法： 結(jié)構(gòu)類識(shí)別（ fold recognition） 先建立一個(gè)已知的結(jié)構(gòu)類數(shù)據(jù)庫(kù) （ fold library)， 將待測(cè)序列 “ 穿過(guò) ” 該數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)成的坐標(biāo) ， 并根據(jù)事先確定的物理限制 ， 逐個(gè)位置移動(dòng) （ t h r e a d i n g， s e q u e n c e s t r u c t u r e alignment) ， 由一個(gè)函數(shù) （ sequencestructure fitness alignment) 判斷序列與結(jié)構(gòu)類的符合程度 ， 找出未知序列在目標(biāo)結(jié)構(gòu)上的能量最優(yōu)和構(gòu)象最穩(wěn)固的比對(duì)位置 。 對(duì)計(jì)算機(jī)要求很高 。 Cn3D 顯示 1EQF A鏈三維結(jié)構(gòu) RasMol 顯示 1EQF A鏈三維結(jié)構(gòu) PCR 引物設(shè)計(jì) ? 引物設(shè)計(jì)的原則 ? 首先引物要跟模板緊密結(jié)合； ? 其次引物與引物之間不能有穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結(jié)構(gòu)存在； ? 最后引物不能在別的非目的位點(diǎn)引起高效 DNA聚合反應(yīng) (即錯(cuò)配 )。 圍繞這幾條基本原則，設(shè)計(jì)引物需要考慮諸多因素，如： ? 引物長(zhǎng)度（ primer length）， ? 產(chǎn)物長(zhǎng)度（ product length）， ? 序列 Tm值 (melting temperature)， ? ΔG值 (internal stability)， ? 引物二聚體及發(fā)夾結(jié)構(gòu)（ duplex formation and hairpin）， ? 錯(cuò)誤引發(fā)位點(diǎn)（ false priming site）， ? 引物及產(chǎn)物 GC含量（ position），有時(shí)還要對(duì)引物進(jìn)行修飾，如增加限制酶切點(diǎn)，引進(jìn)突變等。 引物設(shè)計(jì) 需
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